Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
USP53Q70EK8 DHRS11-215ENST00000618403 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
USP53Q70EK8 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
USP53Q70EK8 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
USP53Q70EK8 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
USP53Q70EK8 MTDHP2-201ENST00000601468 714 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
USP53Q70EK8 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
USP53Q70EK8 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
USP53Q70EK8 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
USP53Q70EK8 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
USP53Q70EK8 MIR638-201ENST00000385237 100 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
USP53Q70EK8 ERGIC1-206ENST00000519860 1000 ntTSL 3 BASIC22.66■■□□□ 1.22
USP53Q70EK8 SRR-208ENST00000576848 588 ntTSL 4 BASIC22.66■■□□□ 1.22
USP53Q70EK8 MIR663AHG-233ENST00000609248 830 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
USP53Q70EK8 SLC16A10-206ENST00000612036 1231 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
USP53Q70EK8 HNRNPUL1-222ENST00000617774 451 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
USP53Q70EK8 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
USP53Q70EK8 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
USP53Q70EK8 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
USP53Q70EK8 KLC3-201ENST00000391946 1780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
USP53Q70EK8 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
USP53Q70EK8 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
USP53Q70EK8 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
USP53Q70EK8 AF131216.4-201ENST00000638924 1588 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
USP53Q70EK8 C4orf36-201ENST00000295898 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
USP53Q70EK8 MAST4-206ENST00000406374 1066 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
USP53Q70EK8 AC079305.3-201ENST00000455416 218 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
USP53Q70EK8 LINC01881-206ENST00000614114 957 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
USP53Q70EK8 CLTA-204ENST00000433436 1235 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
USP53Q70EK8 AC092807.3-205ENST00000467666 531 ntTSL 3 BASIC22.64■■□□□ 1.21
USP53Q70EK8 CLTA-209ENST00000538225 1181 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
USP53Q70EK8 CLTA-210ENST00000540080 989 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
USP53Q70EK8 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
USP53Q70EK8 HNRNPAB-208ENST00000515193 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
USP53Q70EK8 LURAP1L-201ENST00000319264 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
USP53Q70EK8 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
USP53Q70EK8 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
USP53Q70EK8 LSM4-201ENST00000252816 986 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
USP53Q70EK8 NPW-201ENST00000329610 498 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
USP53Q70EK8 EIF3J-203ENST00000535391 925 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
USP53Q70EK8 C12orf75-207ENST00000552457 689 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
USP53Q70EK8 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
USP53Q70EK8 RPP38-201ENST00000378197 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
USP53Q70EK8 NKX2-5-202ENST00000424406 1124 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
USP53Q70EK8 RPP21-222ENST00000433076 577 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
USP53Q70EK8 AL139246.5-201ENST00000606645 996 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
USP53Q70EK8 MIR6724-1-201ENST00000616420 92 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
USP53Q70EK8 MIR6724-2-201ENST00000616483 92 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
USP53Q70EK8 MIR6724-4-201ENST00000617390 92 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
USP53Q70EK8 MIR6724-3-201ENST00000622482 92 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
USP53Q70EK8 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
USP53Q70EK8 UBALD1-201ENST00000283474 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
USP53Q70EK8 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
USP53Q70EK8 AC090877.2-201ENST00000558441 1738 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
USP53Q70EK8 JMJD1C-AS1-201ENST00000609436 1335 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
USP53Q70EK8 CLTB-201ENST00000310418 1215 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP53Q70EK8 CLTB-202ENST00000345807 1161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP53Q70EK8 NALT1-201ENST00000429224 738 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP53Q70EK8 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP53Q70EK8 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP53Q70EK8 CDKN2A-207ENST00000497750 565 ntTSL 4 BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP53Q70EK8 TSPAN17-204ENST00000503045 1019 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP53Q70EK8 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP53Q70EK8 CDKN2A-212ENST00000578845 678 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP53Q70EK8 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP53Q70EK8 TRIM14-203ENST00000375098 1792 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP53Q70EK8 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP53Q70EK8 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP53Q70EK8 CTAG1B-202ENST00000359887 998 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP53Q70EK8 AC131281.2-201ENST00000520478 145 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
USP53Q70EK8 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP53Q70EK8 AL445237.1-202ENST00000604581 425 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP53Q70EK8 AL117332.1-201ENST00000622628 974 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
USP53Q70EK8 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC22.59■■□□□ 1.21
USP53Q70EK8 KAT8-202ENST00000448516 1789 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
USP53Q70EK8 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
USP53Q70EK8 NKX2-8-201ENST00000258829 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
USP53Q70EK8 EXOG-217ENST00000630638 197 ntTSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
USP53Q70EK8 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
USP53Q70EK8 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
USP53Q70EK8 NAXE-201ENST00000368233 1012 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
USP53Q70EK8 HDHD5-203ENST00000399852 1118 ntTSL 3 BASIC22.58■■□□□ 1.21
USP53Q70EK8 ARPC4-208ENST00000498623 942 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
USP53Q70EK8 SLC25A39-203ENST00000537904 1274 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
USP53Q70EK8 MIR3621-201ENST00000580529 85 ntBASIC22.58■■□□□ 1.21
USP53Q70EK8 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
USP53Q70EK8 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
USP53Q70EK8 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
USP53Q70EK8 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
USP53Q70EK8 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
USP53Q70EK8 PABPC1L-202ENST00000217074 1263 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
USP53Q70EK8 MCRIP1-202ENST00000457257 942 ntTSL 3 BASIC22.57■■□□□ 1.2
USP53Q70EK8 PRSS21-201ENST00000005995 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
USP53Q70EK8 AL356740.2-201ENST00000601559 647 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
USP53Q70EK8 AL117336.3-202ENST00000605499 489 ntTSL 3 BASIC22.57■■□□□ 1.2
USP53Q70EK8 HMCES-204ENST00000502878 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
USP53Q70EK8 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
USP53Q70EK8 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
USP53Q70EK8 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
USP53Q70EK8 CRACR2B-202ENST00000525077 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.1 ms