Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC39.86■■■■□ 3.97
CUX1P39880 MFSD7-202ENST00000347950 1599 ntTSL 2 BASIC39.86■■■■□ 3.97
CUX1P39880 NAA38-201ENST00000333775 999 ntTSL 1 (best) BASIC39.86■■■■□ 3.97
CUX1P39880 ATP10A-207ENST00000619904 988 ntTSL 5 BASIC39.86■■■■□ 3.97
CUX1P39880 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.85■■■■□ 3.97
CUX1P39880 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.85■■■■□ 3.97
CUX1P39880 PNCK-215ENST00000447676 1585 ntTSL 2 BASIC39.85■■■■□ 3.97
CUX1P39880 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.85■■■■□ 3.97
CUX1P39880 GRAMD1B-217ENST00000640939 1212 ntTSL 5 BASIC39.85■■■■□ 3.97
CUX1P39880 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC39.84■■■■□ 3.97
CUX1P39880 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC39.84■■■■□ 3.97
CUX1P39880 AP001330.3-201ENST00000520123 633 ntBASIC39.84■■■■□ 3.97
CUX1P39880 AC092902.2-206ENST00000625484 846 ntTSL 5 BASIC39.84■■■■□ 3.97
CUX1P39880 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC39.84■■■■□ 3.97
CUX1P39880 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.83■■■■□ 3.97
CUX1P39880 AC105265.2-201ENST00000467189 838 ntBASIC39.83■■■■□ 3.97
CUX1P39880 KAT8-202ENST00000448516 1789 ntTSL 1 (best) BASIC39.83■■■■□ 3.97
CUX1P39880 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC39.83■■■■□ 3.97
CUX1P39880 TMEM179-204ENST00000556573 1430 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC39.83■■■■□ 3.97
CUX1P39880 C19orf60-201ENST00000358607 839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC39.82■■■■□ 3.97
CUX1P39880 C19orf60-202ENST00000450195 702 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC39.82■■■■□ 3.97
CUX1P39880 TYROBP-203ENST00000544690 522 ntTSL 1 (best) BASIC39.82■■■■□ 3.97
CUX1P39880 SLIT1-203ENST00000371041 1695 ntTSL 2 BASIC39.82■■■■□ 3.97
CUX1P39880 LBH-205ENST00000407930 756 ntTSL 2 BASIC39.81■■■■□ 3.96
CUX1P39880 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC39.8■■■■□ 3.96
CUX1P39880 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC39.8■■■■□ 3.96
CUX1P39880 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.8■■■■□ 3.96
CUX1P39880 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC39.8■■■■□ 3.96
CUX1P39880 MIR939-201ENST00000401314 82 ntBASIC39.8■■■■□ 3.96
CUX1P39880 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC39.8■■■■□ 3.96
CUX1P39880 AF213884.3-201ENST00000563833 479 ntBASIC39.8■■■■□ 3.96
CUX1P39880 AC104564.3-201ENST00000582367 638 ntBASIC39.8■■■■□ 3.96
CUX1P39880 BAG1-212ENST00000641048 1038 ntAPPRIS P3 BASIC39.8■■■■□ 3.96
CUX1P39880 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC39.79■■■■□ 3.96
CUX1P39880 LURAP1L-201ENST00000319264 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.79■■■■□ 3.96
CUX1P39880 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC39.79■■■■□ 3.96
CUX1P39880 FGF8-204ENST00000347978 823 ntTSL 1 (best) BASIC39.79■■■■□ 3.96
CUX1P39880 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC39.79■■■■□ 3.96
CUX1P39880 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC39.78■■■■□ 3.96
CUX1P39880 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC39.78■■■■□ 3.96
CUX1P39880 GATM-206ENST00000558336 1522 ntTSL 2 BASIC39.77■■■■□ 3.96
CUX1P39880 SRD5A1P1-201ENST00000442297 786 ntBASIC39.77■■■■□ 3.96
CUX1P39880 SMIM29-205ENST00000468145 903 ntTSL 2 BASIC39.77■■■■□ 3.96
CUX1P39880 SMIM29-207ENST00000481533 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.77■■■■□ 3.96
CUX1P39880 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC39.77■■■■□ 3.96
CUX1P39880 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.77■■■■□ 3.96
CUX1P39880 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.76■■■■□ 3.96
CUX1P39880 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.76■■■■□ 3.95
CUX1P39880 CRACR2B-202ENST00000525077 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.76■■■■□ 3.95
CUX1P39880 PRADC1-201ENST00000258083 1083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.75■■■■□ 3.95
CUX1P39880 CCDC189-211ENST00000545825 1046 ntTSL 1 (best) BASIC39.75■■■■□ 3.95
CUX1P39880 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.75■■■■□ 3.95
CUX1P39880 LLGL2-202ENST00000375227 1374 ntTSL 1 (best) BASIC39.75■■■■□ 3.95
CUX1P39880 LBX2-202ENST00000377566 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.75■■■■□ 3.95
CUX1P39880 FAIM-203ENST00000393034 927 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC39.75■■■■□ 3.95
CUX1P39880 HSPE1-203ENST00000409729 478 ntTSL 2 BASIC39.74■■■■□ 3.95
CUX1P39880 CROT-202ENST00000412227 1213 ntTSL 1 (best) BASIC39.74■■■■□ 3.95
CUX1P39880 VAMP2-204ENST00000488857 874 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC39.74■■■■□ 3.95
CUX1P39880 TGFBR3L-202ENST00000565886 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC39.74■■■■□ 3.95
CUX1P39880 AL355001.2-201ENST00000620617 1191 ntBASIC39.74■■■■□ 3.95
CUX1P39880 AL136967.2-201ENST00000623968 743 ntBASIC39.74■■■■□ 3.95
CUX1P39880 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC39.73■■■■□ 3.95
CUX1P39880 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC39.73■■■■□ 3.95
CUX1P39880 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC39.73■■■■□ 3.95
CUX1P39880 STX10-202ENST00000343587 1128 ntTSL 1 (best) BASIC39.73■■■■□ 3.95
CUX1P39880 MIR5787-201ENST00000611784 55 ntBASIC39.73■■■■□ 3.95
CUX1P39880 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC39.73■■■■□ 3.95
CUX1P39880 YWHAH-201ENST00000248975 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.72■■■■□ 3.95
CUX1P39880 ZNF32-202ENST00000395797 1201 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC39.72■■■■□ 3.95
CUX1P39880 FAM174B-207ENST00000555748 866 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC39.72■■■■□ 3.95
CUX1P39880 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC39.72■■■■□ 3.95
CUX1P39880 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC39.71■■■■□ 3.95
CUX1P39880 LAMTOR1-201ENST00000278671 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.71■■■■□ 3.95
CUX1P39880 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC39.71■■■■□ 3.95
CUX1P39880 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC39.7■■■■□ 3.95
CUX1P39880 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC39.69■■■■□ 3.94
CUX1P39880 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC39.69■■■■□ 3.94
CUX1P39880 GRAMD4P4-201ENST00000613563 1115 ntBASIC39.69■■■■□ 3.94
CUX1P39880 STEAP2-207ENST00000402625 1372 ntTSL 5 BASIC39.69■■■■□ 3.94
CUX1P39880 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC39.69■■■■□ 3.94
CUX1P39880 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC39.68■■■■□ 3.94
CUX1P39880 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC39.68■■■■□ 3.94
CUX1P39880 C1QTNF12-201ENST00000330388 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.68■■■■□ 3.94
CUX1P39880 AP006621.3-202ENST00000530083 765 ntTSL 3 BASIC39.68■■■■□ 3.94
CUX1P39880 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.67■■■■□ 3.94
CUX1P39880 AC004448.1-201ENST00000458332 883 ntBASIC39.67■■■■□ 3.94
CUX1P39880 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.67■■■■□ 3.94
CUX1P39880 IKBKG-211ENST00000615874 1460 ntTSL 5 BASIC39.66■■■■□ 3.94
CUX1P39880 IKBKG-215ENST00000619941 1463 ntTSL 5 BASIC39.66■■■■□ 3.94
CUX1P39880 PCMT1-201ENST00000367378 1293 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC39.65■■■■□ 3.94
CUX1P39880 EIF6-201ENST00000374436 1252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.65■■■■□ 3.94
CUX1P39880 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC39.65■■■■□ 3.94
CUX1P39880 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC39.65■■■■□ 3.94
CUX1P39880 SF1-220ENST00000626028 704 ntTSL 2 BASIC39.65■■■■□ 3.94
CUX1P39880 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC39.64■■■■□ 3.94
CUX1P39880 STOML2-201ENST00000356493 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.64■■■■□ 3.94
CUX1P39880 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.64■■■■□ 3.94
CUX1P39880 SDS-201ENST00000257549 1606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC39.63■■■■□ 3.93
CUX1P39880 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC39.63■■■■□ 3.93
CUX1P39880 PYGO2-201ENST00000368456 1306 ntTSL 2 BASIC39.62■■■■□ 3.93
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.8 ms