Protein–RNA interactions for Protein: P35499

SCN4A, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,836 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN4AP35499 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC28.24■■■□□ 2.11
SCN4AP35499 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC28.24■■■□□ 2.11
SCN4AP35499 CT47B1-201ENST00000371311 1328 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.24■■■□□ 2.11
SCN4AP35499 SYT6-210ENST00000641643 1587 ntBASIC28.23■■■□□ 2.11
SCN4AP35499 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
SCN4AP35499 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
SCN4AP35499 ECHDC1-203ENST00000368291 1354 ntTSL 2 BASIC28.23■■■□□ 2.11
SCN4AP35499 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.23■■■□□ 2.11
SCN4AP35499 LINC01942-201ENST00000521373 513 ntTSL 4 BASIC28.22■■■□□ 2.11
SCN4AP35499 AC011446.1-201ENST00000591825 458 ntTSL 2 BASIC28.22■■■□□ 2.11
SCN4AP35499 NEBL-AS1-202ENST00000439097 661 ntTSL 2 BASIC28.22■■■□□ 2.11
SCN4AP35499 AC011298.3-201ENST00000615796 283 ntBASIC28.22■■■□□ 2.11
SCN4AP35499 C7orf25-205ENST00000438029 1743 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.21■■■□□ 2.11
SCN4AP35499 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC28.21■■■□□ 2.11
SCN4AP35499 KBTBD13-201ENST00000432196 1377 ntAPPRIS P1 BASIC28.21■■■□□ 2.11
SCN4AP35499 LY6E-201ENST00000292494 1181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
SCN4AP35499 HACD1-201ENST00000326961 773 ntTSL 2 BASIC28.21■■■□□ 2.11
SCN4AP35499 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
SCN4AP35499 TSPY4-201ENST00000383008 1143 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.2■■■□□ 2.11
SCN4AP35499 KCNMA1-224ENST00000618048 1269 ntTSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.11
SCN4AP35499 PYGO2-201ENST00000368456 1306 ntTSL 2 BASIC28.2■■■□□ 2.11
SCN4AP35499 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
SCN4AP35499 BCL2L12-201ENST00000246784 990 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
SCN4AP35499 UHRF2-202ENST00000381373 802 ntTSL 3 BASIC28.2■■■□□ 2.1
SCN4AP35499 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
SCN4AP35499 CENPH-201ENST00000283006 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
SCN4AP35499 MYDGF-203ENST00000599630 713 ntTSL 2 BASIC28.19■■■□□ 2.1
SCN4AP35499 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.19■■■□□ 2.1
SCN4AP35499 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
SCN4AP35499 SDHAP1-204ENST00000427415 559 ntTSL 4 BASIC28.18■■■□□ 2.1
SCN4AP35499 KRT18P5-201ENST00000436075 1291 ntBASIC28.18■■■□□ 2.1
SCN4AP35499 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
SCN4AP35499 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC28.18■■■□□ 2.1
SCN4AP35499 ENKD1-206ENST00000602644 1353 ntTSL 5 BASIC28.18■■■□□ 2.1
SCN4AP35499 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
SCN4AP35499 SERBP1P1-201ENST00000396021 1160 ntBASIC28.18■■■□□ 2.1
SCN4AP35499 ASB1-202ENST00000409297 878 ntTSL 5 BASIC28.18■■■□□ 2.1
SCN4AP35499 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
SCN4AP35499 ZNF302-209ENST00000507959 854 ntTSL 2 BASIC28.18■■■□□ 2.1
SCN4AP35499 B3GALT4-204ENST00000451237 1694 ntAPPRIS P1 BASIC28.17■■■□□ 2.1
SCN4AP35499 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.17■■■□□ 2.1
SCN4AP35499 CTAG2-202ENST00000369585 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
SCN4AP35499 AC099791.1-201ENST00000416440 715 ntBASIC28.17■■■□□ 2.1
SCN4AP35499 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC28.17■■■□□ 2.1
SCN4AP35499 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC28.16■■■□□ 2.1
SCN4AP35499 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
SCN4AP35499 AL137784.2-201ENST00000607332 1000 ntBASIC28.16■■■□□ 2.1
SCN4AP35499 FOXO3B-201ENST00000395675 1928 ntBASIC28.16■■■□□ 2.1
SCN4AP35499 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
SCN4AP35499 PLPP5-201ENST00000419686 794 ntTSL 2 BASIC28.15■■■□□ 2.1
SCN4AP35499 TMEM70-203ENST00000517439 617 ntTSL 2 BASIC28.15■■■□□ 2.1
SCN4AP35499 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
SCN4AP35499 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
SCN4AP35499 CD47-202ENST00000361309 1285 ntTSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
SCN4AP35499 AC092171.4-201ENST00000609130 632 ntBASIC28.15■■■□□ 2.1
SCN4AP35499 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.14■■■□□ 2.1
SCN4AP35499 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
SCN4AP35499 STOX1-202ENST00000399162 935 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
SCN4AP35499 STOX1-203ENST00000399165 1135 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
SCN4AP35499 PYCARD-AS1-201ENST00000561916 1095 ntTSL 2 BASIC28.14■■■□□ 2.1
SCN4AP35499 CRACR2B-202ENST00000525077 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.09
SCN4AP35499 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.09
SCN4AP35499 NGEF-203ENST00000409079 1022 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
SCN4AP35499 AC108002.2-201ENST00000519782 340 ntTSL 4 BASIC28.13■■■□□ 2.09
SCN4AP35499 AC022517.1-201ENST00000592429 346 ntBASIC28.13■■■□□ 2.09
SCN4AP35499 TRAF4-217ENST00000618771 543 ntTSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
SCN4AP35499 AC092437.1-201ENST00000624794 1048 ntBASIC28.13■■■□□ 2.09
SCN4AP35499 FPGS-202ENST00000373228 1383 ntTSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
SCN4AP35499 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
SCN4AP35499 DENND3-207ENST00000518347 850 ntTSL 2 BASIC28.13■■■□□ 2.09
SCN4AP35499 ZFPL1-203ENST00000525509 478 ntTSL 2 BASIC28.13■■■□□ 2.09
SCN4AP35499 CBWD3-212ENST00000616550 721 ntTSL 2 BASIC28.13■■■□□ 2.09
SCN4AP35499 CBWD6-216ENST00000617933 721 ntTSL 3 BASIC28.13■■■□□ 2.09
SCN4AP35499 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
SCN4AP35499 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
SCN4AP35499 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
SCN4AP35499 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.12■■■□□ 2.09
SCN4AP35499 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.12■■■□□ 2.09
SCN4AP35499 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
SCN4AP35499 SUZ12P1-202ENST00000578070 929 ntTSL 5 BASIC28.12■■■□□ 2.09
SCN4AP35499 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
SCN4AP35499 ACYP2-202ENST00000394666 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
SCN4AP35499 AES-207ENST00000586839 942 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
SCN4AP35499 AC008764.7-201ENST00000593779 1081 ntBASIC28.11■■■□□ 2.09
SCN4AP35499 SP2-202ENST00000613139 908 ntTSL 5 BASIC28.11■■■□□ 2.09
SCN4AP35499 GLRX3-201ENST00000331244 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
SCN4AP35499 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
SCN4AP35499 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
SCN4AP35499 AL122058.1-201ENST00000412321 1166 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
SCN4AP35499 C1QTNF5-203ENST00000530681 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
SCN4AP35499 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
SCN4AP35499 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
SCN4AP35499 NDUFB2-201ENST00000247866 504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
SCN4AP35499 CTNNAL1-202ENST00000374593 761 ntTSL 3 BASIC28.1■■■□□ 2.09
SCN4AP35499 ID1-201ENST00000376105 1233 ntBASIC28.1■■■□□ 2.09
SCN4AP35499 AL138724.1-201ENST00000606771 1088 ntBASIC28.1■■■□□ 2.09
SCN4AP35499 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.1■■■□□ 2.09
SCN4AP35499 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
SCN4AP35499 SPI1-201ENST00000227163 1168 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28.09■■■□□ 2.09
SCN4AP35499 CREB3L2-203ENST00000452463 1105 ntTSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15 ms