Protein–RNA interactions for Protein: Q9UN37

VPS4A, Vacuolar protein sorting-associated protein 4A, humanhuman

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS4AQ9UN37 MMP25-201ENST00000336577 3554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 AC016027.1-202ENST00000607927 1699 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 FAF1-202ENST00000396153 6817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 CLDN14-201ENST00000342108 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 OCLN-202ENST00000396442 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 AC126177.1-201ENST00000547829 2218 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 BAIAP2-219ENST00000575245 2229 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 ROR2-202ENST00000375715 2993 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 AIFM2-201ENST00000307864 3243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 SIK1-201ENST00000270162 4712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 CU639417.2-201ENST00000613488 4705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 AC007728.2-201ENST00000563315 2296 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 FAM151A-201ENST00000302250 2005 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 SLC22A23-210ENST00000490273 2043 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 AP005329.2-201ENST00000580139 1771 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 GABARAPL1-202ENST00000421801 855 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 NME2P1-201ENST00000426182 414 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 GPS2P2-201ENST00000430745 888 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 AC245100.5-201ENST00000452108 331 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 RN7SL692P-201ENST00000464677 288 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 HILS1-201ENST00000504307 1219 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 AC097493.3-201ENST00000509725 367 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 TAGLN-206ENST00000530649 1227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 MUTYH-237ENST00000531105 501 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 NDUFA4L2-202ENST00000554503 1177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 AC010619.1-201ENST00000599536 675 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 FAM66A-202ENST00000602658 546 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 AC004233.3-201ENST00000607794 1269 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 S1PR2-201ENST00000590320 3582 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 APBA2-205ENST00000558330 3349 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 PTBP1-202ENST00000350092 3069 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 ARF6-201ENST00000298316 3865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 GPSM1-205ENST00000440944 3633 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 IPPK-201ENST00000287996 4401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 PHB-201ENST00000300408 1832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 SBF1-201ENST00000348911 6045 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 SLC43A1-204ENST00000528450 2358 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 ITPK1-201ENST00000267615 6066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 CCAR2-202ENST00000389279 3980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 NTRK3-202ENST00000355254 2938 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 C2orf48-201ENST00000381786 1897 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 MSI2-204ENST00000442934 1624 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 SNED1-202ENST00000342631 1930 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 TLE3-223ENST00000560939 3021 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 AC013268.4-201ENST00000637413 2228 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 RUNX1-202ENST00000344691 7274 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 BPTF-202ENST00000321892 11292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 NRBP1-201ENST00000233557 2887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 INPP5K-201ENST00000320345 2880 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 IRF2BP2-202ENST00000366610 4615 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 SYT3-201ENST00000338916 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 MBD1-202ENST00000269471 2980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 LINC02495-201ENST00000508601 4167 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 ITSN1-205ENST00000381291 5437 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 KCNS1-201ENST00000306117 4538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 PABPC4-201ENST00000372856 3016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 PPP2R5D-208ENST00000485511 3044 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 ZNF398-203ENST00000483892 2121 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 CT62-201ENST00000449977 1825 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 ALOX15B-205ENST00000573359 1809 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 PSMC3-201ENST00000298852 1544 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 DUSP18-201ENST00000334679 2479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 GGT6-204ENST00000574154 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 GRID2IP-202ENST00000452113 3428 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 SPDEF-202ENST00000544425 1866 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 HSPA1B-201ENST00000375650 2521 ntAPPRIS P1 BASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 SLC3A2-204ENST00000377891 2222 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 SMAGP-202ENST00000398453 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 PSMA8-203ENST00000415576 1280 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 DICER1-AS1-202ENST00000439819 810 ntTSL 3 BASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 MTFR1L-218ENST00000526894 733 ntTSL 4 BASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 LINC01089-211ENST00000543334 1282 ntTSL 4 BASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 OTUB2-202ENST00000553723 708 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 AL132711.1-201ENST00000557546 722 ntTSL 3 BASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 GNAO1-210ENST00000569295 930 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 FLYWCH2-203ENST00000572006 754 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 CD7-202ENST00000578509 925 ntTSL 3 BASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 AL662799.1-202ENST00000614205 422 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 CPSF6-203ENST00000456847 1915 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 HNRNPA0-201ENST00000314940 8726 ntAPPRIS P1 BASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 RGS7-203ENST00000366564 2295 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 KCTD7-206ENST00000639828 5951 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 IRGQ-201ENST00000422989 9685 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 INPP5B-202ENST00000373023 4694 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 PSMA8-202ENST00000343848 1675 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 DDX1-201ENST00000233084 2739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 TACR3-201ENST00000304883 5190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 MYLK2-201ENST00000375985 2787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 IMPDH1-202ENST00000348127 2479 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 HSPB7-204ENST00000411503 2128 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 TMEM120A-201ENST00000417509 1444 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 EPHB4-201ENST00000358173 4329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 CCP110-201ENST00000381396 5446 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 NELFA-203ENST00000411638 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 SERPINF2-203ENST00000450523 1462 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 LINC02167-203ENST00000566900 1489 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 CNGA4-201ENST00000379936 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 TNFSF8-203ENST00000618336 1523 ntTSL 3 BASIC15.33■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 ULK4-203ENST00000420927 1904 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 OPA1-208ENST00000392438 6340 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.1 ms