Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 TCEAL2-201ENST00000329035 1080 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
LIMA1Q9UHB6 METTL26-202ENST00000338401 544 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
LIMA1Q9UHB6 RNF186-201ENST00000375121 1250 ntAPPRIS P1 BASIC17.24■□□□□ 0.35
LIMA1Q9UHB6 CAPG-203ENST00000409670 1183 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
LIMA1Q9UHB6 IMP4-203ENST00000409935 958 ntTSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
LIMA1Q9UHB6 HIST3H2BA-201ENST00000436555 524 ntBASIC17.24■□□□□ 0.35
LIMA1Q9UHB6 AL592309.1-201ENST00000443127 649 ntBASIC17.24■□□□□ 0.35
LIMA1Q9UHB6 AC010226.1-202ENST00000508517 539 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
LIMA1Q9UHB6 AC007406.4-201ENST00000539568 765 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
LIMA1Q9UHB6 AL137786.1-202ENST00000555496 789 ntTSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
LIMA1Q9UHB6 AC040169.1-201ENST00000565382 521 ntBASIC17.24■□□□□ 0.35
LIMA1Q9UHB6 C20orf181-201ENST00000623918 480 ntBASIC17.24■□□□□ 0.35
LIMA1Q9UHB6 HNF1B-201ENST00000613727 1546 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
LIMA1Q9UHB6 ANKFY1-202ENST00000570535 6458 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
LIMA1Q9UHB6 SPATA21-201ENST00000335496 2015 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
LIMA1Q9UHB6 RER1-209ENST00000605895 3044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
LIMA1Q9UHB6 MAPKAP1-201ENST00000265960 3395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
LIMA1Q9UHB6 ADARB1-202ENST00000360697 6604 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
LIMA1Q9UHB6 MYRIP-202ENST00000396217 4877 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
LIMA1Q9UHB6 FOXB1-201ENST00000396057 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
LIMA1Q9UHB6 PODNL1-204ENST00000538517 2744 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
LIMA1Q9UHB6 EIF1B-AS1-201ENST00000625390 1958 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
LIMA1Q9UHB6 GPKOW-201ENST00000156109 1742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
LIMA1Q9UHB6 AC020659.1-201ENST00000309874 2900 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
LIMA1Q9UHB6 PRRT2-207ENST00000572820 2403 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
LIMA1Q9UHB6 LINC00937-207ENST00000544461 3033 ntTSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
LIMA1Q9UHB6 TMEM115-201ENST00000266025 2197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
LIMA1Q9UHB6 ST3GAL3-209ENST00000361400 2195 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
LIMA1Q9UHB6 FECH-202ENST00000382873 2526 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
LIMA1Q9UHB6 KCNMA1-251ENST00000639090 4319 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
LIMA1Q9UHB6 TGM6-201ENST00000202625 2292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
LIMA1Q9UHB6 RAPSN-201ENST00000298854 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
LIMA1Q9UHB6 SURF6-201ENST00000372022 4447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
LIMA1Q9UHB6 NBPF11-205ENST00000615281 5494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
LIMA1Q9UHB6 SPIB-201ENST00000270632 1443 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
LIMA1Q9UHB6 TMEM139-201ENST00000359333 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
LIMA1Q9UHB6 NUP93-201ENST00000308159 2741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
LIMA1Q9UHB6 SIRT6-203ENST00000594279 1507 ntTSL 3 BASIC17.23■□□□□ 0.35
LIMA1Q9UHB6 SPIRE1-201ENST00000309836 1877 ntTSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
LIMA1Q9UHB6 ATF7-205ENST00000548446 1892 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
LIMA1Q9UHB6 ATP2A3-205ENST00000397041 4675 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
LIMA1Q9UHB6 KCMF1-201ENST00000409785 7568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
LIMA1Q9UHB6 PLCB1-201ENST00000338037 7092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
LIMA1Q9UHB6 PIK3CD-AS2-201ENST00000415330 939 ntTSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
LIMA1Q9UHB6 AL359764.1-201ENST00000444330 504 ntTSL 3 BASIC17.23■□□□□ 0.35
LIMA1Q9UHB6 AC018730.1-201ENST00000454183 327 ntTSL 3 BASIC17.23■□□□□ 0.35
LIMA1Q9UHB6 AC018653.3-201ENST00000544657 749 ntTSL 3 BASIC17.23■□□□□ 0.35
LIMA1Q9UHB6 HAUS2-211ENST00000639412 375 ntTSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
LIMA1Q9UHB6 TMEM92-201ENST00000300433 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
LIMA1Q9UHB6 ATP6V0D1-201ENST00000290949 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
LIMA1Q9UHB6 CDK11B-201ENST00000340677 2534 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
LIMA1Q9UHB6 ARSE-206ENST00000545496 2506 ntTSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
LIMA1Q9UHB6 CIAPIN1-201ENST00000394391 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
LIMA1Q9UHB6 PPP6R1-203ENST00000587283 2953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
LIMA1Q9UHB6 PNLDC1-202ENST00000392167 1816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
LIMA1Q9UHB6 RPTOR-203ENST00000570891 2286 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
LIMA1Q9UHB6 HACD3-206ENST00000565299 1465 ntTSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
LIMA1Q9UHB6 DPEP1-201ENST00000261615 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
LIMA1Q9UHB6 AC084364.1-201ENST00000551967 1556 ntBASIC17.23■□□□□ 0.35
LIMA1Q9UHB6 ZNF134-201ENST00000396161 4914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
LIMA1Q9UHB6 INPP5B-204ENST00000373026 3230 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
LIMA1Q9UHB6 BRF1-203ENST00000379937 3314 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
LIMA1Q9UHB6 L2HGDH-202ENST00000267436 6414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
LIMA1Q9UHB6 PRMT2-202ENST00000334494 1334 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
LIMA1Q9UHB6 SLC25A37-206ENST00000519973 4823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
LIMA1Q9UHB6 SLC4A2-214ENST00000485713 4925 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
LIMA1Q9UHB6 NPHP3-201ENST00000337331 4362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
LIMA1Q9UHB6 MEG9-201ENST00000429368 2638 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
LIMA1Q9UHB6 RTN1-209ENST00000611068 2647 ntTSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
LIMA1Q9UHB6 SEPT11-206ENST00000505788 2079 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
LIMA1Q9UHB6 ANKRD20A5P-207ENST00000581935 2089 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
LIMA1Q9UHB6 PIEZO1-201ENST00000301015 8072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
LIMA1Q9UHB6 GATB-209ENST00000512306 1519 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
LIMA1Q9UHB6 TBRG4-215ENST00000494076 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
LIMA1Q9UHB6 MBD1-211ENST00000585595 2179 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
LIMA1Q9UHB6 TSC2-202ENST00000350773 5532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
LIMA1Q9UHB6 OXCT1-AS1-201ENST00000508458 1731 ntTSL 3 BASIC17.22■□□□□ 0.35
LIMA1Q9UHB6 DTX4-204ENST00000532982 1708 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
LIMA1Q9UHB6 RUFY2-203ENST00000388768 4502 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
LIMA1Q9UHB6 RNF183-201ENST00000297894 1830 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
LIMA1Q9UHB6 CELF4-221ENST00000601019 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
LIMA1Q9UHB6 ABCC5-203ENST00000382494 1923 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
LIMA1Q9UHB6 ACTL6A-202ENST00000429709 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
LIMA1Q9UHB6 TK2-201ENST00000299697 5114 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
LIMA1Q9UHB6 MRPL55-201ENST00000295008 632 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
LIMA1Q9UHB6 YIF1B-201ENST00000329420 964 ntTSL 3 BASIC17.22■□□□□ 0.35
LIMA1Q9UHB6 VCX-202ENST00000381059 967 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
LIMA1Q9UHB6 SNRPB-201ENST00000381342 1154 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
LIMA1Q9UHB6 SPDYE17-201ENST00000412399 783 ntBASIC17.22■□□□□ 0.35
LIMA1Q9UHB6 SNRPB-202ENST00000438552 1008 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
LIMA1Q9UHB6 AC093904.3-201ENST00000492300 368 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
LIMA1Q9UHB6 AL160313.1-201ENST00000502101 1039 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
LIMA1Q9UHB6 GALNT9-208ENST00000541995 1001 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
LIMA1Q9UHB6 AC055717.3-201ENST00000622967 595 ntBASIC17.22■□□□□ 0.35
LIMA1Q9UHB6 CARD10-201ENST00000251973 3934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
LIMA1Q9UHB6 FNDC8-201ENST00000158009 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
LIMA1Q9UHB6 AL355493.2-201ENST00000568270 1395 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
LIMA1Q9UHB6 TEN1-CDK3-202ENST00000569284 3287 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
LIMA1Q9UHB6 COX6B2-201ENST00000326529 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
LIMA1Q9UHB6 GRB7-203ENST00000394209 1955 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.6 ms