Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 GEM-202ENST00000396194 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 NNAT-202ENST00000346199 1209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 SGK2-207ENST00000426287 1182 ntTSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 ZNF589-204ENST00000440261 917 ntTSL 2 BASIC13.59□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 AL359815.1-201ENST00000457706 821 ntTSL 2 BASIC13.59□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 HLA-V-204ENST00000476601 1289 ntBASIC13.59□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 PKD2-202ENST00000502363 1222 ntTSL 5 BASIC13.59□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 FAM92A-214ENST00000522324 1072 ntTSL 2 BASIC13.59□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 AC092552.1-201ENST00000547243 906 ntBASIC13.59□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 AL122035.1-201ENST00000556640 550 ntTSL 2 BASIC13.59□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 AC046168.2-201ENST00000560590 875 ntTSL 3 BASIC13.59□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 DM1-AS-201ENST00000586251 483 ntTSL 2 BASIC13.59□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 SPIB-207ENST00000597855 564 ntTSL 4 BASIC13.59□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 AC243829.4-204ENST00000616926 1115 ntTSL 5 BASIC13.59□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 AC105277.1-203ENST00000635492 1293 ntTSL 5 BASIC13.59□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 TMEM255B-202ENST00000375353 6100 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 BSG-204ENST00000545507 1795 ntTSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 RNPS1-223ENST00000568631 1792 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.59□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 PGC-202ENST00000373025 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 OTUB1-206ENST00000535715 1391 ntTSL 5 BASIC13.59□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 DAG1-201ENST00000308775 5522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 MTA1-203ENST00000406191 2770 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC13.59□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 SRPK1-204ENST00000373825 4592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 LINC02447-202ENST00000501888 2146 ntBASIC13.58□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 SLC6A8-201ENST00000253122 3763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 AC092718.8-201ENST00000640345 2892 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.58□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 SLC5A6-203ENST00000408041 2230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 NUP58-201ENST00000381718 2489 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC13.58□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 RSPO1-203ENST00000612451 2463 ntTSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 KIFC1-211ENST00000428849 2706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 BRD2-201ENST00000374825 4894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 BNIP3P1-202ENST00000550043 1585 ntBASIC13.58□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 FRA10AC1-201ENST00000359204 3089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 MAGI3-204ENST00000369617 3911 ntTSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 CFLAR-214ENST00000443227 1679 ntTSL 2 BASIC13.58□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 NYNRIN-201ENST00000382554 7857 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.58□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 AL691432.1-201ENST00000596308 1422 ntBASIC13.58□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 TMEM263-201ENST00000280756 3362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 FAM227B-201ENST00000299338 2008 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC13.58□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 TMPO-AS1-202ENST00000548760 3357 ntTSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 MAGI3-201ENST00000307546 6430 ntTSL 5 BASIC13.58□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 PLEKHA4-202ENST00000355496 2614 ntTSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 FBLIM1-206ENST00000441801 1543 ntTSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 PIK3IP1-203ENST00000441972 2374 ntTSL 2 BASIC13.58□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 SPDYE19P-201ENST00000338590 713 ntBASIC13.58□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 AL133456.1-201ENST00000415655 577 ntTSL 4 BASIC13.58□□□□□ -0.24
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CHD3Q12873 RN7SL618P-201ENST00000477850 296 ntBASIC13.58□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 KRBOX4-207ENST00000487081 1247 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 AC010336.6-201ENST00000595107 528 ntTSL 4 BASIC13.58□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 AL391650.2-201ENST00000640097 941 ntTSL 5 BASIC13.58□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 INPP4A-202ENST00000409016 9996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
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CHD3Q12873 SIRT6-202ENST00000337491 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 CRLF2-203ENST00000400841 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
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CHD3Q12873 AP000253.1-201ENST00000449339 2233 ntTSL 3 BASIC13.58□□□□□ -0.24
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CHD3Q12873 ASS1-204ENST00000372394 1973 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.58□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 AC069224.1-201ENST00000566372 1715 ntBASIC13.58□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 ROCK2-209ENST00000616279 6401 ntTSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 VIPR2-201ENST00000262178 3944 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 TBC1D25-201ENST00000376771 4042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 RAP2C-201ENST00000342983 3896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 CHMP1A-201ENST00000397901 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
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CHD3Q12873 CDC25B-203ENST00000344256 3071 ntTSL 2 BASIC13.58□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 MICAL3-206ENST00000441493 9445 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.58□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 E2F2-201ENST00000361729 5191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 TNFRSF10A-201ENST00000221132 2714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 TAAR5-201ENST00000258034 1014 ntAPPRIS P1 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 ZUFSP-201ENST00000368573 1225 ntTSL 5 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 SHBG-204ENST00000441599 973 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 AL139010.1-201ENST00000454878 894 ntBASIC13.57□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 PARP8-218ENST00000513738 596 ntTSL 4 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 AKIP1-211ENST00000534506 576 ntTSL 3 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 FAM192A-212ENST00000566077 1066 ntTSL 3 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 NDRG4-247ENST00000568640 1281 ntTSL 2 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 AC084346.2-201ENST00000607097 949 ntBASIC13.57□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 AL031056.2-201ENST00000637957 1217 ntTSL 5 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 DUSP18-201ENST00000334679 2479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 UBAP1L-201ENST00000502113 1381 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 TLL1-204ENST00000507499 4818 ntTSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 LINGO1-201ENST00000355300 3055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 TTLL3-213ENST00000430793 2097 ntTSL 2 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 LINC01270-201ENST00000371639 2281 ntTSL 2 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 TLN1-201ENST00000314888 8823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 PDE3B-201ENST00000282096 6076 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 KRT8P37-201ENST00000451609 1420 ntBASIC13.57□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 LOH12CR2-201ENST00000381800 1540 ntTSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 PDE6G-204ENST00000573076 1505 ntTSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 MSI2-204ENST00000442934 1624 ntTSL 2 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 RNF34-202ENST00000392464 1722 ntTSL 5 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 POM121-203ENST00000434423 3750 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 ZNF76-202ENST00000339411 2447 ntTSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 COL26A1-201ENST00000313669 3033 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 SLC26A1-202ENST00000398516 3109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 TOMM40-207ENST00000592434 3415 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.57□□□□□ -0.24
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