Protein–RNA interactions for Protein: P34897

SHMT2, Serine hydroxymethyltransferase, mitochondrial, humanhuman

Predictions only

Length 504 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHMT2P34897 ATG13-216ENST00000530500 2030 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
SHMT2P34897 PSEN2-203ENST00000422240 1947 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
SHMT2P34897 RER1-209ENST00000605895 3044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SHMT2P34897 CD8A-201ENST00000283635 2873 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SHMT2P34897 FASTKD5-201ENST00000380266 2874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SHMT2P34897 ZNF212-201ENST00000335870 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SHMT2P34897 TRPM2-208ENST00000621064 1669 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SHMT2P34897 PARVB-203ENST00000404989 1591 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SHMT2P34897 PARVB-204ENST00000406477 1569 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SHMT2P34897 ZBTB45P2-201ENST00000452245 1531 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
SHMT2P34897 LINC01136-203ENST00000457348 2539 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SHMT2P34897 FOXO3-201ENST00000343882 7308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SHMT2P34897 EPS8L2-223ENST00000533256 3266 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SHMT2P34897 KRT73-201ENST00000305748 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SHMT2P34897 ATP6AP2-233ENST00000638153 1303 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SHMT2P34897 MC1R-202ENST00000555147 3099 ntAPPRIS P1 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SHMT2P34897 TMEM19-201ENST00000266673 5656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SHMT2P34897 MAGI3-204ENST00000369617 3911 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SHMT2P34897 ACOXL-201ENST00000340561 2188 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SHMT2P34897 CACNA1G-202ENST00000354983 8138 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SHMT2P34897 EBI3-201ENST00000221847 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SHMT2P34897 RETN-202ENST00000381324 249 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SHMT2P34897 FO393414.2-201ENST00000405153 598 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
SHMT2P34897 CENPM-206ENST00000407253 818 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SHMT2P34897 RCAN3-204ENST00000425530 997 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SHMT2P34897 PIGZ-204ENST00000443835 675 ntTSL 4 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SHMT2P34897 LINC01160-202ENST00000450155 894 ntTSL 3 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SHMT2P34897 NECAP2-203ENST00000457722 935 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SHMT2P34897 RN7SL618P-201ENST00000477850 296 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
SHMT2P34897 FXR1-221ENST00000491674 365 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SHMT2P34897 NEK11-210ENST00000510769 2149 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SHMT2P34897 AL136531.2-202ENST00000617804 573 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SHMT2P34897 MIR6069-201ENST00000620069 79 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
SHMT2P34897 RCAN3-211ENST00000630217 658 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SHMT2P34897 RBFOX3-211ENST00000583458 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SHMT2P34897 NDRG2-211ENST00000397858 2054 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SHMT2P34897 HMGXB3-202ENST00000503427 5275 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SHMT2P34897 CAAP1-201ENST00000333916 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SHMT2P34897 ZNF197-203ENST00000383744 1989 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SHMT2P34897 CBARP-204ENST00000590083 4261 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SHMT2P34897 PDE4DIP-201ENST00000313431 5676 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SHMT2P34897 GPN1-212ENST00000616939 1832 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SHMT2P34897 ERICH5-201ENST00000318528 1761 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SHMT2P34897 RSPO1-203ENST00000612451 2463 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SHMT2P34897 CA10-203ENST00000451037 3189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SHMT2P34897 NRG1-202ENST00000356819 5931 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SHMT2P34897 ERP29-203ENST00000546477 1698 ntTSL 3 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SHMT2P34897 FES-207ENST00000444422 2266 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SHMT2P34897 MCM4-201ENST00000262105 4183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SHMT2P34897 FBLIM1-206ENST00000441801 1543 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SHMT2P34897 TSPEAR-202ENST00000397916 2114 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SHMT2P34897 NXN-210ENST00000575801 2681 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SHMT2P34897 UNG-201ENST00000242576 2071 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SHMT2P34897 ADCY7-203ENST00000537579 2090 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SHMT2P34897 TAGLN3-202ENST00000393917 1488 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SHMT2P34897 CDIP1-206ENST00000563507 1463 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SHMT2P34897 NEO1-202ENST00000339362 7342 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SHMT2P34897 PSMF1-201ENST00000246015 2042 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SHMT2P34897 RAB9A-202ENST00000464506 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SHMT2P34897 KRT8P37-201ENST00000451609 1420 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
SHMT2P34897 NFATC4-201ENST00000250373 4749 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SHMT2P34897 NUS1-201ENST00000368494 4676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SHMT2P34897 ITGA7-202ENST00000347027 4084 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SHMT2P34897 TK2-201ENST00000299697 5114 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SHMT2P34897 KIAA1217-206ENST00000376462 6123 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SHMT2P34897 DYRK3-201ENST00000367106 2329 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SHMT2P34897 DTNB-228ENST00000496972 2328 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SHMT2P34897 JTB-201ENST00000271843 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SHMT2P34897 EFNA4-201ENST00000359751 1096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SHMT2P34897 AC093702.1-201ENST00000423433 367 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SHMT2P34897 HNRNPA1P40-201ENST00000426371 1278 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
SHMT2P34897 EEF1DP4-201ENST00000446006 880 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
SHMT2P34897 ELP6-209ENST00000446787 894 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SHMT2P34897 AC106872.10-201ENST00000503778 747 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SHMT2P34897 NAA60-208ENST00000570819 833 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SHMT2P34897 AC011491.2-201ENST00000599584 447 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SHMT2P34897 AL096865.1-201ENST00000606796 927 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
SHMT2P34897 Z98749.3-201ENST00000400206 1770 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SHMT2P34897 NAGK-208ENST00000455662 1778 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SHMT2P34897 ASAH1-223ENST00000636171 2283 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SHMT2P34897 ZNF563-201ENST00000293725 2754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SHMT2P34897 TBC1D9B-202ENST00000356834 5173 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SHMT2P34897 TTC29-202ENST00000398886 1729 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SHMT2P34897 SQSTM1-213ENST00000510187 1714 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SHMT2P34897 TMEM161A-206ENST00000587583 1654 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SHMT2P34897 C7orf43-207ENST00000457641 2005 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SHMT2P34897 BNIP3P1-202ENST00000550043 1585 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
SHMT2P34897 GOLGA2P7-202ENST00000400817 2850 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SHMT2P34897 HOXA3-202ENST00000396352 3263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SHMT2P34897 MEAF6-201ENST00000296214 1525 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SHMT2P34897 PARP16-201ENST00000261888 2731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
SHMT2P34897 FAM92B-201ENST00000539556 1898 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
SHMT2P34897 LRRC47-201ENST00000378251 4310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
SHMT2P34897 SLIT1-204ENST00000371070 4564 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
SHMT2P34897 SLC34A1-201ENST00000324417 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
SHMT2P34897 HHIP-202ENST00000434550 1770 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
SHMT2P34897 ASAH1-240ENST00000636997 1774 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
SHMT2P34897 WNT2-201ENST00000265441 2907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
SHMT2P34897 C5orf30-202ENST00000510890 2933 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
SHMT2P34897 C2orf68-202ENST00000409734 1722 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.1 ms