Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 KRT18P32-201ENST00000424695 1287 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
SDC1P18827 AL645939.2-201ENST00000427340 991 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
SDC1P18827 AC005281.1-201ENST00000433040 911 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
SDC1P18827 TWIST2-201ENST00000448943 1176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
SDC1P18827 TRMT112-203ENST00000535750 823 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
SDC1P18827 AC007406.4-201ENST00000539568 765 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
SDC1P18827 AL390334.1-205ENST00000555797 411 ntTSL 3 BASIC15.09■□□□□ 0.01
SDC1P18827 RPS15A-205ENST00000565420 802 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
SDC1P18827 AC005829.1-201ENST00000570002 483 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
SDC1P18827 GOLGA2-215ENST00000639983 1038 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
SDC1P18827 AL607033.1-201ENST00000623900 1599 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
SDC1P18827 KIF5B-201ENST00000302418 5877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
SDC1P18827 HPCAL1-202ENST00000381765 1904 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
SDC1P18827 GPS1-227ENST00000623761 1943 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
SDC1P18827 SNHG15-202ENST00000577700 3116 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
SDC1P18827 HYAL2-208ENST00000447092 4054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
SDC1P18827 TRPC6-203ENST00000360497 2631 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
SDC1P18827 COLGALT2-201ENST00000361927 5177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
SDC1P18827 NIPAL3-204ENST00000374399 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
SDC1P18827 EDN3-201ENST00000311585 2655 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
SDC1P18827 HEPN1-201ENST00000408930 1434 ntAPPRIS P1 BASIC15.09■□□□□ 0.01
SDC1P18827 SLC4A2-214ENST00000485713 4925 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
SDC1P18827 BICD2-202ENST00000375512 4636 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
SDC1P18827 CYTH2-214ENST00000641098 2721 ntAPPRIS ALT1 BASIC15.08■□□□□ 0.01
SDC1P18827 ARVCF-201ENST00000263207 4041 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
SDC1P18827 RB1CC1-201ENST00000025008 6635 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
SDC1P18827 AL513477.1-201ENST00000602865 2407 ntBASIC15.08■□□□□ 0.01
SDC1P18827 EEPD1-205ENST00000534978 2769 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0.01
SDC1P18827 POM121-203ENST00000434423 3750 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0.01
SDC1P18827 PMP22-209ENST00000612492 1822 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0.01
SDC1P18827 AC126365.1-201ENST00000578585 1514 ntBASIC15.08■□□□□ 0.01
SDC1P18827 TMEM97-201ENST00000226230 2568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
SDC1P18827 SMC4-204ENST00000462787 5033 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
SDC1P18827 PCSK2-205ENST00000536609 2275 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
SDC1P18827 ATXN7-213ENST00000538065 6842 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
SDC1P18827 SEC14L4-204ENST00000381982 1603 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
SDC1P18827 MSI2-206ENST00000579180 1635 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
SDC1P18827 LRRC28-202ENST00000331450 752 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
SDC1P18827 STOM-202ENST00000347359 870 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
SDC1P18827 MSRB1-202ENST00000399753 847 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
SDC1P18827 JMJD7-203ENST00000408047 1192 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
SDC1P18827 AL353705.2-201ENST00000428243 662 ntBASIC15.08■□□□□ 0
SDC1P18827 ITPA-203ENST00000455664 729 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
SDC1P18827 SEC24B-AS1-201ENST00000499359 957 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
SDC1P18827 YBX1P5-201ENST00000509441 847 ntBASIC15.08■□□□□ 0
SDC1P18827 SEC24B-AS1-204ENST00000510971 554 ntTSL 4 BASIC15.08■□□□□ 0
SDC1P18827 VASH2-211ENST00000517399 1068 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
SDC1P18827 RAB30-AS1-202ENST00000526795 567 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
SDC1P18827 AC093520.2-201ENST00000561830 333 ntBASIC15.08■□□□□ 0
SDC1P18827 RPL13-214ENST00000567815 712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
SDC1P18827 AC105021.1-202ENST00000570572 669 ntBASIC15.08■□□□□ 0
SDC1P18827 LINC00473-203ENST00000581850 929 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
SDC1P18827 SPIB-207ENST00000597855 564 ntTSL 4 BASIC15.08■□□□□ 0
SDC1P18827 LRP8-202ENST00000347547 2382 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
SDC1P18827 EPHX2-209ENST00000521780 2038 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
SDC1P18827 SLC25A36-203ENST00000446041 4638 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
SDC1P18827 PTCH1-201ENST00000331920 8057 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
SDC1P18827 EPS8L2-218ENST00000530636 2469 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
SDC1P18827 TNIP1-219ENST00000524280 1716 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
SDC1P18827 SHISA6-203ENST00000432116 7518 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
SDC1P18827 DBH-AS1-201ENST00000425189 2139 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
SDC1P18827 CC2D1B-202ENST00000371586 5642 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
SDC1P18827 AC012313.3-202ENST00000599109 3322 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
SDC1P18827 AC010931.2-202ENST00000514871 2566 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
SDC1P18827 P3H1-201ENST00000236040 2993 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
SDC1P18827 ROBO3-201ENST00000397801 4569 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
SDC1P18827 ROBO3-220ENST00000538940 4551 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
SDC1P18827 HDAC5-202ENST00000336057 5040 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
SDC1P18827 HNRNPA1-202ENST00000340913 1842 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
SDC1P18827 HEY1-201ENST00000337919 2296 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
SDC1P18827 MTFMT-201ENST00000220058 2734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
SDC1P18827 MVB12B-201ENST00000361171 4819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
SDC1P18827 BCS1L-212ENST00000439945 1483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
SDC1P18827 PIGW-204ENST00000614443 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
SDC1P18827 NORAD-201ENST00000565493 5339 ntBASIC15.07■□□□□ 0
SDC1P18827 SYN1-201ENST00000295987 3299 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
SDC1P18827 NFE2L1-214ENST00000582155 1998 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
SDC1P18827 NR2E3-202ENST00000617575 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
SDC1P18827 POLL-217ENST00000628479 1953 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
SDC1P18827 LHX5-201ENST00000261731 2939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
SDC1P18827 SLC36A1-207ENST00000520701 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
SDC1P18827 CYP27B1-201ENST00000228606 2540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
SDC1P18827 STK35-201ENST00000381482 6685 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
SDC1P18827 PI16-203ENST00000611814 2083 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
SDC1P18827 POLR1D-207ENST00000621089 1606 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
SDC1P18827 ABLIM2-201ENST00000341937 2589 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
SDC1P18827 TGOLN2-205ENST00000409232 2235 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
SDC1P18827 SUPT20H-201ENST00000350612 2739 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
SDC1P18827 LAPTM4A-201ENST00000175091 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
SDC1P18827 PAGE5-201ENST00000289619 741 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
SDC1P18827 TRAPPC1-201ENST00000303731 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
SDC1P18827 TSSC4-202ENST00000380992 992 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
SDC1P18827 NME2-201ENST00000393183 568 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
SDC1P18827 C2orf76-202ENST00000409466 1150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
SDC1P18827 AC004461.1-201ENST00000412461 403 ntBASIC15.07■□□□□ 0
SDC1P18827 RNF183-202ENST00000416588 849 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
SDC1P18827 AL627223.1-201ENST00000416693 442 ntBASIC15.07■□□□□ 0
SDC1P18827 MRPL20-203ENST00000482352 1049 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
SDC1P18827 FXR1-221ENST00000491674 365 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
SDC1P18827 FAM86HP-203ENST00000511564 521 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.7 ms