Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 CCHCR1-202ENST00000396263 2490 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 NRSN2-210ENST00000621012 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 DFNA5-202ENST00000409775 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 RAPSN-202ENST00000352508 1452 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 CLN3-229ENST00000567963 1452 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 H1FOO-201ENST00000324382 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 EFNA4-201ENST00000359751 1096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 AGER-204ENST00000375067 1250 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 PCAT6-201ENST00000417262 748 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 NCBP2-203ENST00000422610 676 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 KRT18P64-201ENST00000434946 1219 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 AC114956.2-201ENST00000512498 572 ntTSL 4 BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 FAM92A-214ENST00000522324 1072 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 AC133919.2-202ENST00000563515 416 ntTSL 3 BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 ZNF667-AS1-202ENST00000586091 678 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 LIM2-202ENST00000596399 861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 AC141424.1-203ENST00000599026 887 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 AC010619.1-201ENST00000599536 675 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 LINC01115-203ENST00000606068 577 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 AL356481.3-201ENST00000630523 575 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 AMZ2P1-202ENST00000430983 3425 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 AC009237.3-202ENST00000608013 3042 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 NRCAM-217ENST00000613830 3025 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 PHTF1-201ENST00000357783 2747 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 AKTIP-202ENST00000394657 2426 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 HNF1A-215ENST00000615446 2344 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 LONRF1-201ENST00000398246 3594 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 RPN1-207ENST00000497289 2137 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 GHDC-201ENST00000301671 2650 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 AL583722.1-201ENST00000540171 1307 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 ATXN2-201ENST00000377617 4702 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 AC105250.1-201ENST00000509378 2057 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 Z99756.1-201ENST00000458463 1951 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 PTGES3L-AARSD1-201ENST00000360221 1790 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 RNF167-211ENST00000575111 1757 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 ARL6IP1-201ENST00000304414 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 ANP32A-203ENST00000465139 2440 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 PAPLN-202ENST00000340738 5834 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 BEGAIN-201ENST00000355173 2674 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 TBC1D17-202ENST00000535102 2025 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 MAGEA2-208ENST00000623438 2009 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 SLC9A6-203ENST00000370701 4755 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 CTNNBIP1-203ENST00000377263 3000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 ANKRD24-206ENST00000600132 4026 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 PDK2-201ENST00000007708 2384 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 BTD-207ENST00000449107 1820 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 TAAR5-201ENST00000258034 1014 ntAPPRIS P1 BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 FAM19A3-202ENST00000369630 1282 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 CCDC107-204ENST00000378409 1173 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 COLEC11-205ENST00000402922 1134 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 AC008443.3-201ENST00000412295 549 ntTSL 4 BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 AL022068.1-202ENST00000432171 794 ntTSL 3 BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 PRICKLE2-AS1-203ENST00000476308 623 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 ARL6IP1-202ENST00000546206 1107 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 NDUFA4L2-206ENST00000556732 883 ntTSL 3 BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 SSH2-210ENST00000582084 560 ntTSL 3 BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 AC008738.7-201ENST00000609744 511 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 AF228730.6-201ENST00000641497 218 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 AC084121.3-201ENST00000641716 218 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 PAX3-206ENST00000392070 2258 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 ZNF764-201ENST00000252797 2738 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 MUTYH-209ENST00000448481 1706 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 AKT1-214ENST00000555528 3066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 NDUFA6-AS1-203ENST00000439129 2950 ntTSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 ICMT-201ENST00000343813 4771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 SLC25A45-214ENST00000534028 2432 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 RUSC1-203ENST00000368349 1968 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 FKBP6-202ENST00000413573 1507 ntTSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 DYNC1LI2-203ENST00000443351 1502 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 AC136621.1-201ENST00000624017 2304 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 FOLH1-202ENST00000340334 2697 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 ENDOV-213ENST00000520367 2680 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 LINC01215-201ENST00000607746 2592 ntTSL 3 BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 GPC1-201ENST00000264039 3713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 AFAP1L2-202ENST00000369271 3964 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 ALDOA-201ENST00000338110 2384 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 NAF1-201ENST00000274054 1907 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 NCKIPSD-201ENST00000294129 2989 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 ZNF764-202ENST00000395091 2970 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 PLTP-205ENST00000477313 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 TVP23C-210ENST00000584811 2989 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 SLC29A1-209ENST00000427851 2171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 CDKN2B-AS1-208ENST00000580576 2175 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 AC127383.1-201ENST00000444697 1800 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 GUCD1-204ENST00000407471 3482 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 IRX6-201ENST00000290552 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 RAB33B-201ENST00000305626 4562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 KIAA1755-206ENST00000496900 2557 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 KCMF1-201ENST00000409785 7568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 AC073349.1-201ENST00000340779 1062 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 HDAC8-203ENST00000373559 632 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 HDAC8-208ENST00000373583 434 ntTSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 MRPS18AP1-201ENST00000414458 589 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 AL161785.2-201ENST00000427080 966 ntTSL 3 BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 BASP1P1-201ENST00000430708 665 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 U52111.1-201ENST00000434284 914 ntTSL 3 BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 ZMYND10-AS1-201ENST00000440013 250 ntTSL 3 BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 ERGIC1-212ENST00000523291 586 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 SLC1A4-205ENST00000531327 1217 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 RAB35-202ENST00000534951 939 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.7 ms