Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 AC129507.3-201ENST00000571512 913 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 IKBKE-204ENST00000584998 2487 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 WBP2-204ENST00000585462 1895 ntTSL 3 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 AC010327.1-201ENST00000587871 975 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 AC084018.2-201ENST00000613093 2607 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 MIR8072-201ENST00000614241 80 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 MAP4K5-201ENST00000013125 4354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 ATP2B1-AS1-201ENST00000605386 3632 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 CHN1-205ENST00000409900 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 HDAC8-206ENST00000373571 2133 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 TRAPPC8-201ENST00000283351 6226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 DMAC2-201ENST00000221943 1692 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 ING4-202ENST00000396807 1393 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 PPAN-P2RY11-202ENST00000428358 2661 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 CRK-202ENST00000398970 3675 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 CTCF-201ENST00000264010 3939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 AC112229.1-202ENST00000490013 2918 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 SBSN-201ENST00000452271 1945 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 ZSCAN18-208ENST00000595944 1768 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 CLEC16A-203ENST00000409790 6891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 PITPNM2-202ENST00000320201 6736 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 ST3GAL5-229ENST00000638986 2331 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 SLC3A2-203ENST00000377890 2161 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 MARK2-209ENST00000509502 2862 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 IGHA1-202ENST00000641837 1310 ntAPPRIS P5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 CBSL-202ENST00000617706 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 NAT9-210ENST00000580301 1860 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 PPP1R26-204ENST00000604351 4640 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 CLPTM1L-209ENST00000507807 1740 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 TERT-202ENST00000334602 3210 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 HAND2-AS1-202ENST00000502896 5278 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 AHSA1-201ENST00000216479 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 TAF1B-201ENST00000263663 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 AL691432.1-201ENST00000596308 1422 ntBASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 GTF2IRD1-205ENST00000476977 5868 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 AC004987.2-201ENST00000395959 1148 ntBASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 RPS2P32-201ENST00000439199 892 ntBASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 GGTLC2-202ENST00000448514 678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 AC245100.5-201ENST00000452108 331 ntBASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 AL513217.1-202ENST00000458139 600 ntTSL 3 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 C12orf10-204ENST00000548632 988 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 NDUFB1-207ENST00000617122 417 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 AL033527.5-201ENST00000641382 801 ntBASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 SLC26A5-202ENST00000339444 2474 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 NRXN2-202ENST00000301894 3535 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 ADAM10-205ENST00000461408 1932 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 SYNC-202ENST00000409190 3398 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 PI16-201ENST00000373674 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 TUBB3-201ENST00000315491 1769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 DUSP13-210ENST00000491677 1770 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 RNPS1-223ENST00000568631 1792 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 SYNDIG1L-202ENST00000554823 2420 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 GLMP-213ENST00000612353 1365 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 GLMP-215ENST00000622703 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 RASIP1-201ENST00000222145 3308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 TOM1L2-201ENST00000318094 2259 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 RGS7-203ENST00000366564 2295 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 SEPT8-204ENST00000378699 2289 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 Z97205.2-201ENST00000564697 1639 ntBASIC15.46■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 WDR97-201ENST00000323662 6916 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 PRPF31-201ENST00000321030 2126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 ZFP30-201ENST00000351218 6090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 CDC14C-201ENST00000428251 1719 ntBASIC15.46■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 TRIM46-209ENST00000543729 1703 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 NFIA-205ENST00000371189 1989 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 CLMAT3-201ENST00000510576 1973 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 KCNQ2-236ENST00000637193 2983 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 HARS2-206ENST00000508522 1562 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 DUSP14-204ENST00000613659 1559 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 GTF2H2C-201ENST00000380729 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 HNF1B-202ENST00000614313 1819 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 HNF1B-203ENST00000617272 1820 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 FAM198B-203ENST00000585682 4900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 GDPD5-214ENST00000533784 2441 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 CFLAR-214ENST00000443227 1679 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 LDB3-208ENST00000623007 1664 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 IQCC-202ENST00000537469 2252 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 PCBP4-202ENST00000355852 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 KLC1-212ENST00000553286 3135 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 ITGB4-206ENST00000579662 5554 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 HNF1B-201ENST00000613727 1546 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 SUSD4-202ENST00000343846 3480 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 SLC25A46-201ENST00000355943 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 CYMP-AS1-201ENST00000457402 2351 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 TFF2-201ENST00000291526 737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 PRSS55-201ENST00000328655 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 NXT2-202ENST00000372103 1085 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 SLC22A11-203ENST00000377585 2124 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 AL161638.1-201ENST00000420354 481 ntTSL 3 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 AC105940.2-201ENST00000421055 380 ntTSL 3 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 AC022210.1-201ENST00000449856 793 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 RHOXF1P1-201ENST00000454625 772 ntTSL 3 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 SERF1A-205ENST00000507348 663 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 RNASEK-C17orf49-201ENST00000547302 900 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 IGHV3OR16-13-201ENST00000562905 353 ntAPPRIS P1 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 NAA38-206ENST00000576384 424 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 YPEL2-205ENST00000585166 881 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 RAMP2-202ENST00000587142 549 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 RAMP2-203ENST00000588576 573 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 TXNL4A-212ENST00000592957 546 ntTSL 3 BASIC15.45■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 63.6 ms