Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 KIAA1147-202ENST00000536163 7296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 FP565260.3-204ENST00000623795 2238 ntTSL 2 BASIC13.65□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 AC100861.1-202ENST00000500853 1970 ntTSL 2 BASIC13.65□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 HMGA1-204ENST00000401473 1887 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 ZIC1-201ENST00000282928 5241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 KRT27-201ENST00000301656 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 LINC01205-202ENST00000497996 1493 ntTSL 2 BASIC13.64□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 PRRC2A-201ENST00000376007 6861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 HIST1H2AD-201ENST00000341023 393 ntAPPRIS P1 BASIC13.64□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 FAM166B-201ENST00000399742 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 INE1-201ENST00000456273 945 ntBASIC13.64□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 MPZL1-209ENST00000474859 630 ntTSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 AC009902.2-201ENST00000518880 620 ntTSL 4 BASIC13.64□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 DRAP1-208ENST00000532933 751 ntTSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 AL161757.4-201ENST00000554149 621 ntTSL 3 BASIC13.64□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 MIR4525-201ENST00000580000 75 ntBASIC13.64□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 TMEM205-208ENST00000587948 688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.64□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 TMEM205-211ENST00000589555 788 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.64□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 PIH1D1-209ENST00000596049 992 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.64□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 AC141586.1-201ENST00000399702 2748 ntTSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 CNOT8-204ENST00000517876 2708 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.64□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 CASK-202ENST00000378158 3848 ntTSL 5 BASIC13.64□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 ARHGAP27-208ENST00000528384 2296 ntTSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 PDZD4-202ENST00000393758 3763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 AP003680.1-201ENST00000598970 3660 ntBASIC13.64□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 CLDND1-222ENST00000510545 2124 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.64□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 EPHX2-201ENST00000380476 2064 ntTSL 2 BASIC13.64□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 ZXDC-202ENST00000389709 3405 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 ARHGEF28-203ENST00000426542 6118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 CMKLR1-204ENST00000550402 1893 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 PDZRN3-201ENST00000263666 4248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 IL18BP-204ENST00000393703 1788 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC13.64□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 ADSL-220ENST00000636714 1734 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.64□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 CANT1-211ENST00000591773 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 SYT6-205ENST00000609117 4424 ntTSL 5 BASIC13.64□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 MAP6-202ENST00000434603 4329 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 ZNF84-201ENST00000327668 7162 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 KLHL36-204ENST00000564996 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 SPAG11A-201ENST00000326558 612 ntTSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 MPV17-208ENST00000405076 603 ntTSL 5 BASIC13.64□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 AL445931.1-201ENST00000412181 2112 ntTSL 2 BASIC13.64□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 THPO-202ENST00000421442 1132 ntTSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 ATXN2-AS-201ENST00000547021 485 ntTSL 2 BASIC13.64□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 SNX29P1-201ENST00000548357 1007 ntBASIC13.64□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 AP005482.1-201ENST00000563722 1273 ntBASIC13.64□□□□□ -0.23
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CHD3Q12873 RAMP2-202ENST00000587142 549 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 RAMP2-203ENST00000588576 573 ntTSL 5 BASIC13.64□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 AL589739.1-201ENST00000607720 493 ntBASIC13.64□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 AL162274.1-201ENST00000617191 1098 ntBASIC13.64□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 SHMT2-232ENST00000557487 1918 ntTSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 RPS23-201ENST00000296674 3437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 FAM92B-201ENST00000539556 1898 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.64□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 HOXC12-201ENST00000243103 3335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 MAPK3-212ENST00000484663 2567 ntTSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 MGRN1-201ENST00000262370 3968 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 AFAP1L2-202ENST00000369271 3964 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 MYLK3-202ENST00000536476 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.64□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 OR6D1P-202ENST00000641007 5290 ntBASIC13.64□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 FGF11-201ENST00000293829 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 SCAP-201ENST00000265565 4394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 ZNF789-201ENST00000331410 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 PHKA2-201ENST00000379942 5559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 FEN1-201ENST00000305885 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 PIK3R6-203ENST00000614407 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 HPS1-202ENST00000338546 1580 ntTSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 GHDC-201ENST00000301671 2650 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.63□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 TAGLN3-202ENST00000393917 1488 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.63□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 CDIP1-206ENST00000563507 1463 ntTSL 2 BASIC13.63□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 DNM1-208ENST00000486160 3181 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 KAZN-203ENST00000376030 6030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.63□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 SUSD4-204ENST00000366878 3025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 DNAJA4-206ENST00000446172 1399 ntTSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 CCDC90B-203ENST00000525503 1919 ntTSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 RAB33B-201ENST00000305626 4562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 TOM1-201ENST00000382034 1300 ntTSL 5 BASIC13.63□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 MGLL-204ENST00000434178 4941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 VASP-201ENST00000245932 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 CMA1-201ENST00000206446 633 ntTSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 RPF1-202ENST00000370656 724 ntTSL 2 BASIC13.63□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 PKIG-202ENST00000372886 1180 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.63□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 C1QA-201ENST00000374642 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 RNF186-201ENST00000375121 1250 ntAPPRIS P1 BASIC13.63□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 MAGEC1-202ENST00000406005 1084 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 FAM25G-201ENST00000452267 345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 CD28-203ENST00000458610 705 ntTSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 ZSCAN2-213ENST00000541040 965 ntTSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 DPF3-210ENST00000556509 1138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 AC044860.1-202ENST00000559481 777 ntBASIC13.63□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 INTS11-203ENST00000419704 1798 ntTSL 2 BASIC13.63□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 PLPPR5-201ENST00000263177 3288 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 BTBD3-201ENST00000254977 4686 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC13.63□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 FAM135A-205ENST00000418814 6415 ntTSL 5 BASIC13.63□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 UNG-201ENST00000242576 2071 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 NTRK3-202ENST00000355254 2938 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.63□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 MBD1-222ENST00000590208 2913 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 NR2E3-204ENST00000621736 2032 ntTSL 2 BASIC13.63□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 DDOST-206ENST00000602624 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 GPR89B-201ENST00000314163 1934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 SRGAP2C-201ENST00000304465 1477 ntTSL 5 BASIC13.63□□□□□ -0.23
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