Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 YTHDF3-215ENST00000621957 2387 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 TMEM101-201ENST00000206380 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 OXCT1-AS1-201ENST00000508458 1731 ntTSL 3 BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 SATB2-205ENST00000443023 6194 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 ARHGEF25-208ENST00000616622 2103 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 AC006449.6-201ENST00000612330 2296 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 CLK3P2-201ENST00000427566 1453 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 CLCN6-207ENST00000376497 814 ntTSL 3 BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 LINC01784-201ENST00000438401 378 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 AC104596.2-201ENST00000512793 793 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 AC013451.1-201ENST00000554552 518 ntTSL 4 BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 RARRES2P5-201ENST00000564013 466 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 AC005746.1-201ENST00000589244 672 ntTSL 3 BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 APOC4-201ENST00000591600 348 ntTSL 3 BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 LINC00237-203ENST00000593272 630 ntTSL 4 BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 SPIB-207ENST00000597855 564 ntTSL 4 BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 TMEM261P1-201ENST00000604899 340 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 WFDC1-204ENST00000613603 549 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 C11orf53-203ENST00000637637 1049 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 VIPR1-204ENST00000438259 2427 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 AL591845.1-201ENST00000373137 1838 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 CDCA5-201ENST00000275517 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 TMEM140-201ENST00000275767 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 TMUB2-209ENST00000587989 1969 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 CTSD-213ENST00000637915 1982 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 KMT5A-201ENST00000330479 3069 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 ADAMTS2-201ENST00000251582 6754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 CNTNAP3B-201ENST00000276974 3240 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 BACE1-211ENST00000528053 4083 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 TOM1L1-204ENST00000570371 2442 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 HMGA1-204ENST00000401473 1887 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 GUCA1A-203ENST00000394237 2233 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 HGNC:18790-202ENST00000421177 4172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 PHGDH-223ENST00000641597 2585 ntAPPRIS P1 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 PRPS2-203ENST00000398491 1348 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 KRT35-202ENST00000393989 1670 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 SLC4A3-204ENST00000373760 4134 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 ABCC1-201ENST00000399408 6594 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 ABCC1-202ENST00000399410 6552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 CRYM-201ENST00000219599 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 AC092364.2-201ENST00000596710 2692 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 DDOST-206ENST00000602624 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 PLEKHG3-202ENST00000394691 4397 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 SPAAR-202ENST00000443779 1612 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 DMAC2-210ENST00000592922 1622 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 AGTRAP-202ENST00000376627 1055 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 MIR658-201ENST00000385210 100 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 IFNL3-201ENST00000413851 656 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 AL645941.1-201ENST00000415875 338 ntTSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 AL157832.1-201ENST00000428273 495 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 TMEM191A-209ENST00000452055 788 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 RHOA-206ENST00000454011 889 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 TVP23B-202ENST00000476139 2989 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 STMN4-207ENST00000523048 1224 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 FUZ-207ENST00000526575 482 ntTSL 4 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 IL32-215ENST00000529550 772 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 AC006064.3-201ENST00000537921 477 ntTSL 4 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 AC021054.1-202ENST00000543884 599 ntTSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 SUOX-214ENST00000551841 906 ntTSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 PIH1D1-209ENST00000596049 992 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 EPHB4-201ENST00000358173 4329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 PEPD-202ENST00000397032 1754 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 DEK-201ENST00000244776 1441 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 ADAMTS13-201ENST00000355699 4442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 SLC25A48-203ENST00000425402 2062 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 CYP2R1-201ENST00000334636 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 ADD1-201ENST00000264758 4045 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 OAZ2-207ENST00000560258 1744 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 SP100-204ENST00000409341 1898 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 SLC25A36-203ENST00000446041 4638 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 SPATS1-201ENST00000288390 1354 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 MBD1-207ENST00000398488 1512 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 TPM1-201ENST00000267996 1670 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 CCDC181-206ENST00000491570 1652 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 SLC5A7-201ENST00000264047 5152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 AP000487.1-202ENST00000500185 2602 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 CALHM2-202ENST00000369788 1843 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 CES4A-206ENST00000540579 1825 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 HSFX1-201ENST00000370416 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 URAHP-202ENST00000409873 1349 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 ITPK1-210ENST00000556603 3174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 ASAH1-240ENST00000636997 1774 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 SH2B3-202ENST00000538307 2062 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 PCDHA4-203ENST00000530339 5251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 C1QTNF1-202ENST00000339142 3100 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 ADCY2-201ENST00000338316 6575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 LRCOL1-201ENST00000376608 778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 NUDT1-205ENST00000397048 783 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 LINC01273-201ENST00000411453 685 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 NF2-210ENST00000413209 4733 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 TMEM14DP-201ENST00000422205 345 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 AC114730.3-201ENST00000435195 584 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 ELP6-209ENST00000446787 894 ntTSL 3 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 AC007389.4-201ENST00000454674 793 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 NUTM2A-AS1-212ENST00000458739 733 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 AC009720.1-201ENST00000511867 586 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 MTUS1-215ENST00000519066 567 ntTSL 4 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 HMBS-209ENST00000537841 1559 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 MRPL52-216ENST00000557221 922 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 COMMD4-217ENST00000567195 677 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.6 ms