Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 RCL1-204ENST00000381750 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
TRIM28Q13263 ARHGAP27-208ENST00000528384 2296 ntTSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
TRIM28Q13263 ZDHHC4-203ENST00000396707 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
TRIM28Q13263 ACP2-205ENST00000527256 1499 ntTSL 2 BASIC19.48■□□□□ 0.71
TRIM28Q13263 KMT2B-201ENST00000420124 8469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
TRIM28Q13263 SPAG9-202ENST00000357122 4761 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
TRIM28Q13263 NCK1-201ENST00000288986 1937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
TRIM28Q13263 HNRNPD-201ENST00000313899 3033 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
TRIM28Q13263 CDK4-201ENST00000257904 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
TRIM28Q13263 HASPIN-201ENST00000325418 2797 ntAPPRIS P1 BASIC19.47■□□□□ 0.71
TRIM28Q13263 SPG7-201ENST00000268704 3076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
TRIM28Q13263 CTSA-202ENST00000354880 1820 ntTSL 2 BASIC19.47■□□□□ 0.71
TRIM28Q13263 SNX6-202ENST00000396526 3398 ntTSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
TRIM28Q13263 RPL39L-201ENST00000296277 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
TRIM28Q13263 AC006001.1-201ENST00000325130 474 ntBASIC19.47■□□□□ 0.71
TRIM28Q13263 LCE1E-202ENST00000368771 575 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC19.47■□□□□ 0.71
TRIM28Q13263 AL136988.1-201ENST00000414640 1029 ntTSL 3 BASIC19.47■□□□□ 0.71
TRIM28Q13263 LINC00116-202ENST00000426713 461 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC19.47■□□□□ 0.71
TRIM28Q13263 TMEM225B-203ENST00000453227 1041 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.47■□□□□ 0.71
TRIM28Q13263 BX322559.1-201ENST00000456613 319 ntTSL 3 BASIC19.47■□□□□ 0.71
TRIM28Q13263 PAFAH1B3-202ENST00000538771 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.47■□□□□ 0.71
TRIM28Q13263 ZNF7-218ENST00000544249 2125 ntTSL 2 BASIC19.47■□□□□ 0.71
TRIM28Q13263 ST6GALNAC6-202ENST00000373141 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.47■□□□□ 0.71
TRIM28Q13263 SUPT20HL2-201ENST00000486479 2409 ntBASIC19.47■□□□□ 0.71
TRIM28Q13263 SGO1-203ENST00000412997 2587 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
TRIM28Q13263 PAK4-202ENST00000358301 2739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
TRIM28Q13263 ARHGAP11B-210ENST00000622744 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
TRIM28Q13263 ZNF133-205ENST00000401790 2642 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.47■□□□□ 0.71
TRIM28Q13263 ZNF133-206ENST00000402618 2622 ntTSL 2 BASIC19.47■□□□□ 0.71
TRIM28Q13263 HNF4A-202ENST00000316673 1470 ntTSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
TRIM28Q13263 ZFAND6-207ENST00000558494 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
TRIM28Q13263 PTGES3L-AARSD1-201ENST00000360221 1790 ntTSL 2 BASIC19.47■□□□□ 0.71
TRIM28Q13263 C2CD2-202ENST00000380486 6345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
TRIM28Q13263 LOXL3-203ENST00000409249 2431 ntTSL 5 BASIC19.46■□□□□ 0.71
TRIM28Q13263 KCNQ1-201ENST00000155840 3245 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
TRIM28Q13263 TMEM189-UBE2V1-201ENST00000341698 2757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
TRIM28Q13263 ARHGEF18-202ENST00000359920 5733 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.46■□□□□ 0.71
TRIM28Q13263 AC009053.1-201ENST00000566802 2320 ntTSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
TRIM28Q13263 GTF2A1L-203ENST00000430487 1575 ntTSL 2 BASIC19.46■□□□□ 0.71
TRIM28Q13263 SPIB-201ENST00000270632 1443 ntTSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
TRIM28Q13263 AC026412.1-202ENST00000512335 2231 ntTSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
TRIM28Q13263 B9D1-201ENST00000261499 908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
TRIM28Q13263 B9D1-203ENST00000395615 805 ntTSL 3 BASIC19.46■□□□□ 0.71
TRIM28Q13263 MIR1908-201ENST00000410394 80 ntBASIC19.46■□□□□ 0.71
TRIM28Q13263 NUS1P3-201ENST00000423502 862 ntBASIC19.46■□□□□ 0.71
TRIM28Q13263 AL121983.1-201ENST00000424181 335 ntTSL 2 BASIC19.46■□□□□ 0.71
TRIM28Q13263 AC026954.1-201ENST00000429771 1293 ntBASIC19.46■□□□□ 0.71
TRIM28Q13263 ACTBP11-201ENST00000436287 1126 ntBASIC19.46■□□□□ 0.71
TRIM28Q13263 AC114812.1-204ENST00000449669 728 ntBASIC19.46■□□□□ 0.71
TRIM28Q13263 POLR2F-208ENST00000470701 584 ntTSL 3 BASIC19.46■□□□□ 0.71
TRIM28Q13263 RPL8-205ENST00000527914 551 ntTSL 3 BASIC19.46■□□□□ 0.71
TRIM28Q13263 AC090502.1-201ENST00000549905 748 ntTSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
TRIM28Q13263 AC090502.1-204ENST00000551210 469 ntTSL 2 BASIC19.46■□□□□ 0.71
TRIM28Q13263 AL122035.1-201ENST00000556640 550 ntTSL 2 BASIC19.46■□□□□ 0.71
TRIM28Q13263 DYNLRB2-205ENST00000568035 409 ntTSL 5 BASIC19.46■□□□□ 0.71
TRIM28Q13263 AC010503.1-201ENST00000596027 520 ntTSL 5 BASIC19.46■□□□□ 0.71
TRIM28Q13263 LARP4-220ENST00000615080 856 ntTSL 5 BASIC19.46■□□□□ 0.71
TRIM28Q13263 CKMT1A-208ENST00000626814 1073 ntTSL 5 BASIC19.46■□□□□ 0.71
TRIM28Q13263 AL391650.2-201ENST00000640097 941 ntTSL 5 BASIC19.46■□□□□ 0.71
TRIM28Q13263 CLCN2-204ENST00000434054 2897 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.46■□□□□ 0.71
TRIM28Q13263 SCPEP1-201ENST00000262288 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
TRIM28Q13263 E2F2-201ENST00000361729 5191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
TRIM28Q13263 SHISA5-208ENST00000442747 2250 ntTSL 2 BASIC19.46■□□□□ 0.71
TRIM28Q13263 BTN1A1-202ENST00000613186 2266 ntTSL 2 BASIC19.46■□□□□ 0.71
TRIM28Q13263 STOX1-204ENST00000399169 3281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
TRIM28Q13263 ZP3-201ENST00000336517 1483 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
TRIM28Q13263 ILF3-AS1-201ENST00000591501 1983 ntBASIC19.46■□□□□ 0.71
TRIM28Q13263 DACH1-203ENST00000619232 2986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.46■□□□□ 0.71
TRIM28Q13263 ZSCAN30-212ENST00000639929 1305 ntTSL 5 BASIC19.46■□□□□ 0.71
TRIM28Q13263 LINC00094-204ENST00000599836 1689 ntAPPRIS P5 BASIC19.46■□□□□ 0.71
TRIM28Q13263 AL121758.1-201ENST00000488788 2714 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.45■□□□□ 0.7
TRIM28Q13263 AL731569.1-201ENST00000428940 3058 ntTSL 2 BASIC19.45■□□□□ 0.7
TRIM28Q13263 LTB4R2-202ENST00000528054 3092 ntBASIC19.45■□□□□ 0.7
TRIM28Q13263 NINL-201ENST00000278886 4969 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
TRIM28Q13263 B9D1-209ENST00000477478 1353 ntTSL 3 BASIC19.45■□□□□ 0.7
TRIM28Q13263 PGBD5-202ENST00000525115 1569 ntTSL 2 BASIC19.45■□□□□ 0.7
TRIM28Q13263 RSPO1-204ENST00000615459 2331 ntTSL 2 BASIC19.45■□□□□ 0.7
TRIM28Q13263 SEPT5-204ENST00000406395 1974 ntTSL 5 BASIC19.45■□□□□ 0.7
TRIM28Q13263 ARHGEF18-201ENST00000319670 5212 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
TRIM28Q13263 TRMO-203ENST00000375119 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
TRIM28Q13263 ZNRD1-201ENST00000332435 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
TRIM28Q13263 EDN2-201ENST00000372587 1241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
TRIM28Q13263 AC113608.2-201ENST00000448379 487 ntTSL 3 BASIC19.45■□□□□ 0.7
TRIM28Q13263 KRT18P25-201ENST00000508931 1278 ntBASIC19.45■□□□□ 0.7
TRIM28Q13263 DPF3-210ENST00000556509 1138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
TRIM28Q13263 DUX4L45-201ENST00000566406 1057 ntBASIC19.45■□□□□ 0.7
TRIM28Q13263 AC020911.1-201ENST00000591038 578 ntTSL 2 BASIC19.45■□□□□ 0.7
TRIM28Q13263 AC145423.3-201ENST00000615987 467 ntBASIC19.45■□□□□ 0.7
TRIM28Q13263 ZP3-204ENST00000416245 1846 ntTSL 2 BASIC19.45■□□□□ 0.7
TRIM28Q13263 AL138752.2-201ENST00000540557 2591 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.45■□□□□ 0.7
TRIM28Q13263 SLC3A2-208ENST00000536981 1486 ntTSL 2 BASIC19.45■□□□□ 0.7
TRIM28Q13263 AC022188.1-201ENST00000620960 1664 ntBASIC19.45■□□□□ 0.7
TRIM28Q13263 GPR158-AS1-201ENST00000449643 2433 ntTSL 2 BASIC19.45■□□□□ 0.7
TRIM28Q13263 TRPM2-AS-202ENST00000456880 2056 ntTSL 2 BASIC19.45■□□□□ 0.7
TRIM28Q13263 MAX-205ENST00000358664 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
TRIM28Q13263 PRG2-202ENST00000525955 1367 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.44■□□□□ 0.7
TRIM28Q13263 LITAF-201ENST00000339430 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.44■□□□□ 0.7
TRIM28Q13263 FAM151A-201ENST00000302250 2005 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.44■□□□□ 0.7
TRIM28Q13263 SEC14L4-204ENST00000381982 1603 ntTSL 1 (best) BASIC19.44■□□□□ 0.7
TRIM28Q13263 CHI3L2-212ENST00000524472 1435 ntTSL 2 BASIC19.44■□□□□ 0.7
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