Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 SEPT11-201ENST00000264893 5593 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 F11R-202ENST00000368026 4835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 FBF1-205ENST00000586717 4825 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.87■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 SPIN2A-201ENST00000374906 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 SLC43A3-203ENST00000395124 2617 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 NCK1-201ENST00000288986 1937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 RPS3-201ENST00000278572 907 ntTSL 3 BASIC19.87■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 KLK11-201ENST00000319720 1198 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 DUSP23-202ENST00000368108 694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 RBAK-RBAKDN-201ENST00000396904 766 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC19.87■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 RBAK-RBAKDN-202ENST00000407184 1001 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.87■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 BTBD6P1-201ENST00000412176 1267 ntBASIC19.87■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 AL445430.1-201ENST00000419796 699 ntTSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 CHIA-209ENST00000483391 1188 ntTSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 RPL27A-202ENST00000524496 558 ntTSL 3 BASIC19.87■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 EHF-205ENST00000527935 557 ntTSL 2 BASIC19.87■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 FP565260.5-201ENST00000623188 479 ntTSL 3 BASIC19.87■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 AL008638.5-201ENST00000623814 1298 ntBASIC19.87■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 STX17-205ENST00000525640 2523 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.87■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 ADAM11-203ENST00000535346 2529 ntTSL 2 BASIC19.87■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 LETM2-202ENST00000379957 1873 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.87■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 CMKLR1-204ENST00000550402 1893 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 ATP6AP2-226ENST00000637526 1862 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.87■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 TMEM39B-201ENST00000336294 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 SLC27A2-201ENST00000267842 2394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 KCTD20-210ENST00000536244 5345 ntTSL 2 BASIC19.87■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 ATXN2-227ENST00000616825 4575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.87■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 C17orf74-201ENST00000333870 1651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 NEU3-206ENST00000532963 1643 ntTSL 2 BASIC19.87■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 AP1M1-202ENST00000429941 1578 ntTSL 2 BASIC19.87■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 PRR19-201ENST00000341747 1530 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.86■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 MYOZ1-201ENST00000359322 1541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 ZNF143-213ENST00000530463 2022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 TAP1-201ENST00000354258 2959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 STXBP3-201ENST00000370008 2478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 C6orf47-202ENST00000375911 2475 ntAPPRIS P1 BASIC19.86■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 NLRP6-203ENST00000534750 2936 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.86■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 KLK5-202ENST00000391809 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 NUP50-202ENST00000396096 1895 ntTSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 ANXA8L1-208ENST00000622769 1861 ntTSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 SPATC1L-201ENST00000291672 2303 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.86■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 EIF2AK3-201ENST00000303236 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 STRN4-201ENST00000263280 3210 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 PSMC3-209ENST00000530912 1390 ntTSL 5 BASIC19.86■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 SACS-AS1-201ENST00000443092 2234 ntTSL 2 BASIC19.86■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 SELENOF-201ENST00000331835 1781 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 GRN-222ENST00000639447 1314 ntTSL 2 BASIC19.86■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 SCARB2-201ENST00000264896 4792 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 KNCN-202ENST00000396314 608 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC19.86■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 MIR663B-201ENST00000408361 115 ntBASIC19.86■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 MIR1202-201ENST00000408529 83 ntBASIC19.86■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 AKR7A2P1-201ENST00000460134 915 ntBASIC19.86■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 CCDC153-204ENST00000503566 1295 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.86■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 RNA5SP486-201ENST00000515961 83 ntBASIC19.86■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 HBS1L-208ENST00000525067 582 ntTSL 3 BASIC19.86■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 CATSPERZ-203ENST00000539943 917 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.86■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 ACTG1P17-201ENST00000558391 1119 ntBASIC19.86■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 ZSCAN32-210ENST00000573830 668 ntTSL 3 BASIC19.86■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 AC008805.2-201ENST00000590069 435 ntTSL 5 BASIC19.86■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 UBL5-208ENST00000593087 320 ntTSL 3 BASIC19.86■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 AC005695.3-201ENST00000614522 232 ntBASIC19.86■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 BX539320.1-201ENST00000623759 877 ntBASIC19.86■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 AC015967.2-201ENST00000624092 234 ntBASIC19.86■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 AC006435.4-201ENST00000625037 234 ntBASIC19.86■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 AL356737.1-201ENST00000634391 234 ntBASIC19.86■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 CACNA1A-227ENST00000636549 6792 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.86■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 TBC1D4-204ENST00000431480 6347 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 FICD-204ENST00000552695 3347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 KPNA2-202ENST00000537025 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 FAM153B-220ENST00000515817 1966 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.86■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 LARP4-219ENST00000614335 1949 ntTSL 5 BASIC19.86■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 DFNA5-207ENST00000419307 2265 ntTSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 IL6R-202ENST00000368485 5914 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 NSMF-204ENST00000371473 3556 ntTSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 PRPF31-201ENST00000321030 2126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 CLCNKB-201ENST00000375667 2129 ntTSL 2 BASIC19.85■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 SLCO2B1-205ENST00000525650 2121 ntTSL 2 BASIC19.85■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 GJA3-201ENST00000241125 5211 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.85■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 KDM1A-202ENST00000400181 3059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 SNAP23-201ENST00000249647 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 UBR3-203ENST00000418381 7951 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.85■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 PSMD13-212ENST00000532097 1991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 USB1-201ENST00000219281 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 SAR1B-208ENST00000507419 2287 ntTSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 KLHDC8A-205ENST00000539253 2931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.85■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 GYPC-201ENST00000259254 1246 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 LCN9-201ENST00000277526 531 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.85■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 ZNRD1-201ENST00000332435 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 EMC3-AS1-202ENST00000366264 559 ntTSL 4 BASIC19.85■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 GABARAPL2-201ENST00000037243 1002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 TCEAL1-203ENST00000372626 721 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.85■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 TREM2-203ENST00000373122 1012 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 TMEM52-203ENST00000378602 1118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 IGLV4-69-201ENST00000390282 419 ntAPPRIS P1 BASIC19.85■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 TPT1-AS1-203ENST00000412946 744 ntTSL 3 BASIC19.85■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 ZSCAN32-204ENST00000422427 1267 ntTSL 2 BASIC19.85■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 LINC01694-201ENST00000424569 821 ntTSL 5 BASIC19.85■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 ACR-203ENST00000529621 708 ntTSL 5 BASIC19.85■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 AP006621.2-201ENST00000533938 284 ntTSL 3 BASIC19.85■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 ANAPC15-214ENST00000543587 883 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.5 ms