Protein–RNA interactions for Protein: P48742

LHX1, LIM/homeobox protein Lhx1, humanhuman

Predictions only

Length 406 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX1P48742 EIF2B4-205ENST00000445933 1608 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
LHX1P48742 NR2C2-201ENST00000323373 2406 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
LHX1P48742 BMP1-201ENST00000306349 2626 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
LHX1P48742 NLGN2-201ENST00000302926 4642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
LHX1P48742 DDX55-203ENST00000421670 1574 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
LHX1P48742 ING4-202ENST00000396807 1393 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
LHX1P48742 ZFP28-201ENST00000301318 4096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
LHX1P48742 GOLIM4-201ENST00000309027 2100 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
LHX1P48742 MUTYH-209ENST00000448481 1706 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
LHX1P48742 CTDSP2-201ENST00000398073 4795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
LHX1P48742 RAP1GDS1-203ENST00000380158 2085 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
LHX1P48742 NDRG2-209ENST00000397853 2079 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
LHX1P48742 RABGAP1L-204ENST00000357444 2605 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
LHX1P48742 MXD1-201ENST00000264444 5587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
LHX1P48742 SGPP1-201ENST00000247225 3312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
LHX1P48742 MYCBPAP-203ENST00000436259 3102 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
LHX1P48742 VCX2-201ENST00000317103 815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
LHX1P48742 MRGPRF-202ENST00000320913 705 ntTSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
LHX1P48742 SLC9A7-201ENST00000328306 3838 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
LHX1P48742 LINC01116-202ENST00000339037 838 ntTSL 3 BASIC16.76■□□□□ 0.27
LHX1P48742 YBEY-202ENST00000339195 890 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
LHX1P48742 STMN1-201ENST00000357865 1137 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
LHX1P48742 NGF-201ENST00000369512 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
LHX1P48742 RABL2A-203ENST00000393166 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
LHX1P48742 GRAP-202ENST00000395635 834 ntTSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
LHX1P48742 YBEY-203ENST00000397691 764 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.76■□□□□ 0.27
LHX1P48742 DGCR5-201ENST00000399539 862 ntBASIC16.76■□□□□ 0.27
LHX1P48742 RNASEH1-AS1-202ENST00000438436 1218 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
LHX1P48742 SPATA8-AS1-201ENST00000558722 465 ntTSL 3 BASIC16.76■□□□□ 0.27
LHX1P48742 NOP53-AS1-201ENST00000602048 540 ntTSL 4 BASIC16.76■□□□□ 0.27
LHX1P48742 AC016727.1-203ENST00000603199 540 ntTSL 4 BASIC16.76■□□□□ 0.27
LHX1P48742 TMEM261P1-201ENST00000604899 340 ntBASIC16.76■□□□□ 0.27
LHX1P48742 RPL23AP53-203ENST00000606975 736 ntTSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
LHX1P48742 IFI27-210ENST00000616764 716 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
LHX1P48742 RPP40-207ENST00000618533 1056 ntTSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
LHX1P48742 IFI27-213ENST00000620066 719 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
LHX1P48742 VCX-203ENST00000620630 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
LHX1P48742 AC247036.4-201ENST00000632099 353 ntAPPRIS P1 BASIC16.76■□□□□ 0.27
LHX1P48742 MIOS-202ENST00000405785 3095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
LHX1P48742 SUV39H1-202ENST00000376687 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
LHX1P48742 UNC13A-205ENST00000551649 6052 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
LHX1P48742 MINK1-202ENST00000355280 4961 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
LHX1P48742 ZMYND12-201ENST00000372565 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
LHX1P48742 SEC14L4-201ENST00000255858 2499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
LHX1P48742 CAPZB-204ENST00000375144 1568 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
LHX1P48742 KLC1-212ENST00000553286 3135 ntTSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
LHX1P48742 RERG-209ENST00000546331 1383 ntTSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
LHX1P48742 AC007326.5-201ENST00000640084 1382 ntTSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
LHX1P48742 MSC-AS1-208ENST00000522519 1537 ntTSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
LHX1P48742 AC026691.1-201ENST00000602502 2017 ntBASIC16.75■□□□□ 0.27
LHX1P48742 LINC01529-205ENST00000637365 2000 ntTSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
LHX1P48742 AGFG1-202ENST00000373671 1669 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
LHX1P48742 RSPO1-203ENST00000612451 2463 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
LHX1P48742 PLCB1-201ENST00000338037 7092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
LHX1P48742 SLC3A2-208ENST00000536981 1486 ntTSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
LHX1P48742 BATF2-201ENST00000301887 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
LHX1P48742 ZNF398-203ENST00000483892 2121 ntTSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
LHX1P48742 AC010491.1-201ENST00000563101 2797 ntBASIC16.75■□□□□ 0.27
LHX1P48742 ELK1-203ENST00000376983 2258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
LHX1P48742 AL136309.2-201ENST00000427049 2277 ntTSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
LHX1P48742 CCDC136-212ENST00000487361 2268 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
LHX1P48742 EFNB3-201ENST00000226091 3222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
LHX1P48742 SMIM13-202ENST00000416247 4688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
LHX1P48742 RBX1-201ENST00000216225 1188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
LHX1P48742 CCL25-201ENST00000253451 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
LHX1P48742 FIBP-201ENST00000338369 1261 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
LHX1P48742 TRAPPC3-203ENST00000373163 951 ntTSL 3 BASIC16.75■□□□□ 0.27
LHX1P48742 AL845321.1-202ENST00000432011 786 ntTSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
LHX1P48742 HMGB2-203ENST00000446922 1175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
LHX1P48742 METTL6-204ENST00000450816 1221 ntTSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
LHX1P48742 S100A6-205ENST00000496817 673 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
LHX1P48742 IL32-215ENST00000529550 772 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC16.75■□□□□ 0.27
LHX1P48742 IFITM2-204ENST00000533141 588 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC16.75■□□□□ 0.27
LHX1P48742 CR383656.12-201ENST00000549567 513 ntBASIC16.75■□□□□ 0.27
LHX1P48742 AC099482.1-201ENST00000563471 481 ntTSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
LHX1P48742 AC108134.3-202ENST00000571404 1207 ntTSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
LHX1P48742 AC008770.3-202ENST00000591944 567 ntTSL 4 BASIC16.75■□□□□ 0.27
LHX1P48742 HIST1H2BO-201ENST00000616182 381 ntAPPRIS P1 BASIC16.75■□□□□ 0.27
LHX1P48742 ARHGEF25-202ENST00000333972 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
LHX1P48742 DCLK2-201ENST00000296550 4265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
LHX1P48742 KRT76-201ENST00000332411 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
LHX1P48742 ZNF418-208ENST00000599852 2501 ntTSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
LHX1P48742 C1RL-210ENST00000544702 1569 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
LHX1P48742 LRRN4-201ENST00000378858 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
LHX1P48742 RNF32-204ENST00000392743 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
LHX1P48742 TMEM229B-201ENST00000357461 4068 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
LHX1P48742 PLAA-205ENST00000520884 2041 ntTSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
LHX1P48742 AC006064.2-201ENST00000501075 2196 ntTSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
LHX1P48742 AC006460.2-201ENST00000638173 4744 ntTSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
LHX1P48742 MUTYH-211ENST00000456914 1692 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
LHX1P48742 MAGEA2-202ENST00000598543 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
LHX1P48742 PLCB1-203ENST00000378641 7323 ntTSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
LHX1P48742 AFTPH-202ENST00000238856 4040 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
LHX1P48742 DNAAF1-201ENST00000378553 2379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
LHX1P48742 AP000253.1-201ENST00000449339 2233 ntTSL 3 BASIC16.74■□□□□ 0.27
LHX1P48742 CLK3P2-201ENST00000427566 1453 ntBASIC16.74■□□□□ 0.27
LHX1P48742 CD300LG-206ENST00000588884 1459 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
LHX1P48742 TSC2-207ENST00000439673 5287 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
LHX1P48742 TMTC2-201ENST00000321196 5681 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
LHX1P48742 HOXD3-201ENST00000249440 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.7 ms