Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 CKAP4-201ENST00000378026 3093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.7□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 MRPS6-201ENST00000399312 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.7□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 CMTM3-202ENST00000424011 2330 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.7□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 Z98749.2-207ENST00000443658 679 ntTSL 2 BASIC13.7□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 RN7SL837P-201ENST00000463010 287 ntBASIC13.7□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 PTK7-212ENST00000476760 902 ntTSL 2 BASIC13.7□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 NME2-206ENST00000513177 692 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.7□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 SCN4B-204ENST00000529878 566 ntTSL 4 BASIC13.7□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 IFITM2-204ENST00000533141 588 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC13.7□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 LINC02356-202ENST00000552663 314 ntTSL 3 BASIC13.7□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 AC104794.3-201ENST00000566840 1248 ntBASIC13.7□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 AC026471.2-201ENST00000569782 655 ntTSL 2 BASIC13.7□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 NAA38-206ENST00000576384 424 ntTSL 2 BASIC13.7□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 TRAPPC6A-204ENST00000588062 695 ntTSL 2 BASIC13.7□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 PLA2G2D-202ENST00000617227 1856 ntTSL 1 (best) BASIC13.7□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 AC090164.4-201ENST00000632451 313 ntTSL 5 BASIC13.7□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 MAP1LC3B-201ENST00000268607 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.7□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 MAP4K1-208ENST00000589130 2654 ntTSL 5 BASIC13.7□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 C17orf100-201ENST00000542475 1756 ntAPPRIS P1 BASIC13.7□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 AC012313.3-202ENST00000599109 3322 ntTSL 5 BASIC13.7□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 CRAMP1-201ENST00000293925 7671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.7□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 BEX4-202ENST00000372695 1328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.7□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 SLC2A13-202ENST00000380858 3082 ntTSL 1 (best) BASIC13.7□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 STK10-201ENST00000176763 6060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.7□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 IER2-203ENST00000588173 2934 ntAPPRIS P1 BASIC13.7□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 AC026412.1-203ENST00000507841 2338 ntTSL 1 (best) BASIC13.7□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 ZMYM3-202ENST00000373978 1511 ntTSL 5 BASIC13.7□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 GUCD1-204ENST00000407471 3482 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC13.7□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 SNRPF-201ENST00000266735 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.7□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 ZNF382-202ENST00000423582 2657 ntTSL 1 (best) BASIC13.7□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 ZBTB17-216ENST00000537142 2511 ntTSL 2 BASIC13.7□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 CMKLR1-206ENST00000552995 1890 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.7□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 LITAF-201ENST00000339430 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.7□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 ACSS2-202ENST00000360596 3065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.7□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 COL18A1-202ENST00000355480 5924 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.7□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 CYP11A1-201ENST00000268053 1934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.7□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 TOM1L2-209ENST00000540946 1420 ntTSL 2 BASIC13.7□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 NIPAL4-201ENST00000311946 3274 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.7□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 BRF1-201ENST00000327359 2292 ntTSL 2 BASIC13.69□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 TRAF3-204ENST00000539721 1786 ntTSL 2 BASIC13.69□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 L1CAM-203ENST00000370055 4655 ntTSL 5 BASIC13.69□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 MAP9-202ENST00000379248 1165 ntTSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 ZFAND2B-203ENST00000409206 1159 ntTSL 2 BASIC13.69□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 C2orf76-202ENST00000409466 1150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 ZFAND2B-212ENST00000444522 1199 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.69□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 NECAP2-203ENST00000457722 935 ntTSL 2 BASIC13.69□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 AC092910.3-201ENST00000484076 969 ntTSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 AC098859.1-201ENST00000502915 1238 ntBASIC13.69□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 MAPKAPK5-203ENST00000547305 494 ntTSL 2 BASIC13.69□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 AC091544.3-201ENST00000556424 531 ntTSL 2 BASIC13.69□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 AL031717.1-201ENST00000569670 565 ntTSL 4 BASIC13.69□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 AC138207.8-201ENST00000579692 739 ntTSL 3 BASIC13.69□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 DUSP13-212ENST00000605915 1015 ntTSL 5 BASIC13.69□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 AC244517.11-204ENST00000624424 760 ntTSL 5 BASIC13.69□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 RAB34-223ENST00000636154 730 ntTSL 2 BASIC13.69□□□□□ -0.22
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CHD3Q12873 N4BP3-201ENST00000274605 6080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 PCSK4-201ENST00000300954 2661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 TMTC2-203ENST00000548305 2682 ntTSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.22
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CHD3Q12873 VSIG10L-201ENST00000335624 3397 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.69□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 ZFAND6-207ENST00000558494 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 PBX1-219ENST00000560641 3225 ntTSL 5 BASIC13.69□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 HTR1B-201ENST00000369947 2021 ntAPPRIS P1 BASIC13.69□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 PHKG2-201ENST00000328273 1536 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.69□□□□□ -0.22
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CHD3Q12873 APH1A-204ENST00000414276 1718 ntTSL 2 BASIC13.69□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 GRHPR-212ENST00000607784 1704 ntTSL 5 BASIC13.69□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 MECR-201ENST00000263702 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 KLK15-201ENST00000326856 1389 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.69□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 SPATS2L-202ENST00000360760 2119 ntTSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 AP1M1-202ENST00000429941 1578 ntTSL 2 BASIC13.69□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 INPP5K-201ENST00000320345 2880 ntTSL 5 BASIC13.69□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 LONRF3-203ENST00000422289 2898 ntTSL 2 BASIC13.69□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 UGCG-201ENST00000374279 4007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 YBEY-202ENST00000339195 890 ntTSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 AC098614.1-201ENST00000368528 745 ntBASIC13.69□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 YBEY-203ENST00000397691 764 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.69□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 CENPM-206ENST00000407253 818 ntTSL 2 BASIC13.69□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 AC092658.1-201ENST00000505836 891 ntBASIC13.69□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 CXCL6-203ENST00000515050 557 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 CLNS1A-210ENST00000528364 953 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.69□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 AP003385.5-201ENST00000533876 555 ntTSL 4 BASIC13.69□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 AC021054.1-202ENST00000543884 599 ntTSL 3 BASIC13.69□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 AC106886.1-201ENST00000568660 600 ntBASIC13.69□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 ARL16-202ENST00000570561 768 ntTSL 2 BASIC13.69□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 AC105021.1-202ENST00000570572 669 ntBASIC13.69□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 SFXN1-201ENST00000321442 4231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 C2orf48-201ENST00000381786 1897 ntTSL 2 BASIC13.69□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 TCP10-201ENST00000366827 2250 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.69□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 PTK7-202ENST00000230419 4272 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 SBNO2-204ENST00000587024 4861 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.69□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 RASGRP2-201ENST00000354024 2310 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 PTHLH-209ENST00000545234 1544 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.69□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 RPS28-203ENST00000600659 1326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 AC010491.1-201ENST00000563101 2797 ntBASIC13.69□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 HSFX1-201ENST00000370416 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 DUSP13-203ENST00000372702 1778 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 RUFY2-205ENST00000454950 2613 ntTSL 2 BASIC13.69□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 STAT5A-201ENST00000345506 4301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.22
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