Protein–RNA interactions for Protein: Q9UGP4

LIMD1, LIM domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 676 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD1Q9UGP4 AL031731.1-201ENST00000642131 2094 ntBASIC16.61■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 FBXW9-201ENST00000393261 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 OXCT1-AS1-201ENST00000508458 1731 ntTSL 3 BASIC16.61■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 LYNX1-206ENST00000621401 4537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 TK2-201ENST00000299697 5114 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 CD300A-202ENST00000360141 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 SLC25A19-202ENST00000375261 1486 ntTSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 UVSSA-208ENST00000511563 1494 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 SLC29A1-208ENST00000393844 2326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 HMCN2-204ENST00000611173 1920 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 FHL2-205ENST00000393353 1531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 TMUB2-204ENST00000538716 1953 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 ACTRT3-201ENST00000330368 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 RABGGTA-201ENST00000216840 2088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 MIER1-209ENST00000401042 1648 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 CCNI2-204ENST00000614847 2642 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 LRRN4-201ENST00000378858 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 BLOC1S5-202ENST00000397457 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 KDM5C-202ENST00000375379 5245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 PPP1CB-202ENST00000358506 4771 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 DFNA5-207ENST00000419307 2265 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 MBOAT1-201ENST00000324607 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 GJB3-201ENST00000373362 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 PEG3-206ENST00000598410 5304 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 VAV2-201ENST00000371850 4837 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 UPK3A-201ENST00000216211 1051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 NPY-201ENST00000242152 585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 CCDC88B-201ENST00000301897 870 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 POLD4-201ENST00000312419 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 SPAG11B-203ENST00000359758 612 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 GZMB-202ENST00000382540 816 ntTSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 RABL2A-203ENST00000393166 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 AC073133.1-201ENST00000426187 432 ntTSL 3 BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 AL845321.1-202ENST00000432011 786 ntTSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 AC007551.1-201ENST00000457394 519 ntBASIC16.6■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 AP001453.3-201ENST00000545800 853 ntTSL 3 BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 RNASEK-C17orf49-201ENST00000547302 900 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 NDUFA4L2-206ENST00000556732 883 ntTSL 3 BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 AL359711.2-201ENST00000563105 872 ntBASIC16.6■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 CX3CL1-203ENST00000564948 563 ntTSL 3 BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 AP001005.4-201ENST00000572530 387 ntTSL 3 BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 LINC00237-203ENST00000593272 630 ntTSL 4 BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 AL354740.1-203ENST00000593917 424 ntTSL 3 BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 GLDC-201ENST00000321612 3900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 CRAMP1-201ENST00000293925 7671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 PRMT1-202ENST00000454376 1327 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 PTHLH-201ENST00000201015 1872 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 SLC10A3-203ENST00000393586 1893 ntTSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 WDR6-202ENST00000415265 1883 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 SHISA6-202ENST00000409168 7262 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 PRG2-202ENST00000525955 1367 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 CCT6A-202ENST00000335503 2529 ntTSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 JKAMP-202ENST00000356057 2524 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 ANKFY1-202ENST00000570535 6458 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 DOK5-201ENST00000262593 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 ZNF79-204ENST00000617266 1969 ntTSL 3 BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 PML-215ENST00000565898 5393 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 PRSS16-201ENST00000230582 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 ETV7-201ENST00000339796 1530 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 GOLGA2P2Y-202ENST00000423852 1506 ntBASIC16.6■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 CREBBP-201ENST00000262367 10803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 SFXN1-201ENST00000321442 4231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 DCLK2-204ENST00000506325 2298 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 Z97205.2-201ENST00000564697 1639 ntBASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 LOX-206ENST00000639739 1626 ntTSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 SLC6A9-202ENST00000360584 2330 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 CHRDL1-204ENST00000444321 1658 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 KCNG3-201ENST00000306078 3824 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 PDE8B-201ENST00000264917 5956 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 CTDSP2-201ENST00000398073 4795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 SLC6A8-204ENST00000430077 1892 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 LITAF-209ENST00000571688 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 TRIM27-201ENST00000377194 2686 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 NFIA-205ENST00000371189 1989 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 TMUB2-209ENST00000587989 1969 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 SRSF12-201ENST00000452027 3599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 ACOT12-201ENST00000307624 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 SERINC2-205ENST00000536384 2062 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 AP2A2-201ENST00000332231 4656 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 SS18L1-202ENST00000370848 1238 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 ZG16B-201ENST00000382280 831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 AC007952.1-202ENST00000399083 1173 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 LNCPRESS1-201ENST00000429254 756 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 GEMIN4-202ENST00000437269 1182 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 GOLGA2P4-201ENST00000441462 777 ntBASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 CDKN1A-204ENST00000448526 2104 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 AC097717.1-202ENST00000457577 740 ntTSL 3 BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 STAG3L5P-205ENST00000473757 1255 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 AC106786.2-201ENST00000506859 561 ntTSL 4 BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 AC009446.1-201ENST00000519840 808 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 PLEKHB1-206ENST00000535129 1049 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 AC009093.8-202ENST00000562902 677 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 AC003070.2-201ENST00000589730 386 ntTSL 3 BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 AL391069.4-201ENST00000609583 481 ntBASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 FP565260.6-205ENST00000624120 898 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 AC106017.2-201ENST00000631194 1173 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 WASF1-206ENST00000392588 3122 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 NOL4L-210ENST00000616976 1376 ntTSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 ZNF503-201ENST00000372524 3347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 CORO6-202ENST00000388767 2397 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 69.8 ms