Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 TMBIM7P-203ENST00000641617 1718 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 SYN1-202ENST00000340666 3172 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 RFK-201ENST00000376736 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 ABCC10-201ENST00000244533 5088 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 SUCO-210ENST00000616058 5495 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 RRP1-207ENST00000497547 3022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 ARL8B-208ENST00000611208 2981 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 ZXDC-202ENST00000389709 3405 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 ZNF620-202ENST00000418905 2022 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 GPR61-206ENST00000616874 2459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 NR2C1-219ENST00000622476 1561 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 CDH7-203ENST00000536984 3766 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 PHKG2-201ENST00000328273 1536 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 FOXO1B-201ENST00000504678 1527 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 POMT1-205ENST00000404875 2821 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 PITPNM2-202ENST00000320201 6736 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 SLCO4C1-201ENST00000310954 5334 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 THEMIS2-202ENST00000373921 2687 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 ASB10-201ENST00000275838 1820 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 LRFN1-201ENST00000248668 3381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 CGREF1-205ENST00000404694 1376 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 AZI2-205ENST00000420543 1366 ntTSL 3 BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 DRG1-201ENST00000331457 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 TRPC4AP-201ENST00000252015 3226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 LFNG-204ENST00000402045 2058 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 SCLT1-208ENST00000506368 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 GRAMD4-203ENST00000408031 2834 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 CACNA1I-203ENST00000404898 9892 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 MICAL3-206ENST00000441493 9445 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 STAT6-225ENST00000640254 2037 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 DPY30-201ENST00000295066 631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 PENK-201ENST00000314922 1199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 PPP1R27-201ENST00000330261 782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 DPY30-202ENST00000342166 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 CXCL1-201ENST00000395761 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 CYTH4-203ENST00000405206 636 ntTSL 4 BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 LINC00398-201ENST00000414407 906 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 MED15P5-201ENST00000423150 992 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 PARD6G-203ENST00000470488 596 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 AC098859.1-201ENST00000502915 1238 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 C1QB-203ENST00000509305 1254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 AC105233.2-201ENST00000523697 349 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 AF228730.5-201ENST00000530288 346 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 AK2-210ENST00000548033 936 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 AC025162.1-201ENST00000554022 565 ntTSL 4 BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 MARVELD3-206ENST00000567566 850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 AC129926.1-201ENST00000581944 614 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 AP000894.3-201ENST00000582554 351 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 SIGLEC7-205ENST00000600577 616 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 SLC9A3-AS1-205ENST00000606319 477 ntTSL 3 BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 BX640515.1-201ENST00000617215 977 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 CDK2AP1-207ENST00000618072 1144 ntTSL 3 BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 HNF1B-207ENST00000621123 1971 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 TMEM40-202ENST00000314124 2308 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 GSN-206ENST00000394353 2311 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 ARHGEF28-202ENST00000296799 4424 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 TRA2B-205ENST00000453386 2952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 FBXL12-208ENST00000589626 1920 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 ACSL6-201ENST00000296869 2561 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 KIF18B-203ENST00000590129 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 PPFIBP2-201ENST00000299492 3557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 NFYC-210ENST00000425457 1536 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 MYLK3-201ENST00000394809 6911 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 SPAG1-202ENST00000388798 3852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 SIK3-205ENST00000446921 3858 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 GHDC-203ENST00000428494 2518 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 SLC6A13-201ENST00000343164 2185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 PITPNM2-AS1-201ENST00000506255 2191 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 DGKZ-205ENST00000456247 3482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 SLC39A1-201ENST00000310483 2427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 DDOST-201ENST00000375048 2079 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 CBLC-202ENST00000341505 1441 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 NKAIN4-202ENST00000370313 1421 ntTSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 C21orf33-201ENST00000291577 1674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 CDS2-203ENST00000460006 9298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 RPTOR-201ENST00000306801 6408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 NPAS2-201ENST00000335681 4007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 GATA4-201ENST00000335135 3414 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 LRRFIP1P1-201ENST00000498774 2246 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 RIC8B-213ENST00000638198 1611 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 AKAP8P1-201ENST00000434743 1349 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 ETV2-205ENST00000479824 1342 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 MAP3K8-201ENST00000263056 3096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 MC1R-202ENST00000555147 3099 ntAPPRIS P1 BASIC16.02■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 TMTC1-206ENST00000551659 4228 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 NPL-204ENST00000367554 3027 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 KCNC2-207ENST00000548513 3026 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 CLDN19-202ENST00000372539 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 PUF60-208ENST00000526683 2412 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 GML-201ENST00000220940 723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 ELK1-202ENST00000343894 736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 NEK7-201ENST00000367383 586 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 SH3TC1-202ENST00000382521 829 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 AC026396.1-201ENST00000419388 421 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 TTC31-205ENST00000442235 958 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 KRT18P3-201ENST00000451602 1288 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 TMEM176A-202ENST00000461345 635 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 CCNG1-208ENST00000510664 994 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 SLC25A1P1-201ENST00000528351 927 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
VPS39Q96JC1 AC084125.4-201ENST00000580385 338 ntTSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 55.2 ms