Protein–RNA interactions for Protein: Q8N4P3

HDDC3, Guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase MESH1, humanhuman

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Length 179 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HDDC3Q8N4P3 FAM221A-204ENST00000409994 1136 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
HDDC3Q8N4P3 IFNL3-201ENST00000413851 656 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
HDDC3Q8N4P3 AL450998.2-201ENST00000418525 639 ntTSL 3 BASIC15.97■□□□□ 0.15
HDDC3Q8N4P3 AL161638.1-201ENST00000420354 481 ntTSL 3 BASIC15.97■□□□□ 0.15
HDDC3Q8N4P3 KRT43P-201ENST00000434019 910 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
HDDC3Q8N4P3 LINC01784-201ENST00000438401 378 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
HDDC3Q8N4P3 AL513217.1-202ENST00000458139 600 ntTSL 3 BASIC15.97■□□□□ 0.15
HDDC3Q8N4P3 OMP-201ENST00000529803 492 ntAPPRIS P1 BASIC15.97■□□□□ 0.15
HDDC3Q8N4P3 ORC6-206ENST00000568364 888 ntTSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
HDDC3Q8N4P3 NUP50-203ENST00000407019 2059 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
HDDC3Q8N4P3 MLEC-201ENST00000228506 6626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
HDDC3Q8N4P3 EXD3-201ENST00000340951 2872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
HDDC3Q8N4P3 PPP1R3B-202ENST00000519699 2334 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
HDDC3Q8N4P3 REXO1L6P-201ENST00000603433 1515 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
HDDC3Q8N4P3 NKILA-202ENST00000614771 2598 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
HDDC3Q8N4P3 PI16-201ENST00000373674 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
HDDC3Q8N4P3 PCBP1-201ENST00000303577 1750 ntAPPRIS P1 BASIC15.97■□□□□ 0.15
HDDC3Q8N4P3 PRSS54-204ENST00000567164 1799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
HDDC3Q8N4P3 MECR-201ENST00000263702 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
HDDC3Q8N4P3 DDC-202ENST00000380984 1366 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
HDDC3Q8N4P3 ING4-202ENST00000396807 1393 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
HDDC3Q8N4P3 ICMT-201ENST00000343813 4771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
HDDC3Q8N4P3 LHX3-203ENST00000619587 2698 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
HDDC3Q8N4P3 AUNIP-201ENST00000374298 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
HDDC3Q8N4P3 PBX2-201ENST00000375050 3205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
HDDC3Q8N4P3 CLDN19-202ENST00000372539 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
HDDC3Q8N4P3 MRTO4-201ENST00000330263 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
HDDC3Q8N4P3 AP1AR-201ENST00000274000 2902 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
HDDC3Q8N4P3 SLC44A3-206ENST00000527077 1943 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
HDDC3Q8N4P3 ASTN2-202ENST00000313400 4747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
HDDC3Q8N4P3 CDS1-201ENST00000295887 4461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
HDDC3Q8N4P3 AL162311.3-201ENST00000555918 2867 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
HDDC3Q8N4P3 TCOF1-206ENST00000445265 4825 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
HDDC3Q8N4P3 APBB1-202ENST00000311051 2619 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
HDDC3Q8N4P3 RGS6-210ENST00000553530 5685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
HDDC3Q8N4P3 AL133338.1-201ENST00000565695 1517 ntBASIC15.96■□□□□ 0.15
HDDC3Q8N4P3 ADAMTS13-206ENST00000371929 4934 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
HDDC3Q8N4P3 SDHB-201ENST00000375499 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
HDDC3Q8N4P3 STPG3-201ENST00000388931 1207 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
HDDC3Q8N4P3 SFTPC-202ENST00000437090 773 ntTSL 3 BASIC15.96■□□□□ 0.15
HDDC3Q8N4P3 NME4-207ENST00000450036 985 ntTSL 3 BASIC15.96■□□□□ 0.15
HDDC3Q8N4P3 FAM25G-201ENST00000452267 345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
HDDC3Q8N4P3 RHOA-206ENST00000454011 889 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
HDDC3Q8N4P3 FAM162A-202ENST00000469967 1015 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
HDDC3Q8N4P3 AC104989.1-201ENST00000519711 778 ntBASIC15.96■□□□□ 0.15
HDDC3Q8N4P3 PACS1-203ENST00000524815 628 ntTSL 4 BASIC15.96■□□□□ 0.15
HDDC3Q8N4P3 AC013451.1-201ENST00000554552 518 ntTSL 4 BASIC15.96■□□□□ 0.15
HDDC3Q8N4P3 AP3S2-204ENST00000558011 738 ntTSL 3 BASIC15.96■□□□□ 0.15
HDDC3Q8N4P3 AC015936.2-201ENST00000593177 259 ntBASIC15.96■□□□□ 0.15
HDDC3Q8N4P3 MIR8072-201ENST00000614241 80 ntBASIC15.96■□□□□ 0.15
HDDC3Q8N4P3 HIST1H3I-201ENST00000616365 411 ntAPPRIS P1 BASIC15.96■□□□□ 0.15
HDDC3Q8N4P3 NDUFB1-207ENST00000617122 417 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
HDDC3Q8N4P3 TCTN1-202ENST00000397655 1879 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
HDDC3Q8N4P3 PIKFYVE-204ENST00000407449 1898 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
HDDC3Q8N4P3 MEIS3-210ENST00000561096 1883 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
HDDC3Q8N4P3 STIM2-203ENST00000467011 3925 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
HDDC3Q8N4P3 MBD1-210ENST00000457839 2473 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
HDDC3Q8N4P3 KIF5C-201ENST00000435030 6931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
HDDC3Q8N4P3 TSC22D1-AS1-201ENST00000616360 2845 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
HDDC3Q8N4P3 SLC22A16-202ENST00000368919 1987 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
HDDC3Q8N4P3 DDOST-206ENST00000602624 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
HDDC3Q8N4P3 CACNA1G-201ENST00000352832 7848 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
HDDC3Q8N4P3 OCLN-202ENST00000396442 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
HDDC3Q8N4P3 RAB33B-201ENST00000305626 4562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
HDDC3Q8N4P3 MEST-202ENST00000341441 2443 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
HDDC3Q8N4P3 GRM5-205ENST00000455756 7927 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.14
HDDC3Q8N4P3 PPFIA3-201ENST00000334186 4733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.14
HDDC3Q8N4P3 HNRNPUL2-BSCL2-201ENST00000403734 4001 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.14
HDDC3Q8N4P3 DLX4-201ENST00000240306 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
HDDC3Q8N4P3 G6PD-203ENST00000393564 1661 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
HDDC3Q8N4P3 IFT74-203ENST00000433700 2119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
HDDC3Q8N4P3 SAP130-203ENST00000357702 4173 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
HDDC3Q8N4P3 GUCA1A-203ENST00000394237 2233 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
HDDC3Q8N4P3 TMEM220-202ENST00000455996 1402 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
HDDC3Q8N4P3 PCDHGC5-202ENST00000610789 2763 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
HDDC3Q8N4P3 HNF1B-201ENST00000613727 1546 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
HDDC3Q8N4P3 CTSD-213ENST00000637915 1982 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
HDDC3Q8N4P3 GDPD5-214ENST00000533784 2441 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
HDDC3Q8N4P3 TOM1L1-221ENST00000575882 2507 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
HDDC3Q8N4P3 BLCAP-201ENST00000373537 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
HDDC3Q8N4P3 RETN-201ENST00000221515 520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
HDDC3Q8N4P3 UBE2G2-201ENST00000330942 721 ntTSL 3 BASIC15.95■□□□□ 0.14
HDDC3Q8N4P3 AP000317.2-201ENST00000362077 641 ntTSL 3 BASIC15.95■□□□□ 0.14
HDDC3Q8N4P3 PQLC3-202ENST00000402361 696 ntTSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
HDDC3Q8N4P3 RPL13P2-201ENST00000440687 659 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
HDDC3Q8N4P3 C9orf41-AS1-201ENST00000455609 719 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
HDDC3Q8N4P3 PHKG1P2-201ENST00000457537 863 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
HDDC3Q8N4P3 C8orf88-201ENST00000517562 894 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
HDDC3Q8N4P3 RAB30-AS1-207ENST00000533708 825 ntTSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
HDDC3Q8N4P3 OIP5-AS1-209ENST00000561226 775 ntTSL 3 BASIC15.95■□□□□ 0.14
HDDC3Q8N4P3 MIR4259-201ENST00000584466 101 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
HDDC3Q8N4P3 TMEM261P1-201ENST00000604899 340 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
HDDC3Q8N4P3 CLCN2-205ENST00000457512 2820 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
HDDC3Q8N4P3 TOM1-210ENST00000449058 2389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
HDDC3Q8N4P3 SPAG6-202ENST00000376603 2770 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
HDDC3Q8N4P3 CAMK2B-208ENST00000395747 1557 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
HDDC3Q8N4P3 MAEA-202ENST00000303400 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
HDDC3Q8N4P3 MCM4-201ENST00000262105 4183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
HDDC3Q8N4P3 IL18BP-204ENST00000393703 1788 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC15.95■□□□□ 0.14
HDDC3Q8N4P3 Z98749.3-201ENST00000400206 1770 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
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