Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 PLTP-205ENST00000477313 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
NPHP3Q7Z494 PGM5-202ENST00000396396 3338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
NPHP3Q7Z494 CDHR1-201ENST00000332904 2694 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
NPHP3Q7Z494 AC005915.1-201ENST00000624912 2018 ntBASIC21.29■■□□□ 1
NPHP3Q7Z494 AKAP9-205ENST00000394564 1356 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
NPHP3Q7Z494 MCM9-201ENST00000316068 2442 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
NPHP3Q7Z494 FNBP1-203ENST00000443566 5227 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
NPHP3Q7Z494 MAX-205ENST00000358664 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
NPHP3Q7Z494 USHBP1-203ENST00000431146 2136 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
NPHP3Q7Z494 AC105760.2-201ENST00000418430 2341 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
NPHP3Q7Z494 FCHO1-201ENST00000252771 3118 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
NPHP3Q7Z494 CDC42EP3-201ENST00000295324 5700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
NPHP3Q7Z494 NETO1-201ENST00000327305 3058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
NPHP3Q7Z494 ARNT-212ENST00000515192 2892 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
NPHP3Q7Z494 LINC00921-202ENST00000573951 2468 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
NPHP3Q7Z494 FUT8-213ENST00000557164 2269 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
NPHP3Q7Z494 MEIS3-210ENST00000561096 1883 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
NPHP3Q7Z494 TLNRD1-201ENST00000267984 4845 ntAPPRIS P1 BASIC21.29■■□□□ 1
NPHP3Q7Z494 SNX21-203ENST00000372541 771 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
NPHP3Q7Z494 IGHV3-53-201ENST00000390627 571 ntAPPRIS P1 BASIC21.29■■□□□ 1
NPHP3Q7Z494 TSPO-203ENST00000396265 1075 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
NPHP3Q7Z494 FOXP4-AS1-203ENST00000439386 404 ntTSL 3 BASIC21.29■■□□□ 1
NPHP3Q7Z494 RPL35A-205ENST00000448864 549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
NPHP3Q7Z494 TCEAL4-208ENST00000472484 1273 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
NPHP3Q7Z494 PRSS30P-202ENST00000475030 752 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
NPHP3Q7Z494 AC008438.1-201ENST00000507521 549 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
NPHP3Q7Z494 AL136309.4-201ENST00000527831 640 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
NPHP3Q7Z494 MEF2C-227ENST00000626391 1182 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
NPHP3Q7Z494 MEF2C-231ENST00000628656 1254 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
NPHP3Q7Z494 AC105020.1-201ENST00000435356 2205 ntBASIC21.28■■□□□ 1
NPHP3Q7Z494 DLX4-201ENST00000240306 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
NPHP3Q7Z494 UEVLD-203ENST00000379387 1848 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
NPHP3Q7Z494 FBXL12-206ENST00000588922 1843 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
NPHP3Q7Z494 RAB4B-EGLN2-201ENST00000594136 2554 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
NPHP3Q7Z494 ZNRF3-203ENST00000544604 6851 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
NPHP3Q7Z494 GALNT14-202ENST00000349752 2733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
NPHP3Q7Z494 MOAP1-202ENST00000556883 2529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
NPHP3Q7Z494 PLA1A-201ENST00000273371 1786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
NPHP3Q7Z494 CCDC51-204ENST00000442740 1554 ntTSL 3 BASIC21.28■■□□□ 1
NPHP3Q7Z494 C7orf33-201ENST00000307003 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
NPHP3Q7Z494 OCLN-202ENST00000396442 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
NPHP3Q7Z494 RBM47-212ENST00000514014 2419 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
NPHP3Q7Z494 RASL11B-201ENST00000248706 1995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
NPHP3Q7Z494 TNFAIP2-201ENST00000333007 4175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
NPHP3Q7Z494 RPP40-201ENST00000319533 1088 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
NPHP3Q7Z494 KRTAP21-2-201ENST00000333892 440 ntAPPRIS P1 BASIC21.28■■□□□ 1
NPHP3Q7Z494 CABP1-203ENST00000351200 770 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
NPHP3Q7Z494 CRYAA-202ENST00000398132 826 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
NPHP3Q7Z494 NDUFAB1P1-201ENST00000404262 460 ntBASIC21.28■■□□□ 1
NPHP3Q7Z494 AL008707.1-201ENST00000422498 534 ntBASIC21.28■■□□□ 1
NPHP3Q7Z494 AC099552.1-201ENST00000431083 744 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
NPHP3Q7Z494 AC016825.1-201ENST00000433600 778 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
NPHP3Q7Z494 KRBOX4-206ENST00000478600 730 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
NPHP3Q7Z494 AL136088.1-202ENST00000525871 439 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
NPHP3Q7Z494 PPP1R32-205ENST00000538185 1107 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
NPHP3Q7Z494 MAP1LC3B2-202ENST00000556529 660 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.28■■□□□ 1
NPHP3Q7Z494 FP236240.1-204ENST00000624932 712 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
NPHP3Q7Z494 NRSN1-203ENST00000378478 2408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
NPHP3Q7Z494 AL355987.1-201ENST00000435202 2420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
NPHP3Q7Z494 IL1RN-202ENST00000354115 1747 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
NPHP3Q7Z494 COQ7-201ENST00000321998 2657 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
NPHP3Q7Z494 ZNF143-213ENST00000530463 2022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
NPHP3Q7Z494 GPR135-201ENST00000395116 4578 ntAPPRIS P1 BASIC21.27■■□□□ 1
NPHP3Q7Z494 ZNF668-201ENST00000300849 2762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
NPHP3Q7Z494 SH2B1-216ENST00000618521 2935 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
NPHP3Q7Z494 CERNA1-202ENST00000560518 1972 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
NPHP3Q7Z494 BANK1-207ENST00000508653 2115 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
NPHP3Q7Z494 SLC39A13-202ENST00000362021 2296 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
NPHP3Q7Z494 TMC4-209ENST00000617472 2413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
NPHP3Q7Z494 AZIN1-201ENST00000337198 4721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
NPHP3Q7Z494 MIB2-219ENST00000505820 3305 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
NPHP3Q7Z494 AC020916.1-201ENST00000587762 1774 ntBASIC21.27■■□□□ 1
NPHP3Q7Z494 PDX1-201ENST00000381033 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
NPHP3Q7Z494 KCNC4-204ENST00000438661 2953 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
NPHP3Q7Z494 GYPC-201ENST00000259254 1246 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
NPHP3Q7Z494 PCTP-201ENST00000268896 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
NPHP3Q7Z494 PFDN6-202ENST00000374607 598 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.27■□□□□ 0.99
NPHP3Q7Z494 PFDN6-203ENST00000374610 521 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.27■□□□□ 0.99
NPHP3Q7Z494 MAGEA4-206ENST00000393921 1727 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.27■□□□□ 0.99
NPHP3Q7Z494 FAM3B-203ENST00000398647 864 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
NPHP3Q7Z494 FAM3B-204ENST00000398652 1125 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
NPHP3Q7Z494 RPL17P11-201ENST00000417593 544 ntBASIC21.27■□□□□ 0.99
NPHP3Q7Z494 AC233976.1-201ENST00000425150 451 ntTSL 3 BASIC21.27■□□□□ 0.99
NPHP3Q7Z494 AC010745.3-201ENST00000439745 415 ntTSL 3 BASIC21.27■□□□□ 0.99
NPHP3Q7Z494 AC114812.1-204ENST00000449669 728 ntBASIC21.27■□□□□ 0.99
NPHP3Q7Z494 AC097103.2-206ENST00000514729 588 ntTSL 4 BASIC21.27■□□□□ 0.99
NPHP3Q7Z494 RNF41-210ENST00000552244 716 ntTSL 3 BASIC21.27■□□□□ 0.99
NPHP3Q7Z494 FGFR3P5-201ENST00000564496 886 ntBASIC21.27■□□□□ 0.99
NPHP3Q7Z494 CCDC120-204ENST00000597275 2752 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.27■□□□□ 0.99
NPHP3Q7Z494 PRRC2B-210ENST00000638390 1084 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
NPHP3Q7Z494 ZNF618-203ENST00000374126 3018 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
NPHP3Q7Z494 CLSTN1-202ENST00000377298 5221 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
NPHP3Q7Z494 TMC5-203ENST00000396229 4917 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
NPHP3Q7Z494 SUSD2-201ENST00000358321 3404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
NPHP3Q7Z494 ADCY6-206ENST00000550422 5877 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
NPHP3Q7Z494 PKP3-201ENST00000331563 2809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
NPHP3Q7Z494 LTB4R2-202ENST00000528054 3092 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
NPHP3Q7Z494 FAM109A-204ENST00000548163 2317 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
NPHP3Q7Z494 SSC5D-201ENST00000389623 4845 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
NPHP3Q7Z494 CHIA-206ENST00000430615 1320 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.7 ms