Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 MYEOV-203ENST00000535407 2306 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 ZP3-201ENST00000336517 1483 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 TRNT1-201ENST00000251607 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 MIB2-232ENST00000520777 3321 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 DDX19B-203ENST00000393657 1717 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 TMEM189-UBE2V1-201ENST00000341698 2757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 SEPHS1-201ENST00000327347 3273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 KCNQ2-236ENST00000637193 2983 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 HPCAL1-202ENST00000381765 1904 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 APP-202ENST00000348990 3355 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 ZNF7-218ENST00000544249 2125 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 MAP3K20-203ENST00000409176 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 CCDC154-202ENST00000409671 2561 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 DPEP1-201ENST00000261615 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 NSUN5P1-204ENST00000428392 1562 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 AC099398.1-201ENST00000567919 2776 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 SLC22A12-205ENST00000473690 2522 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 RSPO1-203ENST00000612451 2463 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 ARHGEF25-202ENST00000333972 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 NDUFA3-203ENST00000391763 338 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 LINC01806-201ENST00000436506 765 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 CR589904.1-201ENST00000437830 732 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 ST8SIA2-202ENST00000539113 1089 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 DBNDD1-206ENST00000568838 993 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 KSR1-207ENST00000578981 748 ntTSL 4 BASIC23.54■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 AC008805.2-201ENST00000590069 435 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 TUBB6-213ENST00000591909 1017 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 RPS5-209ENST00000601521 1203 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 APOBEC3H-206ENST00000613677 730 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 RHOXF1P1-202ENST00000635473 501 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 HADH-212ENST00000638621 741 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 PROSER2-201ENST00000277570 3333 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 FRA10AC1-201ENST00000359204 3089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 DGAT2-202ENST00000376262 2324 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 STEAP3-202ENST00000393107 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 FAM230B-201ENST00000415376 1859 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 AC008079.1-201ENST00000434390 1859 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 CHRNG-202ENST00000389494 2262 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 TAF6-209ENST00000452041 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 LOX-206ENST00000639739 1626 ntTSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 MIOS-202ENST00000405785 3095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 SEC13-201ENST00000337354 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 TPRX1-201ENST00000322175 1924 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 RPN1-207ENST00000497289 2137 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 TNFAIP2-209ENST00000560869 4683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 GLS2-216ENST00000610413 2296 ntTSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 H2BFM-201ENST00000355016 1882 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 CLEC18A-203ENST00000449317 1875 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 PRMT1-217ENST00000532489 1686 ntTSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 SPDYE7P-201ENST00000355920 1064 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 PFDN6-204ENST00000395131 884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 AC006033.1-201ENST00000440505 426 ntBASIC23.53■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 XXYLT1-AS1-201ENST00000458531 431 ntTSL 3 BASIC23.53■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 VASH1-AS1-201ENST00000554058 871 ntTSL 3 BASIC23.53■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 CX3CL1-203ENST00000564948 563 ntTSL 3 BASIC23.53■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 LINC02028-216ENST00000609015 732 ntTSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 TMEM14B-220ENST00000612333 888 ntTSL 3 BASIC23.53■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 AP005019.2-201ENST00000615104 511 ntBASIC23.53■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 RHOF-201ENST00000267205 3009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 SHMT2-202ENST00000414700 2006 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 MPDU1-201ENST00000250124 1601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 MLKL-201ENST00000306247 1781 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 KIAA0391-202ENST00000321130 1589 ntTSL 3 BASIC23.53■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 RCL1-204ENST00000381750 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 ALDOA-225ENST00000569545 1359 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 RBPJL-201ENST00000343694 2489 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 ANKMY1-202ENST00000361678 2499 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 DDX42-202ENST00000389924 3939 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 TNIP1-217ENST00000523200 1743 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 CNPPD1-201ENST00000360507 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 PPP2R1B-203ENST00000393055 1525 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 AATBC-203ENST00000448247 1889 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 ZSCAN30-212ENST00000639929 1305 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 FHL1-207ENST00000394155 2706 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 PSMG4-209ENST00000473000 4603 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 EPB41L3-204ENST00000540638 3370 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 TPO-206ENST00000382269 1155 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 MASP2-202ENST00000400898 726 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 LIMS3-201ENST00000437679 1220 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 NKX3-1-202ENST00000523261 713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 RIT1-205ENST00000539040 919 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 FOS-206ENST00000555347 1280 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 AL021578.1-201ENST00000613646 709 ntBASIC23.52■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 ICAM3-201ENST00000160262 1934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 TBC1D30-203ENST00000539867 2594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 ACP2-201ENST00000256997 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 AC026412.1-202ENST00000512335 2231 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 MARK2-209ENST00000509502 2862 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 LITAF-201ENST00000339430 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 PLAA-205ENST00000520884 2041 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 CYP2E1-201ENST00000252945 1667 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 RGS6-218ENST00000556437 1689 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 MAGEA9-201ENST00000243314 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 AC127383.1-201ENST00000444697 1800 ntBASIC23.52■■□□□ 1.36
TCOF1Q13428 LUC7L3-202ENST00000393227 2284 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 TRMO-203ENST00000375119 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 ABCB7-201ENST00000253577 2377 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 WDR20-211ENST00000556807 2382 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 SEC14L4-201ENST00000255858 2499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
TCOF1Q13428 GNG5-201ENST00000370641 920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.3 ms