Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 ITM2C-201ENST00000326407 1888 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 NAT9-210ENST00000580301 1860 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 ITGB1BP1-204ENST00000360635 4859 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 CCNI2-204ENST00000614847 2642 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 GALE-216ENST00000617979 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 IKBKE-204ENST00000584998 2487 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 AC079328.2-201ENST00000561241 3354 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 TVP23B-202ENST00000476139 2989 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 SHISA9-203ENST00000558583 6724 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 AC092143.3-201ENST00000565150 1900 ntTSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 BLVRB-201ENST00000263368 873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 IL32-202ENST00000325568 1105 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 RNF186-201ENST00000375121 1250 ntAPPRIS P1 BASIC16.22■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 MFAP2-201ENST00000375534 970 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 IL32-203ENST00000382213 880 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.22■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 RNF183-202ENST00000416588 849 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.22■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 AC114730.3-201ENST00000435195 584 ntTSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 SLC30A5-203ENST00000502979 681 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 IL32-211ENST00000525643 1272 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 IL32-213ENST00000528163 950 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 AC009163.1-201ENST00000530512 573 ntTSL 4 BASIC16.22■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 BRK1-201ENST00000530758 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 AC006064.3-201ENST00000537921 477 ntTSL 4 BASIC16.22■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 IL32-231ENST00000551513 791 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.22■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 IL32-232ENST00000552356 623 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.22■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 PIGL-212ENST00000581006 554 ntTSL 4 BASIC16.22■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 TMEM261P1-201ENST00000604899 340 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 FAM171B-202ENST00000612606 940 ntTSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 AC133552.6-201ENST00000613406 534 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 AC026691.1-201ENST00000602502 2017 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 DDHD2-201ENST00000397166 4921 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 LINC01660-203ENST00000618517 1859 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 GLG1-202ENST00000422840 4748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 TRIM11-201ENST00000284551 2715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 ARPC1B-211ENST00000451682 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 DMPK-204ENST00000447742 2754 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 MITF-204ENST00000352241 4814 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 DIABLO-203ENST00000353548 1345 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 AARSD1-202ENST00000427569 1322 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 EIF1B-AS1-206ENST00000631175 1303 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 WASF1-206ENST00000392588 3122 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 APBB2-204ENST00000502841 1681 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 PROSER1-211ENST00000625998 5102 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 LINC02370-201ENST00000428272 2009 ntTSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 TBC1D2-205ENST00000465784 3349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 WDR20-211ENST00000556807 2382 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 PANK2-209ENST00000621507 1763 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 DYSF-207ENST00000409762 6727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 DYSF-211ENST00000429174 6739 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 CCDC71L-202ENST00000523505 4232 ntAPPRIS P2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 CYP2R1-201ENST00000334636 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 BEX3-203ENST00000372635 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 UCHL3-201ENST00000377595 844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 EIF1AX-201ENST00000379593 765 ntTSL 3 BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 SUMF2-205ENST00000413756 1171 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 DGCR6-202ENST00000413981 1039 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 ECSIT-203ENST00000417981 970 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 HIST1H2BPS3-201ENST00000419683 341 ntBASIC16.21■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 AL157832.1-201ENST00000428273 495 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 AL589987.1-201ENST00000453380 819 ntBASIC16.21■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 C9orf41-AS1-201ENST00000455609 719 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 AL513217.1-202ENST00000458139 600 ntTSL 3 BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 AC092658.1-201ENST00000505836 891 ntBASIC16.21■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 AC007406.4-201ENST00000539568 765 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 GZMH-203ENST00000557220 520 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 AC087612.1-201ENST00000560238 658 ntTSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 AC009088.3-201ENST00000563605 357 ntTSL 3 BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 AC011499.1-201ENST00000586012 581 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 RAMP2-202ENST00000587142 549 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 RAMP2-203ENST00000588576 573 ntTSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 AL033527.5-201ENST00000641382 801 ntBASIC16.21■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 JRK-209ENST00000612905 9124 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 DRG1-201ENST00000331457 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 CPVL-202ENST00000396276 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 NFIC-203ENST00000443272 1716 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 EIF4ENIF1-206ENST00000397525 3695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 XRCC3-209ENST00000554913 2539 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 RASGRP2-206ENST00000377494 2983 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 OTUB1-202ENST00000422031 2297 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 HDAC5-201ENST00000225983 5326 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 ALOX12P2-203ENST00000570921 1945 ntBASIC16.21■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 FBXO4-201ENST00000281623 1682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 KRT35-202ENST00000393989 1670 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 TUBG2-201ENST00000251412 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 TSC2-202ENST00000350773 5532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 ATP6AP2-233ENST00000638153 1303 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 TINF2-208ENST00000558566 1874 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 CTSO-201ENST00000433477 2954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 TMEM127-202ENST00000432959 3099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 C2orf54-203ENST00000402775 1958 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 BCS1L-205ENST00000412366 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 TVP23C-201ENST00000225576 1527 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 CHST10-201ENST00000264249 2842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 DCST1-201ENST00000295542 2279 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 DEF6-201ENST00000316637 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 SEPT8-204ENST00000378699 2289 ntTSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 C1QTNF6-202ENST00000397110 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 PCDHGA11-202ENST00000518882 2263 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 PKLR-202ENST00000392414 2479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
USP39Q53GS9 SFRP1-201ENST00000220772 4492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 86.6 ms