Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC27.15■■□□□ 1.94
VPS54Q9P1Q0 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
VPS54Q9P1Q0 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC27.14■■□□□ 1.94
VPS54Q9P1Q0 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
VPS54Q9P1Q0 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
VPS54Q9P1Q0 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.14■■□□□ 1.93
VPS54Q9P1Q0 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.93
VPS54Q9P1Q0 LTB4R2-205ENST00000543919 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.93
VPS54Q9P1Q0 LINC01342-201ENST00000416774 1620 ntTSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
VPS54Q9P1Q0 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.13■■□□□ 1.93
VPS54Q9P1Q0 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
VPS54Q9P1Q0 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC27.13■■□□□ 1.93
VPS54Q9P1Q0 RBMXL2-201ENST00000306904 1874 ntAPPRIS P1 BASIC27.13■■□□□ 1.93
VPS54Q9P1Q0 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
VPS54Q9P1Q0 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
VPS54Q9P1Q0 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.12■■□□□ 1.93
VPS54Q9P1Q0 ST3GAL5-214ENST00000638178 2034 ntTSL 5 BASIC27.12■■□□□ 1.93
VPS54Q9P1Q0 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC27.12■■□□□ 1.93
VPS54Q9P1Q0 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
VPS54Q9P1Q0 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
VPS54Q9P1Q0 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
VPS54Q9P1Q0 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC27.11■■□□□ 1.93
VPS54Q9P1Q0 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
VPS54Q9P1Q0 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
VPS54Q9P1Q0 RASGRP2-204ENST00000377487 642 ntTSL 2 BASIC27.11■■□□□ 1.93
VPS54Q9P1Q0 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC27.11■■□□□ 1.93
VPS54Q9P1Q0 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
VPS54Q9P1Q0 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
VPS54Q9P1Q0 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
VPS54Q9P1Q0 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.1■■□□□ 1.93
VPS54Q9P1Q0 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC27.1■■□□□ 1.93
VPS54Q9P1Q0 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
VPS54Q9P1Q0 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC27.1■■□□□ 1.93
VPS54Q9P1Q0 CCND3-223ENST00000616010 2047 ntTSL 5 BASIC27.1■■□□□ 1.93
VPS54Q9P1Q0 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC27.09■■□□□ 1.93
VPS54Q9P1Q0 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC27.09■■□□□ 1.93
VPS54Q9P1Q0 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC27.08■■□□□ 1.93
VPS54Q9P1Q0 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.08■■□□□ 1.93
VPS54Q9P1Q0 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.08■■□□□ 1.93
VPS54Q9P1Q0 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.08■■□□□ 1.93
VPS54Q9P1Q0 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC27.08■■□□□ 1.93
VPS54Q9P1Q0 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC27.08■■□□□ 1.93
VPS54Q9P1Q0 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
VPS54Q9P1Q0 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC27.08■■□□□ 1.93
VPS54Q9P1Q0 KRT8P33-201ENST00000508125 1423 ntBASIC27.07■■□□□ 1.92
VPS54Q9P1Q0 LDHB-203ENST00000396076 1538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.07■■□□□ 1.92
VPS54Q9P1Q0 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
VPS54Q9P1Q0 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.07■■□□□ 1.92
VPS54Q9P1Q0 MIR6089-201ENST00000616698 64 ntBASIC27.07■■□□□ 1.92
VPS54Q9P1Q0 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC27.07■■□□□ 1.92
VPS54Q9P1Q0 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
VPS54Q9P1Q0 FAM181A-204ENST00000557000 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
VPS54Q9P1Q0 AC103834.1-201ENST00000520383 144 ntBASIC27.06■■□□□ 1.92
VPS54Q9P1Q0 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC27.06■■□□□ 1.92
VPS54Q9P1Q0 AL357033.1-201ENST00000370520 1933 ntTSL 2 BASIC27.06■■□□□ 1.92
VPS54Q9P1Q0 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC27.06■■□□□ 1.92
VPS54Q9P1Q0 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.05■■□□□ 1.92
VPS54Q9P1Q0 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.05■■□□□ 1.92
VPS54Q9P1Q0 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
VPS54Q9P1Q0 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC27.05■■□□□ 1.92
VPS54Q9P1Q0 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
VPS54Q9P1Q0 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC27.05■■□□□ 1.92
VPS54Q9P1Q0 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
VPS54Q9P1Q0 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
VPS54Q9P1Q0 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC27.04■■□□□ 1.92
VPS54Q9P1Q0 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
VPS54Q9P1Q0 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC27.04■■□□□ 1.92
VPS54Q9P1Q0 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC27.04■■□□□ 1.92
VPS54Q9P1Q0 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
VPS54Q9P1Q0 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
VPS54Q9P1Q0 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC27.03■■□□□ 1.92
VPS54Q9P1Q0 MYCL-201ENST00000372815 1944 ntTSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
VPS54Q9P1Q0 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
VPS54Q9P1Q0 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC27.03■■□□□ 1.92
VPS54Q9P1Q0 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
VPS54Q9P1Q0 TBL2-222ENST00000610724 2165 ntTSL 5 BASIC27.02■■□□□ 1.92
VPS54Q9P1Q0 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
VPS54Q9P1Q0 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC27.02■■□□□ 1.92
VPS54Q9P1Q0 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.92
VPS54Q9P1Q0 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC27.01■■□□□ 1.91
VPS54Q9P1Q0 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
VPS54Q9P1Q0 AC053527.1-201ENST00000502790 685 ntTSL 3 BASIC27.01■■□□□ 1.91
VPS54Q9P1Q0 RARA-AS1-201ENST00000581080 1790 ntTSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
VPS54Q9P1Q0 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
VPS54Q9P1Q0 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
VPS54Q9P1Q0 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
VPS54Q9P1Q0 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
VPS54Q9P1Q0 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
VPS54Q9P1Q0 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
VPS54Q9P1Q0 HADH-203ENST00000505878 1719 ntTSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
VPS54Q9P1Q0 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
VPS54Q9P1Q0 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
VPS54Q9P1Q0 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
VPS54Q9P1Q0 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC27■■□□□ 1.91
VPS54Q9P1Q0 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC27■■□□□ 1.91
VPS54Q9P1Q0 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27■■□□□ 1.91
VPS54Q9P1Q0 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
VPS54Q9P1Q0 PYCR1-202ENST00000337943 1890 ntTSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
VPS54Q9P1Q0 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
VPS54Q9P1Q0 AP003733.4-201ENST00000623785 1697 ntBASIC26.99■■□□□ 1.91
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.3 ms