Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE5

USP40, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 40, humanhuman

Predictions only

Length 1,235 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP40Q9NVE5 KLC3-201ENST00000391946 1780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
USP40Q9NVE5 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
USP40Q9NVE5 RPP38-201ENST00000378197 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
USP40Q9NVE5 CLTB-201ENST00000310418 1215 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
USP40Q9NVE5 CLTB-202ENST00000345807 1161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
USP40Q9NVE5 NKX2-5-202ENST00000424406 1124 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
USP40Q9NVE5 C17orf74-202ENST00000574034 1287 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
USP40Q9NVE5 AL117332.1-201ENST00000622628 974 ntBASIC28.16■■■□□ 2.1
USP40Q9NVE5 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
USP40Q9NVE5 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
USP40Q9NVE5 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC28.16■■■□□ 2.1
USP40Q9NVE5 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC28.15■■■□□ 2.1
USP40Q9NVE5 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.15■■■□□ 2.1
USP40Q9NVE5 ARPC4-208ENST00000498623 942 ntTSL 2 BASIC28.15■■■□□ 2.1
USP40Q9NVE5 AC131281.2-201ENST00000520478 145 ntBASIC28.15■■■□□ 2.1
USP40Q9NVE5 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC28.15■■■□□ 2.1
USP40Q9NVE5 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
USP40Q9NVE5 LURAP1L-201ENST00000319264 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
USP40Q9NVE5 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC28.14■■■□□ 2.1
USP40Q9NVE5 PABPC1L-202ENST00000217074 1263 ntTSL 5 BASIC28.14■■■□□ 2.1
USP40Q9NVE5 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
USP40Q9NVE5 AL445237.1-202ENST00000604581 425 ntTSL 5 BASIC28.14■■■□□ 2.1
USP40Q9NVE5 LRMDA-215ENST00000611255 1040 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.14■■■□□ 2.1
USP40Q9NVE5 AC090877.2-201ENST00000558441 1738 ntBASIC28.13■■■□□ 2.09
USP40Q9NVE5 NKX2-8-201ENST00000258829 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
USP40Q9NVE5 CTAG1B-202ENST00000359887 998 ntTSL 2 BASIC28.13■■■□□ 2.09
USP40Q9NVE5 EXOG-217ENST00000630638 197 ntTSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
USP40Q9NVE5 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
USP40Q9NVE5 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.12■■■□□ 2.09
USP40Q9NVE5 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.12■■■□□ 2.09
USP40Q9NVE5 MCRIP1-202ENST00000457257 942 ntTSL 3 BASIC28.12■■■□□ 2.09
USP40Q9NVE5 MIR3621-201ENST00000580529 85 ntBASIC28.12■■■□□ 2.09
USP40Q9NVE5 PRSS21-201ENST00000005995 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
USP40Q9NVE5 KAT8-202ENST00000448516 1789 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
USP40Q9NVE5 NAXE-201ENST00000368233 1012 ntTSL 2 BASIC28.11■■■□□ 2.09
USP40Q9NVE5 HDHD5-203ENST00000399852 1118 ntTSL 3 BASIC28.11■■■□□ 2.09
USP40Q9NVE5 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
USP40Q9NVE5 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
USP40Q9NVE5 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
USP40Q9NVE5 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.11■■■□□ 2.09
USP40Q9NVE5 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC28.1■■■□□ 2.09
USP40Q9NVE5 AL117336.3-202ENST00000605499 489 ntTSL 3 BASIC28.1■■■□□ 2.09
USP40Q9NVE5 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
USP40Q9NVE5 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
USP40Q9NVE5 HOMER3-203ENST00000433218 1418 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.09■■■□□ 2.09
USP40Q9NVE5 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
USP40Q9NVE5 TNFRSF25-201ENST00000348333 1119 ntTSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
USP40Q9NVE5 TNFRSF25-202ENST00000351748 705 ntTSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
USP40Q9NVE5 AL356740.2-201ENST00000601559 647 ntBASIC28.09■■■□□ 2.09
USP40Q9NVE5 KAT5-208ENST00000530446 1697 ntTSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
USP40Q9NVE5 ADRM1-205ENST00000620230 1361 ntTSL 5 BASIC28.09■■■□□ 2.09
USP40Q9NVE5 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
USP40Q9NVE5 FAM173A-201ENST00000219535 806 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
USP40Q9NVE5 MAST4-205ENST00000406039 717 ntTSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
USP40Q9NVE5 SLC25A39-203ENST00000537904 1274 ntTSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
USP40Q9NVE5 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC28.08■■■□□ 2.09
USP40Q9NVE5 PHF11-202ENST00000378319 1359 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
USP40Q9NVE5 AL136116.3-201ENST00000402907 1138 ntBASIC28.07■■■□□ 2.08
USP40Q9NVE5 AC119427.1-201ENST00000633182 556 ntTSL 4 BASIC28.07■■■□□ 2.08
USP40Q9NVE5 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC28.07■■■□□ 2.08
USP40Q9NVE5 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
USP40Q9NVE5 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
USP40Q9NVE5 TRIM14-203ENST00000375098 1792 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
USP40Q9NVE5 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
USP40Q9NVE5 RNF225-201ENST00000601382 990 ntAPPRIS P1 BASIC28.06■■■□□ 2.08
USP40Q9NVE5 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
USP40Q9NVE5 PTOV1-220ENST00000601675 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
USP40Q9NVE5 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
USP40Q9NVE5 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
USP40Q9NVE5 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
USP40Q9NVE5 YWHAH-201ENST00000248975 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
USP40Q9NVE5 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
USP40Q9NVE5 AC004540.2-202ENST00000451264 508 ntTSL 2 BASIC28.05■■■□□ 2.08
USP40Q9NVE5 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
USP40Q9NVE5 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC28.05■■■□□ 2.08
USP40Q9NVE5 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC28.05■■■□□ 2.08
USP40Q9NVE5 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
USP40Q9NVE5 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC28.04■■■□□ 2.08
USP40Q9NVE5 CRACR2B-202ENST00000525077 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
USP40Q9NVE5 SERTAD4-AS1-202ENST00000475406 591 ntTSL 2 BASIC28.04■■■□□ 2.08
USP40Q9NVE5 Z98883.1-202ENST00000635107 1289 ntTSL 5 BASIC28.04■■■□□ 2.08
USP40Q9NVE5 HMCES-204ENST00000502878 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
USP40Q9NVE5 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
USP40Q9NVE5 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
USP40Q9NVE5 CD72-202ENST00000378430 585 ntTSL 3 BASIC28.03■■■□□ 2.08
USP40Q9NVE5 TMEM134-202ENST00000393877 823 ntTSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
USP40Q9NVE5 IL15RA-209ENST00000397255 759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.03■■■□□ 2.08
USP40Q9NVE5 IL15RA-216ENST00000530685 660 ntTSL 5 BASIC28.03■■■□□ 2.08
USP40Q9NVE5 KRAS-204ENST00000557334 1052 ntTSL 5 BASIC28.03■■■□□ 2.08
USP40Q9NVE5 TMC6-218ENST00000591436 1155 ntTSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
USP40Q9NVE5 FAM228B-208ENST00000613899 1238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
USP40Q9NVE5 NPHS2-202ENST00000367616 1670 ntTSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
USP40Q9NVE5 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
USP40Q9NVE5 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
USP40Q9NVE5 EMC9-201ENST00000216799 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
USP40Q9NVE5 NALT1-201ENST00000429224 738 ntTSL 5 BASIC28.02■■■□□ 2.08
USP40Q9NVE5 AK3-203ENST00000447596 705 ntTSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
USP40Q9NVE5 AC005551.1-201ENST00000641816 493 ntAPPRIS P1 BASIC28.02■■■□□ 2.08
USP40Q9NVE5 AC093762.1-201ENST00000641981 837 ntAPPRIS P1 BASIC28.02■■■□□ 2.08
USP40Q9NVE5 SDS-201ENST00000257549 1606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 63.3 ms