Protein–RNA interactions for Protein: Q9BUN5

CCDC28B, Coiled-coil domain-containing protein 28B, humanhuman

Predictions only

Length 200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC28BQ9BUN5 DES-201ENST00000373960 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC28BQ9BUN5 GRIN2D-201ENST00000263269 5093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC28BQ9BUN5 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC28BQ9BUN5 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC28BQ9BUN5 PITX2-209ENST00000557119 1889 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC28BQ9BUN5 DACT3-201ENST00000300875 2526 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC28BQ9BUN5 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC28BQ9BUN5 BIN1-202ENST00000316724 2693 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC28BQ9BUN5 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC28BQ9BUN5 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC28BQ9BUN5 ZFAND4-205ENST00000374371 2283 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC28BQ9BUN5 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC28BQ9BUN5 FAM171A2-201ENST00000293443 3160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC28BQ9BUN5 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC28BQ9BUN5 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.23
CCDC28BQ9BUN5 KCNS1-202ENST00000537075 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC28BQ9BUN5 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC28BQ9BUN5 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC28BQ9BUN5 HYAL2-207ENST00000442581 2318 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC28BQ9BUN5 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC28BQ9BUN5 DAZAP1-201ENST00000233078 2160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC28BQ9BUN5 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC28BQ9BUN5 MYBL2-201ENST00000217026 2639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC28BQ9BUN5 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC28BQ9BUN5 SAMD4B-208ENST00000598913 2877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC28BQ9BUN5 LRRC45-201ENST00000306688 2701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC28BQ9BUN5 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC28BQ9BUN5 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC28BQ9BUN5 MAGED2-206ENST00000375068 2189 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC28BQ9BUN5 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC28BQ9BUN5 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC28BQ9BUN5 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC28BQ9BUN5 LTB4R2-205ENST00000543919 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC28BQ9BUN5 STRBP-202ENST00000360998 2990 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC28BQ9BUN5 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC28BQ9BUN5 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC28BQ9BUN5 NRG3-201ENST00000372141 2158 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC28BQ9BUN5 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC28BQ9BUN5 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC28BQ9BUN5 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC28BQ9BUN5 ASRGL1-202ENST00000415229 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC28BQ9BUN5 PTH1R-207ENST00000449590 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC28BQ9BUN5 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC28BQ9BUN5 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC28BQ9BUN5 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC28BQ9BUN5 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC28BQ9BUN5 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC28BQ9BUN5 NKX6-3-202ENST00000524115 1683 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC28BQ9BUN5 ABHD6-205ENST00000478253 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC28BQ9BUN5 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC28BQ9BUN5 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC28BQ9BUN5 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC28BQ9BUN5 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC28BQ9BUN5 AMZ2-202ENST00000359904 2402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC28BQ9BUN5 U2AF2-202ENST00000450554 3022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC28BQ9BUN5 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC28BQ9BUN5 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC28BQ9BUN5 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC28BQ9BUN5 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC28BQ9BUN5 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC28BQ9BUN5 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC28BQ9BUN5 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC28BQ9BUN5 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC28BQ9BUN5 KLC1-201ENST00000246489 2294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC28BQ9BUN5 KLC1-224ENST00000557450 2265 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC28BQ9BUN5 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC28BQ9BUN5 AOC3-207ENST00000617500 2392 ntTSL 4 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC28BQ9BUN5 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC28BQ9BUN5 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC28BQ9BUN5 LDB1-201ENST00000361198 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC28BQ9BUN5 KCNAB3-201ENST00000303790 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC28BQ9BUN5 PDIA6-207ENST00000540494 2509 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC28BQ9BUN5 FAM86JP-203ENST00000485843 2012 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC28BQ9BUN5 RBMXL2-201ENST00000306904 1874 ntAPPRIS P1 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC28BQ9BUN5 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC28BQ9BUN5 ZNF76-203ENST00000373953 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC28BQ9BUN5 MAP6D1-201ENST00000318631 2111 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC28BQ9BUN5 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC28BQ9BUN5 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC28BQ9BUN5 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC28BQ9BUN5 SRP68-201ENST00000307877 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC28BQ9BUN5 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC28BQ9BUN5 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC28BQ9BUN5 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC28BQ9BUN5 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC28BQ9BUN5 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC28BQ9BUN5 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC28BQ9BUN5 FNDC11-204ENST00000615526 2954 ntAPPRIS P1 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC28BQ9BUN5 PCYT2-201ENST00000331285 2147 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC28BQ9BUN5 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC28BQ9BUN5 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC28BQ9BUN5 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC28BQ9BUN5 GRK4-202ENST00000398051 2068 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC28BQ9BUN5 DOHH-201ENST00000427575 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC28BQ9BUN5 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC28BQ9BUN5 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC28BQ9BUN5 PTGES2-202ENST00000338961 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC28BQ9BUN5 LDHB-203ENST00000396076 1538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC28BQ9BUN5 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC28BQ9BUN5 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49.3 ms