Protein–RNA interactions for Protein: Q96PN7

TRERF1, Transcriptional-regulating factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRERF1Q96PN7 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
TRERF1Q96PN7 TSPY9P-201ENST00000440215 945 ntBASIC27.16■■□□□ 1.94
TRERF1Q96PN7 TSPY11P-201ENST00000442607 1045 ntBASIC27.16■■□□□ 1.94
TRERF1Q96PN7 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC27.16■■□□□ 1.94
TRERF1Q96PN7 FOXO3B-201ENST00000395675 1928 ntBASIC27.16■■□□□ 1.94
TRERF1Q96PN7 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
TRERF1Q96PN7 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
TRERF1Q96PN7 HMGA2-202ENST00000393577 611 ntTSL 3 BASIC27.15■■□□□ 1.94
TRERF1Q96PN7 GUCD1-202ENST00000402766 865 ntTSL 2 BASIC27.15■■□□□ 1.94
TRERF1Q96PN7 KRT16P3-201ENST00000439127 1283 ntBASIC27.15■■□□□ 1.94
TRERF1Q96PN7 TUBBP5-204ENST00000635438 565 ntTSL 4 BASIC27.15■■□□□ 1.94
TRERF1Q96PN7 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC27.15■■□□□ 1.94
TRERF1Q96PN7 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
TRERF1Q96PN7 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
TRERF1Q96PN7 AP001267.3-203ENST00000554407 579 ntTSL 2 BASIC27.14■■□□□ 1.94
TRERF1Q96PN7 KLHL26-202ENST00000595182 522 ntTSL 4 BASIC27.14■■□□□ 1.94
TRERF1Q96PN7 AC092028.1-203ENST00000608262 953 ntBASIC27.14■■□□□ 1.94
TRERF1Q96PN7 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC27.14■■□□□ 1.94
TRERF1Q96PN7 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC27.14■■□□□ 1.94
TRERF1Q96PN7 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
TRERF1Q96PN7 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.93
TRERF1Q96PN7 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.93
TRERF1Q96PN7 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.93
TRERF1Q96PN7 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
TRERF1Q96PN7 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
TRERF1Q96PN7 ARMC10-202ENST00000323716 2635 ntTSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
TRERF1Q96PN7 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC27.13■■□□□ 1.93
TRERF1Q96PN7 PCMTD2-202ENST00000299468 1049 ntTSL 5 BASIC27.13■■□□□ 1.93
TRERF1Q96PN7 P2RX2-205ENST00000352418 1200 ntTSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
TRERF1Q96PN7 FEZ1-202ENST00000366139 1053 ntTSL 2 BASIC27.13■■□□□ 1.93
TRERF1Q96PN7 MTURN-203ENST00000409688 843 ntTSL 2 BASIC27.13■■□□□ 1.93
TRERF1Q96PN7 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
TRERF1Q96PN7 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
TRERF1Q96PN7 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC27.12■■□□□ 1.93
TRERF1Q96PN7 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC27.12■■□□□ 1.93
TRERF1Q96PN7 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
TRERF1Q96PN7 MDK-202ENST00000395565 951 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.12■■□□□ 1.93
TRERF1Q96PN7 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC27.12■■□□□ 1.93
TRERF1Q96PN7 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC27.12■■□□□ 1.93
TRERF1Q96PN7 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC27.12■■□□□ 1.93
TRERF1Q96PN7 PLEKHJ1-213ENST00000591099 1092 ntTSL 2 BASIC27.12■■□□□ 1.93
TRERF1Q96PN7 NRXN1-205ENST00000401710 2873 ntTSL 5 BASIC27.12■■□□□ 1.93
TRERF1Q96PN7 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
TRERF1Q96PN7 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC27.11■■□□□ 1.93
TRERF1Q96PN7 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC27.11■■□□□ 1.93
TRERF1Q96PN7 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC27.11■■□□□ 1.93
TRERF1Q96PN7 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
TRERF1Q96PN7 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
TRERF1Q96PN7 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
TRERF1Q96PN7 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
TRERF1Q96PN7 DRAP1-201ENST00000312515 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
TRERF1Q96PN7 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
TRERF1Q96PN7 RMI2-201ENST00000312499 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
TRERF1Q96PN7 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
TRERF1Q96PN7 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
TRERF1Q96PN7 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
TRERF1Q96PN7 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
TRERF1Q96PN7 AC073111.5-204ENST00000498682 1167 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.09■■□□□ 1.93
TRERF1Q96PN7 NAA30-203ENST00000555166 1294 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.09■■□□□ 1.93
TRERF1Q96PN7 AL117209.1-201ENST00000560931 828 ntTSL 3 BASIC27.09■■□□□ 1.93
TRERF1Q96PN7 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC27.09■■□□□ 1.93
TRERF1Q96PN7 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.09■■□□□ 1.93
TRERF1Q96PN7 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
TRERF1Q96PN7 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
TRERF1Q96PN7 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.08■■□□□ 1.93
TRERF1Q96PN7 GNB1-210ENST00000615252 3048 ntTSL 5 BASIC27.08■■□□□ 1.93
TRERF1Q96PN7 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC27.08■■□□□ 1.93
TRERF1Q96PN7 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.08■■□□□ 1.93
TRERF1Q96PN7 AQP1-202ENST00000409611 1140 ntTSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
TRERF1Q96PN7 IGFBP7-203ENST00000514062 1251 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.08■■□□□ 1.93
TRERF1Q96PN7 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC27.08■■□□□ 1.93
TRERF1Q96PN7 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
TRERF1Q96PN7 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.08■■□□□ 1.93
TRERF1Q96PN7 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
TRERF1Q96PN7 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC27.07■■□□□ 1.92
TRERF1Q96PN7 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
TRERF1Q96PN7 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC27.06■■□□□ 1.92
TRERF1Q96PN7 NKIRAS2-209ENST00000479407 992 ntTSL 3 BASIC27.06■■□□□ 1.92
TRERF1Q96PN7 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC27.06■■□□□ 1.92
TRERF1Q96PN7 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
TRERF1Q96PN7 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
TRERF1Q96PN7 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
TRERF1Q96PN7 SENP5-202ENST00000419026 973 ntTSL 3 BASIC27.05■■□□□ 1.92
TRERF1Q96PN7 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC27.05■■□□□ 1.92
TRERF1Q96PN7 FOSL1-202ENST00000448083 1427 ntTSL 2 BASIC27.05■■□□□ 1.92
TRERF1Q96PN7 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
TRERF1Q96PN7 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.04■■□□□ 1.92
TRERF1Q96PN7 PEMT-201ENST00000255389 1013 ntTSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
TRERF1Q96PN7 DNAJC4-202ENST00000321685 1288 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
TRERF1Q96PN7 LRRC1-201ENST00000370882 808 ntTSL 3 BASIC27.04■■□□□ 1.92
TRERF1Q96PN7 DNAJC4-212ENST00000628077 938 ntTSL 5 BASIC27.04■■□□□ 1.92
TRERF1Q96PN7 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
TRERF1Q96PN7 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
TRERF1Q96PN7 AC008406.3-201ENST00000620001 1374 ntBASIC27.03■■□□□ 1.92
TRERF1Q96PN7 ARMC10-204ENST00000425331 2443 ntTSL 2 BASIC27.02■■□□□ 1.92
TRERF1Q96PN7 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC27.02■■□□□ 1.92
TRERF1Q96PN7 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
TRERF1Q96PN7 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
TRERF1Q96PN7 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC27.02■■□□□ 1.92
TRERF1Q96PN7 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.7 ms