Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
VPS39Q96JC1 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.35
VPS39Q96JC1 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
VPS39Q96JC1 LTB4R2-205ENST00000543919 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
VPS39Q96JC1 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
VPS39Q96JC1 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
VPS39Q96JC1 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
VPS39Q96JC1 INPP5J-206ENST00000404453 1613 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS39Q96JC1 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS39Q96JC1 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS39Q96JC1 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS39Q96JC1 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS39Q96JC1 HOMER1-202ENST00000334082 5881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
VPS39Q96JC1 YWHAH-201ENST00000248975 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
VPS39Q96JC1 ST3GAL5-269ENST00000640992 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
VPS39Q96JC1 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
VPS39Q96JC1 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
VPS39Q96JC1 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
VPS39Q96JC1 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
VPS39Q96JC1 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
VPS39Q96JC1 DYRK3-203ENST00000367109 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
VPS39Q96JC1 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
VPS39Q96JC1 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
VPS39Q96JC1 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
VPS39Q96JC1 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
VPS39Q96JC1 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
VPS39Q96JC1 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC23.42■■□□□ 1.34
VPS39Q96JC1 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
VPS39Q96JC1 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
VPS39Q96JC1 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC23.42■■□□□ 1.34
VPS39Q96JC1 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
VPS39Q96JC1 RBMXL2-201ENST00000306904 1874 ntAPPRIS P1 BASIC23.41■■□□□ 1.34
VPS39Q96JC1 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
VPS39Q96JC1 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC23.41■■□□□ 1.34
VPS39Q96JC1 NPTXR-201ENST00000333039 5784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
VPS39Q96JC1 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
VPS39Q96JC1 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
VPS39Q96JC1 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
VPS39Q96JC1 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
VPS39Q96JC1 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC23.4■■□□□ 1.34
VPS39Q96JC1 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
VPS39Q96JC1 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
VPS39Q96JC1 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
VPS39Q96JC1 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
VPS39Q96JC1 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
VPS39Q96JC1 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
VPS39Q96JC1 CCND3-223ENST00000616010 2047 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
VPS39Q96JC1 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
VPS39Q96JC1 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
VPS39Q96JC1 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
VPS39Q96JC1 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
VPS39Q96JC1 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC23.38■■□□□ 1.33
VPS39Q96JC1 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
VPS39Q96JC1 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
VPS39Q96JC1 LDHB-203ENST00000396076 1538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
VPS39Q96JC1 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
VPS39Q96JC1 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
VPS39Q96JC1 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS39Q96JC1 FOXO3B-201ENST00000395675 1928 ntBASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS39Q96JC1 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS39Q96JC1 MYH7B-209ENST00000618182 6197 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS39Q96JC1 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS39Q96JC1 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS39Q96JC1 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS39Q96JC1 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS39Q96JC1 TTC9-201ENST00000256367 5217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS39Q96JC1 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS39Q96JC1 TMEM150C-201ENST00000449862 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS39Q96JC1 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS39Q96JC1 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS39Q96JC1 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS39Q96JC1 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS39Q96JC1 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
VPS39Q96JC1 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC23.36■■□□□ 1.33
VPS39Q96JC1 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
VPS39Q96JC1 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC23.36■■□□□ 1.33
VPS39Q96JC1 AUTS2-203ENST00000406775 5950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
VPS39Q96JC1 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
VPS39Q96JC1 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
VPS39Q96JC1 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
VPS39Q96JC1 HSD11B2-201ENST00000326152 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
VPS39Q96JC1 AL022341.2-201ENST00000573609 1417 ntTSL 3 BASIC23.35■■□□□ 1.33
VPS39Q96JC1 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
VPS39Q96JC1 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
VPS39Q96JC1 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
VPS39Q96JC1 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
VPS39Q96JC1 ARMC10-202ENST00000323716 2635 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
VPS39Q96JC1 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
VPS39Q96JC1 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
VPS39Q96JC1 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
VPS39Q96JC1 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
VPS39Q96JC1 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
VPS39Q96JC1 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC23.34■■□□□ 1.33
VPS39Q96JC1 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
VPS39Q96JC1 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
VPS39Q96JC1 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
VPS39Q96JC1 LURAP1L-201ENST00000319264 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
VPS39Q96JC1 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
VPS39Q96JC1 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
VPS39Q96JC1 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24 ms