Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZMZ3

SYNE3, Nesprin-3, humanhuman

Predictions only

Length 975 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE3Q6ZMZ3 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
SYNE3Q6ZMZ3 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
SYNE3Q6ZMZ3 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
SYNE3Q6ZMZ3 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
SYNE3Q6ZMZ3 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
SYNE3Q6ZMZ3 LINC01342-201ENST00000416774 1620 ntTSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
SYNE3Q6ZMZ3 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
SYNE3Q6ZMZ3 PTOV1-201ENST00000391842 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.56■■■□□ 2
SYNE3Q6ZMZ3 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC27.56■■■□□ 2
SYNE3Q6ZMZ3 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
SYNE3Q6ZMZ3 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC27.56■■■□□ 2
SYNE3Q6ZMZ3 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
SYNE3Q6ZMZ3 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
SYNE3Q6ZMZ3 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
SYNE3Q6ZMZ3 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.55■■■□□ 2
SYNE3Q6ZMZ3 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
SYNE3Q6ZMZ3 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.55■■■□□ 2
SYNE3Q6ZMZ3 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC27.55■■■□□ 2
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
SYNE3Q6ZMZ3 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC27.55■■■□□ 2
SYNE3Q6ZMZ3 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
SYNE3Q6ZMZ3 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.55■■■□□ 2
SYNE3Q6ZMZ3 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC27.54■■■□□ 2
SYNE3Q6ZMZ3 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
SYNE3Q6ZMZ3 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC27.54■■■□□ 2
SYNE3Q6ZMZ3 C7orf25-206ENST00000447342 1823 ntTSL 2 BASIC27.54■■■□□ 2
SYNE3Q6ZMZ3 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
SYNE3Q6ZMZ3 RBMXL2-201ENST00000306904 1874 ntAPPRIS P1 BASIC27.53■■■□□ 2
SYNE3Q6ZMZ3 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
SYNE3Q6ZMZ3 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
SYNE3Q6ZMZ3 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
SYNE3Q6ZMZ3 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC27.53■■■□□ 2
SYNE3Q6ZMZ3 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
SYNE3Q6ZMZ3 FUT11-202ENST00000394790 2175 ntTSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
SYNE3Q6ZMZ3 PTPRM-201ENST00000332175 6095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
SYNE3Q6ZMZ3 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC27.52■■■□□ 2
SYNE3Q6ZMZ3 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC27.52■■■□□ 2
SYNE3Q6ZMZ3 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
SYNE3Q6ZMZ3 RASGRP2-204ENST00000377487 642 ntTSL 2 BASIC27.52■■■□□ 2
SYNE3Q6ZMZ3 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC27.52■■■□□ 2
SYNE3Q6ZMZ3 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC27.52■■■□□ 2
SYNE3Q6ZMZ3 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
SYNE3Q6ZMZ3 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
SYNE3Q6ZMZ3 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
SYNE3Q6ZMZ3 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC27.51■■■□□ 2
SYNE3Q6ZMZ3 ARHGAP29-202ENST00000370217 2043 ntTSL 1 (best) BASIC27.51■■■□□ 2
SYNE3Q6ZMZ3 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC27.51■■■□□ 2
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.51■■□□□ 1.99
SYNE3Q6ZMZ3 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
SYNE3Q6ZMZ3 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC27.51■■□□□ 1.99
SYNE3Q6ZMZ3 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC27.51■■□□□ 1.99
SYNE3Q6ZMZ3 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
SYNE3Q6ZMZ3 C11orf95-202ENST00000433688 5716 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.5■■□□□ 1.99
SYNE3Q6ZMZ3 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
SYNE3Q6ZMZ3 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC27.5■■□□□ 1.99
SYNE3Q6ZMZ3 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
SYNE3Q6ZMZ3 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
SYNE3Q6ZMZ3 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
SYNE3Q6ZMZ3 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
SYNE3Q6ZMZ3 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
SYNE3Q6ZMZ3 LTB4R2-205ENST00000543919 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
SYNE3Q6ZMZ3 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC27.49■■□□□ 1.99
SYNE3Q6ZMZ3 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC27.49■■□□□ 1.99
SYNE3Q6ZMZ3 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
SYNE3Q6ZMZ3 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
SYNE3Q6ZMZ3 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
SYNE3Q6ZMZ3 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
SYNE3Q6ZMZ3 AL357033.1-201ENST00000370520 1933 ntTSL 2 BASIC27.49■■□□□ 1.99
SYNE3Q6ZMZ3 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC27.49■■□□□ 1.99
SYNE3Q6ZMZ3 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
SYNE3Q6ZMZ3 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
SYNE3Q6ZMZ3 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.48■■□□□ 1.99
SYNE3Q6ZMZ3 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC27.48■■□□□ 1.99
SYNE3Q6ZMZ3 AP003733.4-201ENST00000623785 1697 ntBASIC27.48■■□□□ 1.99
SYNE3Q6ZMZ3 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.47■■□□□ 1.99
SYNE3Q6ZMZ3 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC27.47■■□□□ 1.99
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
SYNE3Q6ZMZ3 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC27.47■■□□□ 1.99
SYNE3Q6ZMZ3 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.47■■□□□ 1.99
SYNE3Q6ZMZ3 LRIG1-202ENST00000383703 5283 ntTSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
SYNE3Q6ZMZ3 LDHB-203ENST00000396076 1538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.46■■□□□ 1.99
SYNE3Q6ZMZ3 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
SYNE3Q6ZMZ3 FAM181A-204ENST00000557000 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
SYNE3Q6ZMZ3 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.46■■□□□ 1.99
SYNE3Q6ZMZ3 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC27.46■■□□□ 1.99
SYNE3Q6ZMZ3 MIR6089-201ENST00000616698 64 ntBASIC27.46■■□□□ 1.99
SYNE3Q6ZMZ3 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC27.46■■□□□ 1.99
SYNE3Q6ZMZ3 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC27.45■■□□□ 1.99
SYNE3Q6ZMZ3 CCND3-223ENST00000616010 2047 ntTSL 5 BASIC27.45■■□□□ 1.99
SYNE3Q6ZMZ3 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
SYNE3Q6ZMZ3 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC27.45■■□□□ 1.98
SYNE3Q6ZMZ3 ST3GAL5-214ENST00000638178 2034 ntTSL 5 BASIC27.45■■□□□ 1.98
SYNE3Q6ZMZ3 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
SYNE3Q6ZMZ3 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
SYNE3Q6ZMZ3 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.44■■□□□ 1.98
SYNE3Q6ZMZ3 MAGI2-217ENST00000629359 6704 ntTSL 5 BASIC27.44■■□□□ 1.98
SYNE3Q6ZMZ3 CADPS-203ENST00000383710 5471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
SYNE3Q6ZMZ3 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
SYNE3Q6ZMZ3 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.4 ms