Protein–RNA interactions for Protein: P23560

BDNF, Brain-derived neurotrophic factor, humanhuman

Predictions only

Length 247 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BDNFP23560 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
BDNFP23560 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
BDNFP23560 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
BDNFP23560 RRP9-201ENST00000232888 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
BDNFP23560 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC24.86■■□□□ 1.57
BDNFP23560 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
BDNFP23560 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
BDNFP23560 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
BDNFP23560 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC24.85■■□□□ 1.57
BDNFP23560 AC026785.2-201ENST00000511821 867 ntTSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
BDNFP23560 KRT125P-201ENST00000546827 989 ntBASIC24.85■■□□□ 1.57
BDNFP23560 HMX3-201ENST00000357878 1173 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
BDNFP23560 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
BDNFP23560 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
BDNFP23560 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC24.84■■□□□ 1.57
BDNFP23560 GNAL-201ENST00000269162 1722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
BDNFP23560 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
BDNFP23560 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
BDNFP23560 SLC6A10P-202ENST00000431994 2058 ntBASIC24.83■■□□□ 1.57
BDNFP23560 MIR4787-201ENST00000607364 84 ntBASIC24.83■■□□□ 1.57
BDNFP23560 AC090877.2-201ENST00000558441 1738 ntBASIC24.82■■□□□ 1.56
BDNFP23560 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
BDNFP23560 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
BDNFP23560 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC24.81■■□□□ 1.56
BDNFP23560 RABEP2-203ENST00000544477 1645 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
BDNFP23560 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
BDNFP23560 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
BDNFP23560 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
BDNFP23560 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
BDNFP23560 NAXE-202ENST00000368234 901 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
BDNFP23560 AQP1-202ENST00000409611 1140 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
BDNFP23560 FAM72B-203ENST00000452190 748 ntTSL 3 BASIC24.8■■□□□ 1.56
BDNFP23560 FAM173A-207ENST00000569529 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
BDNFP23560 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC24.8■■□□□ 1.56
BDNFP23560 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
BDNFP23560 KLC3-201ENST00000391946 1780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
BDNFP23560 FAM107A-203ENST00000447756 1432 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
BDNFP23560 CREM-229ENST00000474362 1030 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
BDNFP23560 AC092849.1-201ENST00000475250 303 ntTSL 4 BASIC24.79■■□□□ 1.56
BDNFP23560 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
BDNFP23560 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
BDNFP23560 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
BDNFP23560 AC021242.3-201ENST00000607598 1377 ntBASIC24.79■■□□□ 1.56
BDNFP23560 PTH1R-206ENST00000430002 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
BDNFP23560 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
BDNFP23560 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.78■■□□□ 1.56
BDNFP23560 CTDSP2-203ENST00000547701 988 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
BDNFP23560 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
BDNFP23560 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
BDNFP23560 ZNF180-205ENST00000587047 525 ntTSL 4 BASIC24.77■■□□□ 1.56
BDNFP23560 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC24.77■■□□□ 1.56
BDNFP23560 KAT5-208ENST00000530446 1697 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
BDNFP23560 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
BDNFP23560 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
BDNFP23560 RBMXL2-201ENST00000306904 1874 ntAPPRIS P1 BASIC24.77■■□□□ 1.56
BDNFP23560 PKMYT1-211ENST00000573944 1891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
BDNFP23560 TST-201ENST00000249042 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
BDNFP23560 TANGO2-204ENST00000401833 1920 ntTSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
BDNFP23560 RRAS2-201ENST00000256196 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
BDNFP23560 FUT11-202ENST00000394790 2175 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
BDNFP23560 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
BDNFP23560 MAGI2-AS3-201ENST00000414797 1072 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
BDNFP23560 AC090587.2-201ENST00000430222 527 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
BDNFP23560 SYCE1-204ENST00000432597 1254 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
BDNFP23560 TMEM151B-201ENST00000438774 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.75■■□□□ 1.55
BDNFP23560 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
BDNFP23560 ELOC-206ENST00000520242 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
BDNFP23560 SLIT1-203ENST00000371041 1695 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
BDNFP23560 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
BDNFP23560 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
BDNFP23560 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
BDNFP23560 RPL31-208ENST00000409733 825 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
BDNFP23560 KLHL26-202ENST00000595182 522 ntTSL 4 BASIC24.74■■□□□ 1.55
BDNFP23560 AF131216.4-201ENST00000638924 1588 ntBASIC24.74■■□□□ 1.55
BDNFP23560 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
BDNFP23560 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
BDNFP23560 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
BDNFP23560 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
BDNFP23560 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
BDNFP23560 LTB4R2-205ENST00000543919 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
BDNFP23560 PGR-AS1-202ENST00000632820 1545 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
BDNFP23560 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
BDNFP23560 EPHA10-211ENST00000540011 720 ntTSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
BDNFP23560 ARHGAP29-202ENST00000370217 2043 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
BDNFP23560 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC24.72■■□□□ 1.55
BDNFP23560 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
BDNFP23560 MRPS34-202ENST00000397375 1024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
BDNFP23560 CCND3-223ENST00000616010 2047 ntTSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
BDNFP23560 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
BDNFP23560 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
BDNFP23560 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
BDNFP23560 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
BDNFP23560 HMGA2-202ENST00000393577 611 ntTSL 3 BASIC24.71■■□□□ 1.55
BDNFP23560 AL356441.2-201ENST00000443009 864 ntBASIC24.71■■□□□ 1.55
BDNFP23560 AC092807.3-205ENST00000467666 531 ntTSL 3 BASIC24.71■■□□□ 1.55
BDNFP23560 HAUS7-211ENST00000626181 414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
BDNFP23560 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
BDNFP23560 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
BDNFP23560 DHRS11-215ENST00000618403 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
BDNFP23560 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.7 ms