Protein–RNA interactions for Protein: Q01081

U2AF1, Splicing factor U2AF 35 kDa subunit, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 240 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
U2AF1Q01081 SF1-211ENST00000448404 2778 ntTSL 1 (best)19.39■□□□□ 0.74e-10■■■■■ 47.9
U2AF1Q01081 SF1-202ENST00000334944 3094 ntTSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.464e-10■■■■■ 47.9
U2AF1Q01081 SF1-205ENST00000377394 2854 ntTSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.424e-10■■■■■ 47.9
U2AF1Q01081 SF1-201ENST00000227503 2850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.424e-10■■■■■ 47.9
U2AF1Q01081 SF1-204ENST00000377390 3470 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.034e-10■■■■■ 47.9
U2AF1Q01081 AC079062.1-205ENST00000582571 744 ntTSL 316.31■□□□□ 0.21e-6■■■■■ 47.6
U2AF1Q01081 AC079062.1-202ENST00000581011 2636 ntTSL 1 (best) BASIC12.94□□□□□ -0.341e-6■■■■■ 47.6
U2AF1Q01081 AC079062.1-201ENST00000584544 1396 ntTSL 1 (best) BASIC12.19□□□□□ -0.461e-6■■■■■ 47.6
U2AF1Q01081 AC079062.1-204ENST00000583405 474 ntTSL 210.72□□□□□ -0.691e-6■■■■■ 47.6
U2AF1Q01081 AC079062.1-203ENST00000581862 3610 ntTSL 1 (best) BASIC6.06□□□□□ -1.441e-6■■■■■ 47.6
U2AF1Q01081 SMC4-221ENST00000489573 1553 ntTSL 1 (best)28.75■■■□□ 2.195e-12■■■■■ 47.2
U2AF1Q01081 SMC4-209ENST00000468653 1756 ntTSL 225.13■■□□□ 1.615e-12■■■■■ 47.2
U2AF1Q01081 SMC4-211ENST00000469858 1971 ntTSL 224■■□□□ 1.435e-12■■■■■ 47.2
U2AF1Q01081 SMC4-201ENST00000344722 5356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.25e-12■■■■■ 47.2
U2AF1Q01081 SMC4-204ENST00000462787 5033 ntTSL 2 BASIC19.72■□□□□ 0.755e-12■■■■■ 47.2
U2AF1Q01081 SMC4-202ENST00000357388 5471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.135e-12■■■■■ 47.2
U2AF1Q01081 SMC4-210ENST00000469762 3998 ntTSL 2 BASIC13.08□□□□□ -0.325e-12■■■■■ 47.2
U2AF1Q01081 SMC4-205ENST00000465563 747 ntTSL 26.1□□□□□ -1.435e-12■■■■■ 47.2
U2AF1Q01081 SMC4-224ENST00000494612 622 ntTSL 35.67□□□□□ -1.55e-12■■■■■ 47.2
U2AF1Q01081 SMC4-207ENST00000467263 401 ntTSL 25.31□□□□□ -1.565e-12■■■■■ 47.2
U2AF1Q01081 SMC4-219ENST00000487747 637 ntTSL 54.98□□□□□ -1.615e-12■■■■■ 47.2
U2AF1Q01081 SMC4-227ENST00000497984 563 ntTSL 54.51□□□□□ -1.695e-12■■■■■ 47.2
U2AF1Q01081 LUC7L3-201ENST00000240304 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.163e-12■■■■■ 47
U2AF1Q01081 MON2-210ENST00000551307 2640 ntTSL 22.91□□□□□ -1.943e-10■■■■■ 47
U2AF1Q01081 KANSL1-216ENST00000577114 629 ntTSL 59.51□□□□□ -0.893e-11■■■■■ 46.9
U2AF1Q01081 RNF149-201ENST00000295317 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.111e-12■■■■■ 46.6
U2AF1Q01081 RNF149-202ENST00000424632 2010 ntTSL 226.48■■□□□ 1.831e-12■■■■■ 46.6
U2AF1Q01081 RNF149-206ENST00000490553 592 ntTSL 48.48□□□□□ -1.051e-12■■■■■ 46.6
U2AF1Q01081 RNF149-203ENST00000463726 622 ntTSL 44.69□□□□□ -1.661e-12■■■■■ 46.6
U2AF1Q01081 ALG13-213ENST00000482374 679 ntTSL 220.57■□□□□ 0.881e-6■■■■■ 46.3
U2AF1Q01081 ALG13-227ENST00000622997 594 ntTSL 520.57■□□□□ 0.881e-6■■■■■ 46.3
U2AF1Q01081 ALG13-207ENST00000468657 916 ntTSL 220.48■□□□□ 0.871e-6■■■■■ 46.3
U2AF1Q01081 ALG13-210ENST00000471924 711 ntTSL 318.43■□□□□ 0.541e-6■■■■■ 46.3
U2AF1Q01081 ALG13-220ENST00000489033 785 ntTSL 317.67■□□□□ 0.421e-6■■■■■ 46.3
U2AF1Q01081 ALG13-223ENST00000495283 3236 ntTSL 213.55□□□□□ -0.241e-6■■■■■ 46.3
U2AF1Q01081 ALG13-225ENST00000621367 3893 ntTSL 2 BASIC11.98□□□□□ -0.491e-6■■■■■ 46.3
U2AF1Q01081 ALG13-229ENST00000623148 3689 ntTSL 211.94□□□□□ -0.51e-6■■■■■ 46.3
U2AF1Q01081 ALG13-228ENST00000623144 3693 ntTSL 211.49□□□□□ -0.571e-6■■■■■ 46.3
U2AF1Q01081 ALG13-204ENST00000436609 3812 ntTSL 5 BASIC11.46□□□□□ -0.571e-6■■■■■ 46.3
U2AF1Q01081 ALG13-214ENST00000482742 620 ntTSL 2 BASIC10.52□□□□□ -0.731e-6■■■■■ 46.3
U2AF1Q01081 ALG13-216ENST00000486353 916 ntTSL 510.12□□□□□ -0.791e-6■■■■■ 46.3
U2AF1Q01081 ALG13-201ENST00000251943 3997 ntTSL 2 BASIC9.94□□□□□ -0.821e-6■■■■■ 46.3
U2AF1Q01081 ALG13-224ENST00000610588 4175 ntTSL 2 BASIC9.53□□□□□ -0.881e-6■■■■■ 46.3
U2AF1Q01081 ALG13-222ENST00000492038 1098 ntTSL 39.18□□□□□ -0.941e-6■■■■■ 46.3
U2AF1Q01081 ALG13-202ENST00000371979 2770 ntTSL 1 (best) BASIC8.88□□□□□ -0.991e-6■■■■■ 46.3
U2AF1Q01081 ALG13-203ENST00000394780 4133 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC8.17□□□□□ -1.11e-6■■■■■ 46.3
U2AF1Q01081 ALG13-239ENST00000636363 3480 ntTSL 56.73□□□□□ -1.331e-6■■■■■ 46.3
U2AF1Q01081 ALG13-234ENST00000624161 3761 ntTSL 26.5□□□□□ -1.371e-6■■■■■ 46.3
U2AF1Q01081 ALG13-235ENST00000624881 876 ntTSL 56.44□□□□□ -1.381e-6■■■■■ 46.3
U2AF1Q01081 ALG13-218ENST00000487141 745 ntTSL 56.39□□□□□ -1.391e-6■■■■■ 46.3
U2AF1Q01081 ALG13-211ENST00000473389 693 ntTSL 2 BASIC6.21□□□□□ -1.421e-6■■■■■ 46.3
U2AF1Q01081 ALG13-230ENST00000623189 458 ntTSL 3 BASIC5.03□□□□□ -1.61e-6■■■■■ 46.3
U2AF1Q01081 ALG13-231ENST00000623255 585 ntTSL 34.75□□□□□ -1.651e-6■■■■■ 46.3
U2AF1Q01081 ALG13-209ENST00000470971 3200 ntTSL 53.82□□□□□ -1.81e-6■■■■■ 46.3
U2AF1Q01081 PPFIA1-201ENST00000253925 5234 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.527e-8■■■■■ 45.8
U2AF1Q01081 PPFIA1-202ENST00000389547 4133 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.477e-8■■■■■ 45.8
U2AF1Q01081 PPFIA1-222ENST00000532504 5159 ntTSL 1 (best)20.59■□□□□ 0.897e-8■■■■■ 45.8
U2AF1Q01081 PPFIA1-216ENST00000530746 575 ntTSL 319.99■□□□□ 0.797e-8■■■■■ 45.8
U2AF1Q01081 STAG3L5P-206ENST00000488972 552 ntTSL 417.16■□□□□ 0.343e-12■■■■■ 45.1
U2AF1Q01081 GREB1-210ENST00000628795 438 ntTSL 55.65□□□□□ -1.53e-13■■■■■ 45
U2AF1Q01081 PHTF2-206ENST00000422959 3525 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.79■□□□□ 0.61e-7■■■■■ 44.5
U2AF1Q01081 PHTF2-203ENST00000307305 4793 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.071e-7■■■■■ 44.5
U2AF1Q01081 PHTF2-205ENST00000416283 5198 ntTSL 5 BASIC12.61□□□□□ -0.391e-7■■■■■ 44.5
U2AF1Q01081 PHTF2-202ENST00000275575 4541 ntTSL 1 (best) BASIC4.46□□□□□ -1.71e-7■■■■■ 44.5
U2AF1Q01081 PHTF2-201ENST00000248550 4778 ntTSL 1 (best) BASIC4.33□□□□□ -1.721e-7■■■■■ 44.5
U2AF1Q01081 MON2-205ENST00000547095 5708 ntTSL 1 (best)21.29■■□□□ 13e-10■■■■■ 43.9
U2AF1Q01081 MON2-203ENST00000546600 6130 ntTSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.963e-10■■■■■ 43.9
U2AF1Q01081 MON2-213ENST00000552738 5543 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.873e-10■■■■■ 43.9
U2AF1Q01081 MON2-201ENST00000393629 5612 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.833e-10■■■■■ 43.9
U2AF1Q01081 MON2-214ENST00000641654 10382 ntBASIC13.16□□□□□ -0.33e-10■■■■■ 43.9
U2AF1Q01081 MON2-202ENST00000393630 13275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.07□□□□□ -0.83e-10■■■■■ 43.9
U2AF1Q01081 LUC7L3-208ENST00000505658 7040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.48□□□□□ -0.413e-12■■■■■ 43.1
U2AF1Q01081 HNRNPK-206ENST00000457156 1283 ntTSL 524.13■■□□□ 1.452e-10■■■■■ 43
U2AF1Q01081 HNRNPK-202ENST00000360384 2038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.432e-10■■■■■ 43
U2AF1Q01081 HNRNPK-204ENST00000376263 2942 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.842e-10■■■■■ 43
U2AF1Q01081 HNRNPK-201ENST00000351839 2652 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.33□□□□□ -0.62e-10■■■■■ 43
U2AF1Q01081 HNRNPK-205ENST00000376281 2928 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC11□□□□□ -0.652e-10■■■■■ 43
U2AF1Q01081 TIA1-218ENST00000496096 511 ntTSL 39.48□□□□□ -0.899e-23■■■■■ 42.8
U2AF1Q01081 TIA1-212ENST00000477415 510 ntTSL 24.23□□□□□ -1.739e-23■■■■■ 42.8
U2AF1Q01081 CAND1-208ENST00000545606 11251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.62□□□□□ -0.715e-14■■■■■ 42.7
U2AF1Q01081 CAND1-204ENST00000540319 2786 ntTSL 25.16□□□□□ -1.585e-14■■■■■ 42.7
U2AF1Q01081 CAND1-207ENST00000544619 4091 ntTSL 1 (best)3.33□□□□□ -1.885e-14■■■■■ 42.7
U2AF1Q01081 INTS3-207ENST00000481797 5741 ntTSL 216.1■□□□□ 0.177e-11■■■■■ 42.5
U2AF1Q01081 INTS3-204ENST00000435409 3597 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.167e-11■■■■■ 42.5
U2AF1Q01081 INTS3-201ENST00000318967 5235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.217e-11■■■■■ 42.5
U2AF1Q01081 SNORD3B-1-201ENST00000577988 758 ntBASIC18.56■□□□□ 0.561e-12■■■■■ 42.5
U2AF1Q01081 SNORD3B-1-203ENST00000631292 217 nt14.89□□□□□ -0.031e-12■■■■■ 42.5
U2AF1Q01081 SNORD3B-1-202ENST00000617128 218 nt14.66□□□□□ -0.061e-12■■■■■ 42.5
U2AF1Q01081 SLC7A6-205ENST00000563080 1030 ntTSL 512.6□□□□□ -0.391e-12■■■■■ 42.5
U2AF1Q01081 SLC7A6-201ENST00000219343 6251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.74□□□□□ -0.531e-12■■■■■ 42.5
U2AF1Q01081 SLC7A6-202ENST00000379152 5074 ntTSL 1 (best)11.34□□□□□ -0.591e-12■■■■■ 42.5
U2AF1Q01081 SLC7A6-209ENST00000566454 6308 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC9.4□□□□□ -0.91e-12■■■■■ 42.5
U2AF1Q01081 SLC7A6-216ENST00000618043 6124 ntTSL 5 BASIC9.35□□□□□ -0.911e-12■■■■■ 42.5
U2AF1Q01081 SLC7A6-210ENST00000566579 526 ntTSL 49.06□□□□□ -0.961e-12■■■■■ 42.5
U2AF1Q01081 SLC7A6-213ENST00000567346 543 ntTSL 28.88□□□□□ -0.991e-12■■■■■ 42.5
U2AF1Q01081 MIR17HG-201ENST00000400282 931 ntTSL 1 (best) BASIC30.37■■■□□ 2.451e-9■■■■■ 42.5
U2AF1Q01081 MIR17HG-203ENST00000582141 2845 ntTSL 1 (best)22.04■■□□□ 1.121e-9■■■■■ 42.5
U2AF1Q01081 MIR17HG-202ENST00000581816 2032 ntTSL 1 (best) BASIC9.95□□□□□ -0.821e-9■■■■■ 42.5
U2AF1Q01081 NCOA6-207ENST00000616167 3271 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.368e-12■■■■■ 42.3
U2AF1Q01081 NCOA6-206ENST00000612493 4082 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.67■□□□□ 0.98e-12■■■■■ 42.3
Retrieved 100 of 10,096 protein–RNA pairs in 40 ms