Protein–RNA interactions for Protein: Q9UN37

VPS4A, Vacuolar protein sorting-associated protein 4A, humanhuman

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS4AQ9UN37 WIPF3-202ENST00000409123 3491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 CDC14A-202ENST00000361544 2417 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 ELAVL3-201ENST00000359227 4729 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC15.58■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 ING5-213ENST00000636051 4199 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 CCDC59-201ENST00000256151 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 CRK-202ENST00000398970 3675 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 SNAPC1-201ENST00000216294 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 AC092198.1-201ENST00000447651 2691 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 PPP1R26-206ENST00000605660 4502 ntAPPRIS P1 BASIC15.58■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 WDR1-202ENST00000382451 2722 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 SLC29A1-209ENST00000427851 2171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 PER1-201ENST00000317276 4707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 TCF25-201ENST00000263346 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 HMGA2-210ENST00000541363 8094 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 NSUN5-202ENST00000310326 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 ADAMTS13-201ENST00000355699 4442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 GRHPR-212ENST00000607784 1704 ntTSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 SUPT20HL2-201ENST00000486479 2409 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 ATP2A3-206ENST00000397043 3197 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 MBD1-210ENST00000457839 2473 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 AC067930.6-201ENST00000623257 4947 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 AC141586.1-201ENST00000399702 2748 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 SEMA4C-201ENST00000305476 3545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 CDC25C-207ENST00000513970 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 CAAP1-201ENST00000333916 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 IQCF5-AS1-201ENST00000440723 2000 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 ADAM22-204ENST00000398204 9334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 RNF157-202ENST00000319945 2937 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 CRYBA2-201ENST00000295728 893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 FNDC11-202ENST00000370098 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 VMA21-202ENST00000370361 693 ntTSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 TMEM205-202ENST00000447337 916 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 GAPDHP21-201ENST00000450301 1010 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 GSTK1-207ENST00000479303 1185 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 AC095060.1-201ENST00000502455 549 ntTSL 4 BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 EEF1AKMT3-204ENST00000551420 836 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 IGHV3OR16-6-201ENST00000568775 360 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 COX11-202ENST00000571584 1108 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 ZNF667-AS1-204ENST00000588158 921 ntTSL 3 BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 YTHDF3-AS1-201ENST00000603538 718 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 COLCA2-204ENST00000610738 975 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 HNRNPH1-250ENST00000630639 123 ntTSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 COLCA2-206ENST00000638573 1080 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 AC087645.4-201ENST00000638890 792 ntTSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 SIN3B-201ENST00000248054 5037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 ZHX1-201ENST00000297857 5200 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 ANXA4-202ENST00000409920 1414 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 CHRD-201ENST00000204604 3521 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 DPM2-201ENST00000314392 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 ABLIM2-201ENST00000341937 2589 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 PDE4C-207ENST00000594617 4655 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 RTN1-209ENST00000611068 2647 ntTSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 GLIPR2-205ENST00000619700 1645 ntTSL 3 BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 PRKD2-216ENST00000601806 2906 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 TULP2-201ENST00000221399 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 CKAP4-201ENST00000378026 3093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 FAM92B-201ENST00000539556 1898 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 RUSC1-203ENST00000368349 1968 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 MAPK13-203ENST00000373766 6196 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 OTUD3-201ENST00000375120 6397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 PSD4-201ENST00000245796 5188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 AJ239322.1-201ENST00000419362 2209 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 EPOP-201ENST00000621654 3719 ntAPPRIS P1 BASIC15.56■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 RUNDC3B-202ENST00000338056 4099 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 LRRFIP2-205ENST00000421276 2522 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 TGFBR2-202ENST00000359013 4605 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 CHD4-210ENST00000544040 6514 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 MIEF2-203ENST00000395704 2879 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 KLHDC8A-201ENST00000367155 2928 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 SLC4A2-214ENST00000485713 4925 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 CENPM-201ENST00000215980 966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 CD37-201ENST00000323906 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 STK40-202ENST00000373129 3846 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 TFAMP1-201ENST00000412727 736 ntBASIC15.56■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 AL671277.1-201ENST00000429656 993 ntBASIC15.56■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 GSAP-205ENST00000430584 600 ntTSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 LINC02242-201ENST00000507298 641 ntTSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 AZIN1-AS1-212ENST00000520538 476 ntTSL 3 BASIC15.56■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 BATF2-204ENST00000527716 1230 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 NR2C2AP-204ENST00000538165 891 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 AJ003147.2-201ENST00000576468 629 ntTSL 3 BASIC15.56■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 AC027307.3-201ENST00000594262 1100 ntBASIC15.56■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 LINC01128-210ENST00000609139 455 ntTSL 3 BASIC15.56■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 KCNH3-201ENST00000257981 3867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 TUBB3P1-201ENST00000405796 1332 ntBASIC15.56■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 BIRC7-201ENST00000217169 1368 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 PNCK-202ENST00000370142 1525 ntTSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 SLC25A36-203ENST00000446041 4638 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 HMBS-209ENST00000537841 1559 ntTSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 CCDC181-206ENST00000491570 1652 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 CNST-203ENST00000366513 5126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 PLEKHA2-208ENST00000616927 1748 ntTSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 AC005622.1-201ENST00000636801 1703 ntBASIC15.56■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 KAT7-213ENST00000510819 1769 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 DYNC1LI1-204ENST00000432458 1827 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 NUP58-201ENST00000381718 2489 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 KIFC3-206ENST00000541240 3047 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 SNX6-202ENST00000396526 3398 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 CASP2-201ENST00000310447 4225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 MYH14-204ENST00000440075 4247 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.2 ms