Protein–RNA interactions for Protein: Q96K76

USP47, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 47, humanhuman

Predictions only

Length 1,375 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP47Q96K76 APLP1-202ENST00000537454 2266 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
USP47Q96K76 PIMREG-201ENST00000250056 1473 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP47Q96K76 RAB35-201ENST00000229340 2945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP47Q96K76 AC097376.2-201ENST00000608661 2510 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP47Q96K76 FBLN1-202ENST00000327858 2896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP47Q96K76 PIP4K2A-206ENST00000545335 1436 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP47Q96K76 ALPPL2-201ENST00000295453 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP47Q96K76 ABCB7-201ENST00000253577 2377 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP47Q96K76 GOLM1-203ENST00000388712 3046 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP47Q96K76 PITPNC1-201ENST00000299954 6359 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP47Q96K76 MUTYH-211ENST00000456914 1692 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP47Q96K76 MTX3-201ENST00000509852 1655 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP47Q96K76 CNTNAP3-204ENST00000377656 4986 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP47Q96K76 AKR1B15-202ENST00000457545 1621 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP47Q96K76 LOX-206ENST00000639739 1626 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP47Q96K76 GK-202ENST00000378941 458 ntTSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP47Q96K76 FAM159B-201ENST00000389074 847 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP47Q96K76 EVA1A-203ENST00000410010 696 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP47Q96K76 AC138466.1-201ENST00000535242 391 ntTSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP47Q96K76 AL096870.1-201ENST00000555591 930 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP47Q96K76 AC007216.4-201ENST00000574364 562 ntTSL 4 BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP47Q96K76 AC011499.1-201ENST00000586012 581 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP47Q96K76 TMEM101-204ENST00000587529 965 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP47Q96K76 SLC22A6-203ENST00000421062 1560 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP47Q96K76 LINC00391-201ENST00000433569 1844 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP47Q96K76 ARHGEF7-214ENST00000478679 1833 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP47Q96K76 EIF4A1-201ENST00000293831 1756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP47Q96K76 MFF-202ENST00000337110 1760 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP47Q96K76 RABL2B-204ENST00000395593 2341 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP47Q96K76 NIPAL3-204ENST00000374399 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP47Q96K76 TK2-203ENST00000451102 3738 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP47Q96K76 NIPAL2-201ENST00000341166 4581 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP47Q96K76 ARL8B-201ENST00000256496 3005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP47Q96K76 SPATS1-201ENST00000288390 1354 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP47Q96K76 DNM2-203ENST00000389253 3581 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP47Q96K76 AC007326.5-201ENST00000640084 1382 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP47Q96K76 KEAP1-201ENST00000171111 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP47Q96K76 SYNM-204ENST00000594047 6407 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP47Q96K76 PGBD2-201ENST00000329291 2136 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP47Q96K76 PTPN5-201ENST00000358540 3135 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP47Q96K76 NLE1-202ENST00000442241 2588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP47Q96K76 C1orf210-201ENST00000423420 629 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP47Q96K76 RHOA-206ENST00000454011 889 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP47Q96K76 AC147067.1-201ENST00000466692 579 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP47Q96K76 AC093004.1-201ENST00000508850 424 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
USP47Q96K76 PIMREG-202ENST00000570337 891 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP47Q96K76 PIMREG-203ENST00000571373 1002 ntTSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP47Q96K76 HDDC2-203ENST00000608284 538 ntTSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP47Q96K76 IER3IP1-202ENST00000639845 832 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP47Q96K76 TUBA3E-201ENST00000312988 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP47Q96K76 AC092127.1-201ENST00000567093 3455 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
USP47Q96K76 ZNF213-206ENST00000574902 3208 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP47Q96K76 IFT140-201ENST00000361339 2987 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP47Q96K76 KCND3-202ENST00000315987 2716 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP47Q96K76 SLC35C2-202ENST00000317734 2175 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP47Q96K76 PCSK5-201ENST00000376752 5756 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP47Q96K76 LONRF3-203ENST00000422289 2898 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP47Q96K76 TDRD7-201ENST00000355295 3834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP47Q96K76 GLS2-201ENST00000311966 2623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP47Q96K76 STEAP3-202ENST00000393107 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP47Q96K76 KIAA1549-201ENST00000422774 6283 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP47Q96K76 AGK-211ENST00000629555 2765 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP47Q96K76 NFE2L3-201ENST00000056233 3686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP47Q96K76 ING4-202ENST00000396807 1393 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP47Q96K76 SLC7A15P-201ENST00000424028 1363 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
USP47Q96K76 ATRN-201ENST00000262919 8633 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP47Q96K76 TMC7-201ENST00000304381 3640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP47Q96K76 VPS26A-201ENST00000263559 2697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP47Q96K76 COL18A1-202ENST00000355480 5924 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP47Q96K76 CDPF1-204ENST00000404744 1541 ntTSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP47Q96K76 SLC22A6-204ENST00000458333 1521 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP47Q96K76 MMADHC-203ENST00000428879 1726 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP47Q96K76 CUTA-202ENST00000374496 762 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP47Q96K76 TMEM176B-202ENST00000429904 1206 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP47Q96K76 MEIS3P1-201ENST00000495167 958 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
USP47Q96K76 RPN1-207ENST00000497289 2137 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP47Q96K76 CHMP4A-204ENST00000530996 967 ntTSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP47Q96K76 FAM212B-207ENST00000534365 1217 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP47Q96K76 TPRX2P-201ENST00000535362 881 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
USP47Q96K76 TSG101-204ENST00000536719 2101 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP47Q96K76 WASH4P-201ENST00000564273 1246 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
USP47Q96K76 DUSP13-214ENST00000607131 1019 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP47Q96K76 RAP1GAP2-209ENST00000637138 3175 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP47Q96K76 AXIN2-202ENST00000375702 2541 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP47Q96K76 QKI-205ENST00000392127 7911 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP47Q96K76 TGFB1I1-203ENST00000394863 1898 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP47Q96K76 ZNF786-202ENST00000491431 2874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP47Q96K76 PRAL-201ENST00000624952 3286 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
USP47Q96K76 ATG10-202ENST00000355178 1438 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP47Q96K76 TEAD2-203ENST00000539846 1444 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP47Q96K76 HNRNPLL-212ENST00000608859 3035 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP47Q96K76 PDCD2-208ENST00000541970 3378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP47Q96K76 PTGES3L-AARSD1-201ENST00000360221 1790 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP47Q96K76 AL355493.2-201ENST00000568270 1395 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP47Q96K76 SURF4-208ENST00000613129 3148 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP47Q96K76 CDKN2AIP-203ENST00000504169 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP47Q96K76 AIFM3-203ENST00000405089 2333 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP47Q96K76 MSC-AS1-208ENST00000522519 1537 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
USP47Q96K76 IRS2-201ENST00000375856 8138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
USP47Q96K76 YTHDF2-209ENST00000542507 2825 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.2 ms