Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 KIAA1683-209ENST00000612316 2684 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 RIOX2-202ENST00000360258 2232 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 ETV5-206ENST00000434744 2213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 FAM46C-201ENST00000369448 5751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 PRR23C-201ENST00000413199 2791 ntAPPRIS P1 BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 IFT52-201ENST00000373030 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 PLA2G2D-202ENST00000617227 1856 ntTSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 SLC4A3-202ENST00000317151 4069 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 PVR-203ENST00000403059 3078 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.73■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 BHMG1-201ENST00000457052 2749 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 PDE1B-207ENST00000550620 2150 ntTSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 SLC26A11-203ENST00000546047 2807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 CPEB3-201ENST00000265997 4851 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 THAP10-201ENST00000249861 2399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 PMP22-209ENST00000612492 1822 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.73■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 AC011477.6-201ENST00000604980 1927 ntBASIC17.73■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 AC005885.1-204ENST00000637885 2885 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 MED16-201ENST00000269814 1199 ntTSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 LINC00265-3P-201ENST00000447588 903 ntBASIC17.73■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 LINC02237-202ENST00000521904 477 ntTSL 3 BASIC17.73■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 ZBED5-AS1-202ENST00000529014 771 ntTSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 H2AFJ-203ENST00000544848 644 ntAPPRIS P1 BASIC17.73■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 DUSP6-204ENST00000547291 1074 ntTSL 2 BASIC17.73■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 AL160237.2-201ENST00000556165 472 ntBASIC17.73■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 AL139288.1-201ENST00000623748 933 ntBASIC17.73■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 NOL4L-210ENST00000616976 1376 ntTSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 CYP4F3-203ENST00000586182 2338 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.73■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 CEP78-203ENST00000376598 2404 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 REEP4-202ENST00000334530 1476 ntTSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 AC007686.3-201ENST00000619017 3487 ntBASIC17.73■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 PHLDB1-223ENST00000600882 5479 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 RET-202ENST00000355710 5659 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 TMEM38A-201ENST00000187762 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 TMCO3-207ENST00000474393 2843 ntTSL 2 BASIC17.73■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 OPA1-204ENST00000361828 6381 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 DUSP13-210ENST00000491677 1770 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 PACSIN2-201ENST00000263246 3249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 TGM6-201ENST00000202625 2292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 C16orf58-211ENST00000570164 2783 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 MAP3K8-201ENST00000263056 3096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 MGAT1-202ENST00000333055 8863 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.73■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 RXRA-202ENST00000481739 1846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 TSNARE1-201ENST00000307180 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 PRR5-218ENST00000624862 1900 ntTSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 ORMDL3-204ENST00000579695 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 MED20-201ENST00000265350 2438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 SLC22A7-203ENST00000372589 2549 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 UBE2D1-204ENST00000615793 2621 ntTSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 ENDOV-204ENST00000518137 2815 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 ANKLE1-201ENST00000394458 3218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 TGIF2-202ENST00000373874 3432 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 PTPRA-201ENST00000216877 3725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 SDK1-210ENST00000615806 10258 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 LINC00552-201ENST00000625151 2579 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 AC232323.1-201ENST00000540724 2099 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 REXO1L5P-201ENST00000622260 2098 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 WDR53-201ENST00000332629 1679 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 C1orf43-202ENST00000362076 1551 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 CHMP5-201ENST00000223500 1477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 OGFOD2-224ENST00000545612 1465 ntTSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 STX10-201ENST00000242770 1099 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 DCTN3-201ENST00000259632 808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 SGF29-201ENST00000317058 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 DBNDD2-202ENST00000360981 1078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 BX276092.7-202ENST00000422194 696 ntTSL 3 BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 ENO1-AS1-201ENST00000442636 456 ntTSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 BET1L-206ENST00000486280 665 ntTSL 3 BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 MCCC2-205ENST00000509358 1214 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 NDUFB9-202ENST00000517367 636 ntTSL 3 BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 TMEM135-209ENST00000532959 1149 ntTSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 AC092338.2-202ENST00000567158 611 ntTSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 AC087289.1-201ENST00000586808 890 ntTSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 STX10-204ENST00000587230 1136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 AP000547.2-201ENST00000609641 661 ntTSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 WT1-AS_2.1-201ENST00000613208 137 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 BEAN1-211ENST00000622872 1171 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 AC244517.11-201ENST00000624192 573 ntTSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 CCNC-219ENST00000627680 896 ntTSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 AL513523.2-201ENST00000633218 660 ntTSL 3 BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 CCDC22-201ENST00000376227 2319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 SLCO2B1-205ENST00000525650 2121 ntTSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 CLPTM1L-216ENST00000630539 2032 ntTSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 GNAS-212ENST00000371098 1719 ntTSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 TMEM222-211ENST00000611517 1613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 UHRF1-204ENST00000616255 2661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 PALD1-201ENST00000263563 4555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 AMZ1-201ENST00000312371 5516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 AC112484.1-201ENST00000508239 2291 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 SLC18A2-201ENST00000298472 3852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 CNTNAP3P2-201ENST00000617175 3861 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 FKBP5-201ENST00000357266 3772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 TPGS2-201ENST00000334295 4030 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 KIAA1468-202ENST00000398130 6178 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 TMPRSS3-204ENST00000433957 2403 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 TTC29-208ENST00000513335 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 HAND2-AS1-202ENST00000502896 5278 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 ZNF18-201ENST00000322748 2767 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 PPL-205ENST00000590782 5845 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 RRP1B-201ENST00000340648 5090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 COCH-203ENST00000460581 2688 ntTSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.5 ms