Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 KCNJ12-201ENST00000331718 2198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
CUX1P39880 TJP3-205ENST00000587686 2946 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
CUX1P39880 MAPT-210ENST00000535772 5718 ntTSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.78
CUX1P39880 RGS5-214ENST00000429865 754 ntTSL 3 BASIC26.14■■□□□ 1.78
CUX1P39880 PTPA-217ENST00000434095 870 ntTSL 2 BASIC26.14■■□□□ 1.78
CUX1P39880 AC113383.1-201ENST00000514696 582 ntTSL 4 BASIC26.14■■□□□ 1.78
CUX1P39880 TXNDC17-202ENST00000570330 459 ntTSL 2 BASIC26.14■■□□□ 1.78
CUX1P39880 C17orf50-202ENST00000604830 477 ntTSL 3 BASIC26.14■■□□□ 1.78
CUX1P39880 AL645939.5-201ENST00000606834 243 ntBASIC26.14■■□□□ 1.78
CUX1P39880 LETM2-202ENST00000379957 1873 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.78
CUX1P39880 TSG101-204ENST00000536719 2101 ntTSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.78
CUX1P39880 SLC27A2-201ENST00000267842 2394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
CUX1P39880 KBTBD2-201ENST00000304056 3745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
CUX1P39880 OSGIN1-203ENST00000393306 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
CUX1P39880 ANKRD28-201ENST00000399451 6564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
CUX1P39880 B9D1-202ENST00000268841 755 ntTSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
CUX1P39880 PRPF31-201ENST00000321030 2126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
CUX1P39880 MCFD2-204ENST00000409207 1113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.14■■□□□ 1.77
CUX1P39880 SHANK2-204ENST00000409530 2123 ntTSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.77
CUX1P39880 AL162457.2-202ENST00000442888 679 ntTSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.77
CUX1P39880 CR769775.1-201ENST00000443347 931 ntTSL 3 BASIC26.14■■□□□ 1.77
CUX1P39880 AGTRAP-212ENST00000510878 849 ntTSL 3 BASIC26.14■■□□□ 1.77
CUX1P39880 AP000808.2-201ENST00000542410 569 ntTSL 4 BASIC26.14■■□□□ 1.77
CUX1P39880 AC110285.3-201ENST00000574472 665 ntTSL 3 BASIC26.14■■□□□ 1.77
CUX1P39880 RN7SL713P-201ENST00000582127 302 ntBASIC26.14■■□□□ 1.77
CUX1P39880 SLC35G4-201ENST00000588001 1017 ntAPPRIS P1 BASIC26.14■■□□□ 1.77
CUX1P39880 PIKFYVE-202ENST00000308862 1640 ntTSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
CUX1P39880 GNAI2-207ENST00000451956 1486 ntTSL 2 BASIC26.13■■□□□ 1.77
CUX1P39880 USB1-201ENST00000219281 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
CUX1P39880 BATF2-201ENST00000301887 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
CUX1P39880 PACS2-202ENST00000430725 2944 ntTSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
CUX1P39880 MRPS7-201ENST00000245539 1406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
CUX1P39880 PRPF39-201ENST00000355765 2868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
CUX1P39880 TPM1-206ENST00000358278 1717 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
CUX1P39880 TRNT1-201ENST00000251607 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
CUX1P39880 TMEM141-201ENST00000290079 768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
CUX1P39880 IGLC7-201ENST00000390331 441 ntAPPRIS P1 BASIC26.13■■□□□ 1.77
CUX1P39880 SMARCE1-204ENST00000400122 1263 ntTSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
CUX1P39880 AL354877.1-201ENST00000424412 413 ntBASIC26.13■■□□□ 1.77
CUX1P39880 HIST2H2BB-201ENST00000449108 381 ntBASIC26.13■■□□□ 1.77
CUX1P39880 AC092944.1-202ENST00000487238 483 ntTSL 4 BASIC26.13■■□□□ 1.77
CUX1P39880 NCK2-206ENST00000522586 490 ntTSL 5 BASIC26.13■■□□□ 1.77
CUX1P39880 NAALADL1-207ENST00000526799 959 ntTSL 5 BASIC26.13■■□□□ 1.77
CUX1P39880 MSRB3-209ENST00000540804 884 ntTSL 2 BASIC26.13■■□□□ 1.77
CUX1P39880 TMEM208-207ENST00000563953 887 ntTSL 2 BASIC26.13■■□□□ 1.77
CUX1P39880 SMARCE1-213ENST00000578044 1184 ntTSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
CUX1P39880 SMARCE1-216ENST00000580419 1228 ntTSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
CUX1P39880 PIGT-221ENST00000638594 1835 ntTSL 5 BASIC26.13■■□□□ 1.77
CUX1P39880 PARD3-210ENST00000374794 5669 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
CUX1P39880 KRTAP10-7-201ENST00000609664 1578 ntAPPRIS P1 BASIC26.13■■□□□ 1.77
CUX1P39880 LINC00847-201ENST00000501855 1871 ntTSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
CUX1P39880 RASL11B-201ENST00000248706 1995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
CUX1P39880 LINC00116-201ENST00000414416 2051 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
CUX1P39880 GNE-201ENST00000377902 2565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
CUX1P39880 UBTF-202ENST00000343638 4684 ntTSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
CUX1P39880 HNF1B-203ENST00000617272 1820 ntTSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
CUX1P39880 HS6ST2-201ENST00000370833 1938 ntTSL 5 BASIC26.12■■□□□ 1.77
CUX1P39880 NYX-201ENST00000342595 2713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
CUX1P39880 ASCC2-202ENST00000397771 2823 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.12■■□□□ 1.77
CUX1P39880 AKIP1-201ENST00000299576 1247 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
CUX1P39880 ANAPC11-202ENST00000357385 881 ntTSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
CUX1P39880 C1orf43-205ENST00000368519 1163 ntTSL 2 BASIC26.12■■□□□ 1.77
CUX1P39880 PFDN6-202ENST00000374607 598 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.12■■□□□ 1.77
CUX1P39880 PFDN6-203ENST00000374610 521 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.12■■□□□ 1.77
CUX1P39880 CD8A-204ENST00000409781 597 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.12■■□□□ 1.77
CUX1P39880 RPS2P36-201ENST00000456516 831 ntBASIC26.12■■□□□ 1.77
CUX1P39880 ZNF720-210ENST00000534369 791 ntTSL 3 BASIC26.12■■□□□ 1.77
CUX1P39880 C14orf132-202ENST00000553782 536 ntTSL 4 BASIC26.12■■□□□ 1.77
CUX1P39880 IGHV3OR16-8-201ENST00000565407 349 ntAPPRIS P1 BASIC26.12■■□□□ 1.77
CUX1P39880 KLK3-207ENST00000595952 969 ntTSL 3 BASIC26.12■■□□□ 1.77
CUX1P39880 LINC01668-201ENST00000635001 513 ntTSL 4 BASIC26.12■■□□□ 1.77
CUX1P39880 FAM32A-201ENST00000263384 1455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
CUX1P39880 ATG10-203ENST00000458350 1795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
CUX1P39880 RTN4-204ENST00000357732 2390 ntTSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
CUX1P39880 ZSCAN10-201ENST00000252463 2463 ntTSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
CUX1P39880 SMIM25-203ENST00000425497 2010 ntTSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
CUX1P39880 PRSS54-201ENST00000219301 1810 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.12■■□□□ 1.77
CUX1P39880 HNF1B-202ENST00000614313 1819 ntTSL 5 BASIC26.12■■□□□ 1.77
CUX1P39880 ZSCAN32-205ENST00000439568 1746 ntTSL 2 BASIC26.12■■□□□ 1.77
CUX1P39880 SNRNP27-202ENST00000409116 1339 ntTSL 5 BASIC26.11■■□□□ 1.77
CUX1P39880 AURKC-203ENST00000448930 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.11■■□□□ 1.77
CUX1P39880 AL109910.1-201ENST00000452071 1330 ntTSL 2 BASIC26.11■■□□□ 1.77
CUX1P39880 EIF3L-202ENST00000406934 2282 ntTSL 2 BASIC26.11■■□□□ 1.77
CUX1P39880 NUP62-211ENST00000597029 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
CUX1P39880 ARHGAP9-202ENST00000393797 2912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
CUX1P39880 ZGLP1-202ENST00000403903 2303 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
CUX1P39880 ASAH1-254ENST00000637636 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.11■■□□□ 1.77
CUX1P39880 RHCE-202ENST00000340849 1087 ntTSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
CUX1P39880 PPIE-203ENST00000372830 1198 ntTSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
CUX1P39880 VCX3B-201ENST00000381029 756 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.11■■□□□ 1.77
CUX1P39880 CRYBA2-202ENST00000392096 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
CUX1P39880 CRYAA-202ENST00000398132 826 ntTSL 2 BASIC26.11■■□□□ 1.77
CUX1P39880 ALG1L2-201ENST00000425059 969 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.11■■□□□ 1.77
CUX1P39880 RN7SL769P-201ENST00000469386 295 ntBASIC26.11■■□□□ 1.77
CUX1P39880 TMEM198B-204ENST00000484016 896 ntBASIC26.11■■□□□ 1.77
CUX1P39880 AL391280.1-201ENST00000506969 1062 ntBASIC26.11■■□□□ 1.77
CUX1P39880 AC010503.1-201ENST00000596027 520 ntTSL 5 BASIC26.11■■□□□ 1.77
CUX1P39880 FP236240.1-204ENST00000624932 712 ntTSL 2 BASIC26.11■■□□□ 1.77
CUX1P39880 GLOD4-202ENST00000301329 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
CUX1P39880 LETM1-201ENST00000302787 5462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.3 ms