Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBQ0

VPS29, Vacuolar protein sorting-associated protein 29, humanhuman

Predictions only

Length 182 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS29Q9UBQ0 EGFR-203ENST00000344576 2864 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
VPS29Q9UBQ0 RBCK1-201ENST00000353660 2511 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
VPS29Q9UBQ0 GCK-203ENST00000395796 2539 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
VPS29Q9UBQ0 NOTO-201ENST00000398468 2749 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
VPS29Q9UBQ0 AC073324.2-201ENST00000626532 2941 ntTSL 4 BASIC15.37■□□□□ 0.05
VPS29Q9UBQ0 SLC9A7P1-201ENST00000554295 3311 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
VPS29Q9UBQ0 MICALL1-201ENST00000215957 4710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
VPS29Q9UBQ0 SLC17A3-202ENST00000360657 1750 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
VPS29Q9UBQ0 BANP-201ENST00000286122 2368 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
VPS29Q9UBQ0 ARID4B-202ENST00000349213 5811 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
VPS29Q9UBQ0 AC009237.3-202ENST00000608013 3042 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
VPS29Q9UBQ0 AC073347.1-201ENST00000421633 2643 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
VPS29Q9UBQ0 TBC1D17-202ENST00000535102 2025 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
VPS29Q9UBQ0 KLHDC2-206ENST00000554589 1641 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
VPS29Q9UBQ0 AMT-233ENST00000636522 1620 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
VPS29Q9UBQ0 SPSB1-202ENST00000357898 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
VPS29Q9UBQ0 CHID1-215ENST00000528581 1431 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
VPS29Q9UBQ0 PER1-201ENST00000317276 4707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
VPS29Q9UBQ0 PITPNC1-203ENST00000580974 6182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
VPS29Q9UBQ0 SLC6A2-204ENST00000561820 2268 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
VPS29Q9UBQ0 PPP1R21-202ENST00000294952 3142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
VPS29Q9UBQ0 H2AFY-202ENST00000312469 1859 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
VPS29Q9UBQ0 MAPK7-201ENST00000299612 2715 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
VPS29Q9UBQ0 LGALS1-201ENST00000215909 560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
VPS29Q9UBQ0 AHCY-201ENST00000217426 2143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
VPS29Q9UBQ0 TMEM147-201ENST00000222284 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
VPS29Q9UBQ0 C11orf88-201ENST00000332814 795 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
VPS29Q9UBQ0 CCDC84-201ENST00000334418 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
VPS29Q9UBQ0 CD82-202ENST00000342935 967 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
VPS29Q9UBQ0 SMN1-201ENST00000351205 900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
VPS29Q9UBQ0 HRCT1-201ENST00000354323 950 ntAPPRIS P1 BASIC15.36■□□□□ 0.05
VPS29Q9UBQ0 SMN2-201ENST00000380741 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
VPS29Q9UBQ0 C2orf49-202ENST00000410049 854 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
VPS29Q9UBQ0 RPS8P6-201ENST00000426177 609 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
VPS29Q9UBQ0 GALNT9-208ENST00000541995 1001 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
VPS29Q9UBQ0 C17orf49-203ENST00000546760 764 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
VPS29Q9UBQ0 ARHGDIA-208ENST00000581876 709 ntTSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
VPS29Q9UBQ0 AC009630.3-201ENST00000581909 729 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
VPS29Q9UBQ0 AC107896.1-201ENST00000593212 548 ntTSL 4 BASIC15.36■□□□□ 0.05
VPS29Q9UBQ0 LILRA2-208ENST00000629481 661 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
VPS29Q9UBQ0 SMN2-216ENST00000638794 846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
VPS29Q9UBQ0 ELL2P1-201ENST00000413990 1906 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
VPS29Q9UBQ0 ULK4-203ENST00000420927 1904 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
VPS29Q9UBQ0 TSEN2-207ENST00000454502 1909 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
VPS29Q9UBQ0 IRF3-217ENST00000597198 1741 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
VPS29Q9UBQ0 AC063926.3-201ENST00000624734 5658 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
VPS29Q9UBQ0 TUBB-206ENST00000330914 2632 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
VPS29Q9UBQ0 GATA4-206ENST00000528712 2614 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
VPS29Q9UBQ0 CORO1A-208ENST00000565497 1348 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
VPS29Q9UBQ0 CACFD1-206ENST00000540581 2880 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
VPS29Q9UBQ0 MAGEA12-202ENST00000393869 1761 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
VPS29Q9UBQ0 PCDHA6-203ENST00000529310 5374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
VPS29Q9UBQ0 CERCAM-213ENST00000612334 1554 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
VPS29Q9UBQ0 CES1-202ENST00000361503 1835 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
VPS29Q9UBQ0 LFNG-204ENST00000402045 2058 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
VPS29Q9UBQ0 CCNA2-202ENST00000618014 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
VPS29Q9UBQ0 NRSN2-210ENST00000621012 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS29Q9UBQ0 PRDM1-203ENST00000369096 5164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS29Q9UBQ0 FAM192A-201ENST00000309137 2848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS29Q9UBQ0 SERTAD1-201ENST00000357949 2114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS29Q9UBQ0 CBLC-202ENST00000341505 1441 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS29Q9UBQ0 COQ10A-202ENST00000433805 1410 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS29Q9UBQ0 AC010619.2-201ENST00000595815 1421 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS29Q9UBQ0 FYCO1-205ENST00000535325 8578 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS29Q9UBQ0 LONRF1-201ENST00000398246 3594 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS29Q9UBQ0 SLC34A1-204ENST00000512593 1912 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS29Q9UBQ0 TANK-202ENST00000392749 2171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS29Q9UBQ0 REXO1L1P-202ENST00000608646 1974 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS29Q9UBQ0 GPR61-206ENST00000616874 2459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS29Q9UBQ0 PHTF1-201ENST00000357783 2747 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS29Q9UBQ0 STAT1-202ENST00000392322 2716 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS29Q9UBQ0 MYEF2-201ENST00000267836 2958 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS29Q9UBQ0 PPM1E-201ENST00000308249 6542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS29Q9UBQ0 GNE-202ENST00000396594 5298 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS29Q9UBQ0 LINC00554-201ENST00000564841 3011 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS29Q9UBQ0 SSR4P1-203ENST00000599569 2260 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS29Q9UBQ0 C9orf78-201ENST00000372447 1795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS29Q9UBQ0 HMBOX1-212ENST00000558662 1765 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS29Q9UBQ0 DKKL1-201ENST00000221498 1222 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS29Q9UBQ0 PRSS55-201ENST00000328655 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS29Q9UBQ0 MSRB1-202ENST00000399753 847 ntTSL 3 BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS29Q9UBQ0 FAM41C-202ENST00000432963 504 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS29Q9UBQ0 AL669831.5-201ENST00000434264 844 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS29Q9UBQ0 CEND1P1-201ENST00000451006 455 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS29Q9UBQ0 AL139010.1-201ENST00000454878 894 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS29Q9UBQ0 ALG1L5P-201ENST00000482043 771 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS29Q9UBQ0 MRPL20-203ENST00000482352 1049 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS29Q9UBQ0 AC069335.1-201ENST00000489972 472 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS29Q9UBQ0 AGGF1-204ENST00000506806 1142 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS29Q9UBQ0 FAM153C-206ENST00000507848 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS29Q9UBQ0 AC005829.1-201ENST00000570002 483 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS29Q9UBQ0 TNFRSF13B-203ENST00000579315 600 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS29Q9UBQ0 ZPBP2-204ENST00000584588 1277 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS29Q9UBQ0 KF456478.1-201ENST00000585980 472 ntTSL 3 BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS29Q9UBQ0 AL671883.3-201ENST00000603274 991 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS29Q9UBQ0 GAK-222ENST00000618573 1248 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS29Q9UBQ0 NFATC1-207ENST00000545796 3558 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS29Q9UBQ0 KIAA1755-206ENST00000496900 2557 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS29Q9UBQ0 IQCE-204ENST00000404984 2086 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS29Q9UBQ0 ADAMTS13-201ENST00000355699 4442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.6 ms