Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 ZNF800-201ENST00000265827 4203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 SESN1-202ENST00000356644 2676 ntTSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 PDHX-203ENST00000448838 2653 ntTSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 LINC00667-206ENST00000582363 2935 ntTSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 CCZ1-207ENST00000628813 2218 ntTSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 C9orf139-202ENST00000623196 4990 ntTSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 LATS2-201ENST00000382592 5511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 ICAM3-201ENST00000160262 1934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 CNN3-207ENST00000545882 1902 ntTSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 MBD1-224ENST00000591416 4905 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 BUD13-202ENST00000375445 1793 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 ZNF586-203ENST00000396154 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 PRKRIP1-201ENST00000397912 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 AC136759.1-203ENST00000527477 2196 ntTSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 ITSN1-205ENST00000381291 5437 ntTSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 CPEB2-AS1-201ENST00000500394 1630 ntTSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 SIN3B-202ENST00000379803 5129 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 KLF4-201ENST00000374672 2813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 NEIL2-201ENST00000284503 2671 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 MZF1-201ENST00000215057 2905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 FAM163A-201ENST00000341785 2909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 RGS3-201ENST00000317613 2542 ntTSL 2 BASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 FECH-202ENST00000382873 2526 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 ATG2A-201ENST00000377264 6357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 SLC47A1-203ENST00000436810 1719 ntTSL 2 BASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 RHCE-201ENST00000294413 1591 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 SLC35C2-204ENST00000372230 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 HGNC:18790-202ENST00000421177 4172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 CAP2-202ENST00000378990 1812 ntTSL 2 BASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 PPP1R16A-201ENST00000292539 2722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 UNC13B-201ENST00000378495 6303 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 FRA10AC1-201ENST00000359204 3089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 AP000704.1-201ENST00000637940 2182 ntTSL 5 BASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 KCNC3-202ENST00000474951 3347 ntTSL 2 BASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 NFIB-201ENST00000380921 1274 ntTSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 PQLC3-202ENST00000402361 696 ntTSL 2 BASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 SLC25A6P2-201ENST00000497974 877 ntBASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 EEF1E1-205ENST00000507463 654 ntTSL 2 BASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 AC107918.2-201ENST00000530817 355 ntBASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 ZNF549-203ENST00000594943 556 ntTSL 4 BASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 LINC01711-201ENST00000598340 967 ntBASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 AC087645.4-201ENST00000638890 792 ntTSL 5 BASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 HPCAL1-208ENST00000622018 1535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 AP1M2-207ENST00000590923 1757 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 API5-202ENST00000420461 2009 ntTSL 2 BASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 LINC00996-201ENST00000477392 2043 ntTSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 ARHGAP11B-210ENST00000622744 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 AL928654.2-201ENST00000551271 2279 ntTSL 3 BASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 UCKL1-AS1-201ENST00000623569 3602 ntBASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 IRF4-201ENST00000380956 5331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 BRF1-203ENST00000379937 3314 ntTSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 RAC2-201ENST00000249071 1482 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 NTNG1-202ENST00000370065 1485 ntTSL 5 BASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 PDE7A-203ENST00000401827 3673 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 MKS1-204ENST00000537529 2083 ntTSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 SRRD-201ENST00000215917 4020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 PAX8-AS1-204ENST00000436293 2687 ntTSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 PDPK1-201ENST00000268673 4728 ntTSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 TBRG4-215ENST00000494076 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 ADAMTS15-201ENST00000299164 5673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 KIF17-201ENST00000247986 3969 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 TPD52L2-202ENST00000346249 2297 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 CCHCR1-201ENST00000376266 2625 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 HEMK1-201ENST00000232854 6087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 CBLC-202ENST00000341505 1441 ntTSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 PPP1R18-206ENST00000615892 1448 ntTSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 CDS2-203ENST00000460006 9298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 AC016757.1-205ENST00000470346 1888 ntTSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 PLPP3-201ENST00000371250 3292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 KATNA1-203ENST00000367411 1984 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 CNPY2-201ENST00000273308 1214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 TBC1D7-202ENST00000356436 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 CGB7-201ENST00000377280 918 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 TBC1D7-204ENST00000379300 1276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 ABHD11-203ENST00000395147 812 ntTSL 3 BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 CLDN14-205ENST00000399139 1231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 HAUS4P1-201ENST00000406739 1145 ntBASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 FOXD3-AS1-201ENST00000418244 941 ntTSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 RPL13P5-203ENST00000421824 845 ntTSL 3 BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 FAAHP1-202ENST00000446499 1238 ntBASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 MTHFSD-203ENST00000543303 1207 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 AC074051.2-201ENST00000565115 352 ntBASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 MIR5100-201ENST00000579544 119 ntBASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 AC012366.1-201ENST00000615411 473 ntTSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 TP53I11-223ENST00000627720 195 ntTSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 MTHFSD-220ENST00000634347 1207 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 GPR17-201ENST00000272644 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 RECQL5-202ENST00000340830 1749 ntTSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 PI4KAP1-204ENST00000612579 1703 ntBASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 SLC44A2-201ENST00000335757 3671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 FAM149A-202ENST00000356371 2997 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 CORO6-201ENST00000345068 2603 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 CHTF18-205ENST00000455171 3172 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 TIFA-201ENST00000361717 4157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 STK40-202ENST00000373129 3846 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 MLPH-203ENST00000409373 2031 ntTSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 STRA6-218ENST00000574278 2455 ntTSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 ACIN1-203ENST00000357481 2563 ntTSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 PGBD2-201ENST00000329291 2136 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC112Q8NEF3 CAMKK2-201ENST00000324774 5598 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.1 ms