Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 DRG1-201ENST00000331457 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 AC067930.6-201ENST00000623257 4947 ntBASIC15.65■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 ESR2-205ENST00000358599 1899 ntTSL 2 BASIC15.65■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 FAM208A-201ENST00000355628 5239 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 KLK8-211ENST00000600767 1324 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.65■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 QPCTL-201ENST00000012049 2310 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.65■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 PHF1-202ENST00000374516 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 AC105760.2-201ENST00000418430 2341 ntTSL 2 BASIC15.65■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 EIF4G1-216ENST00000427845 5038 ntTSL 5 BASIC15.65■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 LINC00323-202ENST00000441268 2095 ntTSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 AIFM1-202ENST00000319908 2248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 TBRG4-203ENST00000395655 2225 ntTSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 ELAC2-203ENST00000426905 2671 ntTSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 RAN-212ENST00000543796 2661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 ACOT9-201ENST00000336430 1675 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 NFIX-210ENST00000588228 1692 ntTSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 ITPRIPL2-201ENST00000381440 7247 ntAPPRIS P1 BASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 C18orf25-203ENST00000615052 5462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 LATS2-201ENST00000382592 5511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 ZDHHC12-201ENST00000372663 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 SPAG6-202ENST00000376603 2770 ntTSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 OSBPL1A-203ENST00000399441 1887 ntTSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 AL512384.1-201ENST00000406683 331 ntBASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 ARL6IP4-207ENST00000426960 910 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 OSGIN2-202ENST00000451899 4266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 TPRX2P-201ENST00000535362 881 ntBASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 NFATC3-222ENST00000575270 3824 ntTSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 AC008770.3-202ENST00000591944 567 ntTSL 4 BASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 5S_rRNA.22-201ENST00000614916 106 ntBASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 PHOSPHO2-207ENST00000616524 1253 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 AC126755.1-201ENST00000525846 6405 ntBASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 ING5-213ENST00000636051 4199 ntTSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 MYCL-203ENST00000397332 3256 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 APOPT1-201ENST00000409074 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 KRT86-201ENST00000293525 2091 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 TUBG2-201ENST00000251412 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 MTHFD1L-211ENST00000611279 3475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 RHOF-201ENST00000267205 3009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 KCNG3-201ENST00000306078 3824 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 MUL1-201ENST00000264198 2438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 EPB41-205ENST00000373797 2402 ntTSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 DOK5-201ENST00000262593 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 FAM174B-201ENST00000327355 2792 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 FAM120AOS-201ENST00000375412 2771 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 DYNC1LI1-204ENST00000432458 1827 ntTSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 CD1E-213ENST00000444681 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 PMS1-206ENST00000418224 3018 ntTSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 RARA-206ENST00000425707 3041 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 FLAD1-203ENST00000315144 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 SAMM50-201ENST00000350028 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 MEF2A-204ENST00000557785 2854 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 UBL7-209ENST00000567435 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 MAEA-202ENST00000303400 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 ZNF84-202ENST00000392319 7020 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 EIF4G1-209ENST00000414031 5569 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 AC004835.1-201ENST00000428222 2907 ntTSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 ALOX12P2-203ENST00000570921 1945 ntBASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 CFAP43-203ENST00000369719 1434 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 TUBB8-201ENST00000561967 1413 ntTSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 SEPT9-202ENST00000423034 3984 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 PQLC2L-201ENST00000312275 1201 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 LRRC28-202ENST00000331450 752 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 SLC18B1-202ENST00000367918 472 ntTSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 RNF186-201ENST00000375121 1250 ntAPPRIS P1 BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 AQP7-204ENST00000379506 1062 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 RAB34-206ENST00000415040 1293 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 CC2D2B-203ENST00000423344 1241 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 DICER1-AS1-202ENST00000439819 810 ntTSL 3 BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 AC068228.2-201ENST00000522383 777 ntTSL 3 BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 AL096870.1-201ENST00000555591 930 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 AP001033.1-201ENST00000584509 466 ntTSL 3 BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 TMEM205-208ENST00000587948 688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 TRAPPC6A-204ENST00000588062 695 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 TMEM205-211ENST00000589555 788 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 MIR6752-201ENST00000618442 71 ntBASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 SIRT6-202ENST00000337491 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 MEPCE-201ENST00000310512 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 IL3RA-202ENST00000381469 1476 ntTSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 FAM49B-223ENST00000522746 2196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 SLC6A8-204ENST00000430077 1892 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 GLOD4-202ENST00000301329 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 NUP50-203ENST00000407019 2059 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 MARCKS-201ENST00000612661 4275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 RNASEH2B-202ENST00000422660 4830 ntTSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 SIN3B-201ENST00000248054 5037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 NOL4L-210ENST00000616976 1376 ntTSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 NDRG1-202ENST00000414097 3755 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 BAIAP2-205ENST00000435091 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 PITPNA-202ENST00000539476 3612 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 SART1-201ENST00000312397 3293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 FOXRED2-204ENST00000397224 4967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 C16orf71-201ENST00000299320 2722 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 PSEN2-211ENST00000626989 1972 ntTSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 TADA1-201ENST00000367874 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 HDAC5-202ENST00000336057 5040 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 SLC52A1-201ENST00000254853 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 RCAN3-210ENST00000618490 2386 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 PER2-201ENST00000254657 6385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 CUL3-202ENST00000344951 6592 ntTSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC3Q9BQI4 TBC1D10A-203ENST00000403362 1833 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.7 ms