Protein–RNA interactions for Protein: Q9NUW8

TDP1, Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1, humanhuman

Predictions only

Length 608 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TDP1Q9NUW8 KPNA2-202ENST00000537025 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
TDP1Q9NUW8 CLDN19-202ENST00000372539 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
TDP1Q9NUW8 SLC25A48-203ENST00000425402 2062 ntTSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
TDP1Q9NUW8 RHNO1-209ENST00000618250 2070 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC16.47■□□□□ 0.23
TDP1Q9NUW8 NIM1K-201ENST00000326035 2313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
TDP1Q9NUW8 ACOXL-201ENST00000340561 2188 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
TDP1Q9NUW8 IDH3G-203ENST00000370093 1662 ntTSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
TDP1Q9NUW8 RFC5-204ENST00000454402 1655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
TDP1Q9NUW8 LINC00221-201ENST00000603633 1656 ntTSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
TDP1Q9NUW8 AL035685.1-202ENST00000637341 1688 ntTSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
TDP1Q9NUW8 TEAD2-203ENST00000539846 1444 ntTSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
TDP1Q9NUW8 SIPA1-209ENST00000534313 3521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
TDP1Q9NUW8 WIPF1-201ENST00000272746 3028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
TDP1Q9NUW8 KCNQ2-207ENST00000370224 3004 ntTSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
TDP1Q9NUW8 SPECC1-203ENST00000395525 2536 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
TDP1Q9NUW8 TMEM130-202ENST00000345589 2261 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
TDP1Q9NUW8 TBP-207ENST00000616883 1750 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
TDP1Q9NUW8 APBB1-202ENST00000311051 2619 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
TDP1Q9NUW8 U73166.1-201ENST00000439898 2625 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
TDP1Q9NUW8 AIFM3-202ENST00000399167 2387 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
TDP1Q9NUW8 AIFM3-207ENST00000440238 2368 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
TDP1Q9NUW8 CLIC6-201ENST00000349499 3806 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
TDP1Q9NUW8 MRPL55-215ENST00000366742 630 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
TDP1Q9NUW8 EEF1B2-202ENST00000392221 880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
TDP1Q9NUW8 AGGF1P2-201ENST00000426656 2106 ntBASIC16.47■□□□□ 0.23
TDP1Q9NUW8 AL845321.1-202ENST00000432011 786 ntTSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
TDP1Q9NUW8 AL669970.3-201ENST00000435284 428 ntTSL 3 BASIC16.47■□□□□ 0.23
TDP1Q9NUW8 NME4-207ENST00000450036 985 ntTSL 3 BASIC16.47■□□□□ 0.23
TDP1Q9NUW8 AC026774.1-201ENST00000503652 691 ntTSL 3 BASIC16.47■□□□□ 0.23
TDP1Q9NUW8 AC008758.5-201ENST00000595562 617 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.47■□□□□ 0.23
TDP1Q9NUW8 IL32-235ENST00000613483 1033 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
TDP1Q9NUW8 MIR6805-201ENST00000615055 62 ntBASIC16.47■□□□□ 0.23
TDP1Q9NUW8 NDUFS7-219ENST00000620479 754 ntTSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
TDP1Q9NUW8 SNX9-201ENST00000392185 4198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
TDP1Q9NUW8 OSBPL1A-203ENST00000399441 1887 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
TDP1Q9NUW8 LINC00847-201ENST00000501855 1871 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
TDP1Q9NUW8 SH2D3C-213ENST00000629203 2478 ntTSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
TDP1Q9NUW8 MIR155HG-201ENST00000456917 1600 ntTSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
TDP1Q9NUW8 FP565260.3-204ENST00000623795 2238 ntTSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
TDP1Q9NUW8 THSD1-202ENST00000349258 3189 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
TDP1Q9NUW8 RWDD4-202ENST00000327570 2590 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC16.47■□□□□ 0.23
TDP1Q9NUW8 SLC22A16-202ENST00000368919 1987 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
TDP1Q9NUW8 AC011676.5-201ENST00000624864 2660 ntBASIC16.47■□□□□ 0.23
TDP1Q9NUW8 KRT86-201ENST00000293525 2091 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
TDP1Q9NUW8 EPN2-201ENST00000314728 4871 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
TDP1Q9NUW8 SLC29A1-203ENST00000371724 2275 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
TDP1Q9NUW8 CNTNAP3-205ENST00000377659 2649 ntTSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
TDP1Q9NUW8 ARHGAP27-214ENST00000532891 2604 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
TDP1Q9NUW8 IFNGR1-201ENST00000367739 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
TDP1Q9NUW8 UBA6-AS1-201ENST00000498917 1445 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
TDP1Q9NUW8 RAN-212ENST00000543796 2661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
TDP1Q9NUW8 CMTM3-202ENST00000424011 2330 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
TDP1Q9NUW8 PTP4A3-201ENST00000329397 2785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
TDP1Q9NUW8 CD81-201ENST00000263645 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
TDP1Q9NUW8 TLE2-202ENST00000426948 2406 ntTSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
TDP1Q9NUW8 CCDC110-201ENST00000307588 2898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
TDP1Q9NUW8 ADGRG2-209ENST00000379876 4779 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
TDP1Q9NUW8 AMIGO2-202ENST00000429635 3058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
TDP1Q9NUW8 CYP46A1-201ENST00000261835 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
TDP1Q9NUW8 CHUK-201ENST00000370397 3625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
TDP1Q9NUW8 OCLN-202ENST00000396442 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
TDP1Q9NUW8 BX276092.9-202ENST00000636096 1722 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
TDP1Q9NUW8 TRMT1-203ENST00000437766 2263 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
TDP1Q9NUW8 BUD31-201ENST00000222969 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
TDP1Q9NUW8 RABL2A-203ENST00000393166 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
TDP1Q9NUW8 TEN1-201ENST00000397640 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
TDP1Q9NUW8 TMEM14DP-201ENST00000422205 345 ntBASIC16.46■□□□□ 0.23
TDP1Q9NUW8 AL442647.2-201ENST00000429864 857 ntBASIC16.46■□□□□ 0.23
TDP1Q9NUW8 AL031283.3-201ENST00000439788 727 ntTSL 3 BASIC16.46■□□□□ 0.23
TDP1Q9NUW8 USP40-206ENST00000443711 628 ntTSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
TDP1Q9NUW8 METTL21A-209ENST00000448823 869 ntTSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
TDP1Q9NUW8 TMEM44-AS1-203ENST00000453671 1119 ntTSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
TDP1Q9NUW8 AC008750.2-202ENST00000532688 729 ntTSL 3 BASIC16.46■□□□□ 0.23
TDP1Q9NUW8 PAM16-204ENST00000571941 674 ntTSL 3 BASIC16.46■□□□□ 0.23
TDP1Q9NUW8 C17orf62-239ENST00000585080 741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
TDP1Q9NUW8 RPP40-207ENST00000618533 1056 ntTSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
TDP1Q9NUW8 AL160035.1-201ENST00000637583 576 ntTSL 4 BASIC16.46■□□□□ 0.23
TDP1Q9NUW8 NUP153-202ENST00000537253 6030 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
TDP1Q9NUW8 WNT2-201ENST00000265441 2907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
TDP1Q9NUW8 MAGEA2-207ENST00000620710 1947 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
TDP1Q9NUW8 SYT6-205ENST00000609117 4424 ntTSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
TDP1Q9NUW8 ZNF503-201ENST00000372524 3347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
TDP1Q9NUW8 ADAM22-202ENST00000398201 2784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
TDP1Q9NUW8 CDH24-204ENST00000487137 3438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
TDP1Q9NUW8 ANTXRL-205ENST00000620264 2206 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
TDP1Q9NUW8 PAK4-203ENST00000360442 2855 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
TDP1Q9NUW8 NOS3-210ENST00000484524 2537 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.22
TDP1Q9NUW8 SLC43A3-203ENST00000395124 2617 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.22
TDP1Q9NUW8 REXO1L1P-202ENST00000608646 1974 ntBASIC16.46■□□□□ 0.22
TDP1Q9NUW8 NSFL1C-206ENST00000476071 2800 ntTSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.22
TDP1Q9NUW8 ZNF710-201ENST00000268154 4617 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.22
TDP1Q9NUW8 C5orf30-201ENST00000319933 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
TDP1Q9NUW8 BCS1L-205ENST00000412366 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
TDP1Q9NUW8 TMEM220-202ENST00000455996 1402 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
TDP1Q9NUW8 PPP1R27-202ENST00000570394 1443 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
TDP1Q9NUW8 WT1-203ENST00000379079 2466 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
TDP1Q9NUW8 HNF1B-201ENST00000613727 1546 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
TDP1Q9NUW8 RUNX2-201ENST00000359524 5390 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
TDP1Q9NUW8 USP13-201ENST00000263966 8323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
TDP1Q9NUW8 ISCA1-201ENST00000311534 813 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 55.9 ms