Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 VMO1-203ENST00000416307 712 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 AL162431.1-201ENST00000434447 543 ntTSL 3 BASIC16.36■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 AC022494.1-201ENST00000466044 728 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 AC091133.3-201ENST00000504865 432 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 AP001995.1-201ENST00000531784 1157 ntTSL 4 BASIC16.36■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 RAB35-202ENST00000534951 939 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 AC008969.1-205ENST00000553254 876 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 AP001033.1-201ENST00000584509 466 ntTSL 3 BASIC16.36■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 AC005253.2-201ENST00000593791 432 ntTSL 3 BASIC16.36■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 HOTAIRM1_1.1-201ENST00000622675 125 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 AL033527.5-202ENST00000641632 1098 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 CCDC130-204ENST00000586600 1922 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 NCALD-217ENST00000521599 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 GNAQ-201ENST00000286548 6539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 HOXB6-203ENST00000484302 1960 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 LINC01301-205ENST00000531654 1347 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 MPP1-202ENST00000369534 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 AC010478.1-202ENST00000559112 2367 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 RNF34-202ENST00000392464 1722 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 LIMS2-217ENST00000545738 1730 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 GMPR2-217ENST00000559104 1719 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 IRF3-217ENST00000597198 1741 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 AL132857.2-201ENST00000634305 1737 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 PDE4C-201ENST00000262805 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 ADGRA1-203ENST00000607359 6004 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 SLC3A2-203ENST00000377890 2161 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 ALOX15B-205ENST00000573359 1809 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 GPS1-226ENST00000623691 1839 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 HDHD3-202ENST00000374180 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 PPP1R16B-201ENST00000299824 6251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 SQLE-201ENST00000265896 2961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 MCM7-203ENST00000354230 2975 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 AP000347.2-202ENST00000421064 3041 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 PTPN20-203ENST00000374342 1929 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 ALDH3A1-212ENST00000494157 1572 ntTSL 3 BASIC16.35■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 TTC24-202ENST00000368237 1969 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 RDH13-202ENST00000396247 1987 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 DNAJA3-201ENST00000262375 2763 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 ADRB1-201ENST00000369295 2853 ntAPPRIS P1 BASIC16.35■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 ZNF703-201ENST00000331569 3349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 DKKL1-201ENST00000221498 1222 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 ACRV1-201ENST00000315608 1042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 AGER-204ENST00000375067 1250 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 PIR-201ENST00000380420 1282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 C2orf76-202ENST00000409466 1150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 MIR1909-201ENST00000411312 80 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 AL513303.2-201ENST00000413339 536 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 COPS6-202ENST00000418625 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 SLFNL1-205ENST00000439569 2117 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 REPIN1-203ENST00000444957 2969 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 HOXB3-204ENST00000465120 943 ntTSL 3 BASIC16.35■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 HSPB7-207ENST00000487046 844 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 FAU-205ENST00000527548 538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 NEU3-203ENST00000529024 581 ntTSL 3 BASIC16.35■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 TPRX2P-201ENST00000535362 881 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 LINC02298-201ENST00000546968 965 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 SRD5A3P1-201ENST00000603021 949 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 MALAT1-211ENST00000617791 394 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 PRF1-203ENST00000638674 1080 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 PC-204ENST00000524491 1714 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 LITAF-209ENST00000571688 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 IFT140-203ENST00000426508 5270 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 AL121758.1-201ENST00000488788 2714 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 JMJD1C-202ENST00000399262 8666 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 KRT8P12-202ENST00000472924 1397 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 TNKS1BP1-207ENST00000532437 5952 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 LIMS2-208ENST00000410011 2335 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 MPL-202ENST00000413998 1887 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 DARS-201ENST00000264161 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 PSMC3IP-202ENST00000393795 1416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 LINC00221-202ENST00000619530 1499 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 SUFU-202ENST00000369902 5001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 PGAP3-211ENST00000619169 2094 ntTSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 STAC3-206ENST00000554578 1580 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 HDAC8-206ENST00000373571 2133 ntTSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 ARID5A-201ENST00000357485 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 IGSF8-205ENST00000614243 2191 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 COL2A1-202ENST00000380518 5071 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 ATRNL1-201ENST00000355044 8479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 SYT3-202ENST00000593901 2836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 MEG3-206ENST00000423456 1771 ntTSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 CHAD-203ENST00000508540 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 GLUD1-201ENST00000277865 3039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 FGFR2-215ENST00000457416 3061 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 TBX4-201ENST00000240335 2470 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 MAP4K3-201ENST00000263881 4362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 SLC2A10-201ENST00000359271 4389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 GPR148-201ENST00000309926 1267 ntAPPRIS P1 BASIC16.34■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 TMEM52-201ENST00000310991 929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 CTHRC1-201ENST00000330295 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 PDSS2-201ENST00000369031 1236 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 MIR658-201ENST00000385210 100 ntBASIC16.34■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 PGF-202ENST00000405431 666 ntTSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 ZFAND2B-203ENST00000409206 1159 ntTSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 AC112492.5-201ENST00000421897 457 ntBASIC16.34■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 ZFAND2B-212ENST00000444522 1199 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 MYCLP2-201ENST00000449268 967 ntBASIC16.34■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 C3orf67-212ENST00000491845 832 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 SCN4B-204ENST00000529878 566 ntTSL 4 BASIC16.34■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 AL928654.4-206ENST00000551180 980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.2 ms