Protein–RNA interactions for Protein: Q3L8U1

CHD9, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 9, humanhuman

Predictions only

Length 2,897 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD9Q3L8U1 CD1E-213ENST00000444681 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CHD9Q3L8U1 TSPEAR-202ENST00000397916 2114 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CHD9Q3L8U1 C19orf25-207ENST00000588871 2128 ntTSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
CHD9Q3L8U1 ZNF22-201ENST00000298299 2551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CHD9Q3L8U1 PHF1-202ENST00000374516 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CHD9Q3L8U1 SEPT5-204ENST00000406395 1974 ntTSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
CHD9Q3L8U1 GLMP-201ENST00000362007 1604 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CHD9Q3L8U1 BST2-201ENST00000252593 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CHD9Q3L8U1 GEMIN7-202ENST00000391951 716 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
CHD9Q3L8U1 AC073316.1-202ENST00000402115 988 ntTSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
CHD9Q3L8U1 AL590617.2-201ENST00000432673 917 ntTSL 3 BASIC16.69■□□□□ 0.26
CHD9Q3L8U1 AC018680.1-202ENST00000500324 525 ntTSL 3 BASIC16.69■□□□□ 0.26
CHD9Q3L8U1 AC008443.1-201ENST00000511331 1000 ntTSL 3 BASIC16.69■□□□□ 0.26
CHD9Q3L8U1 NAT9-212ENST00000581136 1011 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
CHD9Q3L8U1 NEAT1-203ENST00000601801 487 ntTSL 4 BASIC16.69■□□□□ 0.26
CHD9Q3L8U1 RAC2-201ENST00000249071 1482 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CHD9Q3L8U1 HCRTR1-203ENST00000403528 2003 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
CHD9Q3L8U1 DCST1-202ENST00000368419 2207 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CHD9Q3L8U1 TLE6-202ENST00000452088 1883 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CHD9Q3L8U1 PPP2R2B-203ENST00000394411 2071 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
CHD9Q3L8U1 LITAF-202ENST00000381810 1527 ntTSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
CHD9Q3L8U1 FAM213B-201ENST00000378424 2765 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
CHD9Q3L8U1 KRTAP21-2-201ENST00000333892 440 ntAPPRIS P1 BASIC16.68■□□□□ 0.26
CHD9Q3L8U1 LINC01006-204ENST00000435354 545 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
CHD9Q3L8U1 PRSS30P-202ENST00000475030 752 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
CHD9Q3L8U1 PGRMC2-206ENST00000512483 1144 ntTSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
CHD9Q3L8U1 AP002490.2-201ENST00000524791 560 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
CHD9Q3L8U1 RN7SL48P-201ENST00000579283 293 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
CHD9Q3L8U1 RNPS1-223ENST00000568631 1792 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
CHD9Q3L8U1 ZNF454-202ENST00000519564 2142 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
CHD9Q3L8U1 RBCK1-203ENST00000382181 2208 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
CHD9Q3L8U1 ETNK2-203ENST00000367202 2434 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
CHD9Q3L8U1 RAB4B-EGLN2-201ENST00000594136 2554 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
CHD9Q3L8U1 TDP2-202ENST00000378198 2071 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
CHD9Q3L8U1 BCL2L13-206ENST00000399782 1381 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
CHD9Q3L8U1 IP6K2-205ENST00000413298 792 ntTSL 3 BASIC16.68■□□□□ 0.26
CHD9Q3L8U1 AC114501.1-201ENST00000445949 172 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
CHD9Q3L8U1 PKD2-202ENST00000502363 1222 ntTSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
CHD9Q3L8U1 AC022748.3-201ENST00000621828 275 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
CHD9Q3L8U1 NMD3-202ENST00000460469 3061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
CHD9Q3L8U1 SSBP3-205ENST00000417664 1666 ntTSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
CHD9Q3L8U1 FMNL1-201ENST00000328118 2330 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
CHD9Q3L8U1 WNT5B-202ENST00000397196 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
CHD9Q3L8U1 AC105020.1-201ENST00000435356 2205 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
CHD9Q3L8U1 ALDH4A1-201ENST00000290597 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
CHD9Q3L8U1 TMEM177-203ENST00000409951 1216 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
CHD9Q3L8U1 AL451065.1-201ENST00000428958 238 ntTSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
CHD9Q3L8U1 AC078785.1-201ENST00000496389 734 ntTSL 3 BASIC16.67■□□□□ 0.26
CHD9Q3L8U1 PPP1R32-205ENST00000538185 1107 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
CHD9Q3L8U1 AC073413.1-201ENST00000603927 732 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
CHD9Q3L8U1 AC097359.3-201ENST00000603982 1210 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
CHD9Q3L8U1 OBSL1-201ENST00000289656 2274 ntTSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
CHD9Q3L8U1 ORAOV1-206ENST00000536870 2274 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
CHD9Q3L8U1 KRT27-201ENST00000301656 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
CHD9Q3L8U1 NFIX-214ENST00000592199 1509 ntTSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
CHD9Q3L8U1 PRR30-202ENST00000432962 1440 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.67■□□□□ 0.26
CHD9Q3L8U1 CHAT-212ENST00000640822 1412 ntTSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
CHD9Q3L8U1 PHF1-201ENST00000374512 2224 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
CHD9Q3L8U1 RHNO1-202ENST00000461997 1655 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
CHD9Q3L8U1 MMP9-201ENST00000372330 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
CHD9Q3L8U1 UCKL1-203ENST00000369908 1954 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
CHD9Q3L8U1 SLC35E4-201ENST00000343605 2714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
CHD9Q3L8U1 IGHV3-49-201ENST00000390625 439 ntAPPRIS P1 BASIC16.67■□□□□ 0.26
CHD9Q3L8U1 STX1A-202ENST00000395154 1022 ntTSL 3 BASIC16.67■□□□□ 0.26
CHD9Q3L8U1 MSRA-203ENST00000441698 788 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
CHD9Q3L8U1 MAGI2-AS3-208ENST00000446159 670 ntTSL 3 BASIC16.67■□□□□ 0.26
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CHD9Q3L8U1 COX5BP1-201ENST00000507622 393 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
CHD9Q3L8U1 AC024681.1-201ENST00000521917 487 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
CHD9Q3L8U1 TGIF1-218ENST00000551402 1089 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
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CHD9Q3L8U1 PODNL1-202ENST00000339560 2165 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
CHD9Q3L8U1 TBX2-201ENST00000240328 3339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
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CHD9Q3L8U1 AC006480.2-201ENST00000609770 1337 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
CHD9Q3L8U1 CTNNAL1-201ENST00000325551 2490 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
CHD9Q3L8U1 PARVG-206ENST00000444313 3523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
CHD9Q3L8U1 DMAC2-204ENST00000438807 1454 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
CHD9Q3L8U1 TRIM13-201ENST00000356017 1637 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
CHD9Q3L8U1 NEU3-206ENST00000532963 1643 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
CHD9Q3L8U1 TMEM222-210ENST00000608611 1511 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
CHD9Q3L8U1 GPR149-201ENST00000389740 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
CHD9Q3L8U1 MAGEA2-202ENST00000598543 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
CHD9Q3L8U1 AKIP1-201ENST00000299576 1247 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
CHD9Q3L8U1 ALG1L2-201ENST00000425059 969 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
CHD9Q3L8U1 NME2-207ENST00000514264 850 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
CHD9Q3L8U1 AL136088.1-202ENST00000525871 439 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
CHD9Q3L8U1 SEPT9-233ENST00000590917 541 ntTSL 4 BASIC16.67■□□□□ 0.26
CHD9Q3L8U1 AL137026.1-201ENST00000624407 503 ntTSL 4 BASIC16.67■□□□□ 0.26
CHD9Q3L8U1 PLA2G2D-202ENST00000617227 1856 ntTSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
CHD9Q3L8U1 CENPBD1P1-204ENST00000487264 1308 ntTSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
CHD9Q3L8U1 SBF2-AS1-201ENST00000498905 2709 ntTSL 5 BASIC16.66■□□□□ 0.26
CHD9Q3L8U1 PTPRO-209ENST00000543886 2070 ntTSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
CHD9Q3L8U1 SLC27A5-207ENST00000601355 1987 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.66■□□□□ 0.26
CHD9Q3L8U1 MYL12B-201ENST00000237500 1210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
CHD9Q3L8U1 DBNDD2-201ENST00000357275 1036 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.66■□□□□ 0.26
CHD9Q3L8U1 PRPF38B-202ENST00000370022 1591 ntTSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
CHD9Q3L8U1 KRT18P66-201ENST00000452970 1269 ntBASIC16.66■□□□□ 0.26
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