Protein–RNA interactions for Protein: P35548

MSX2, Homeobox protein MSX-2, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 267 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX2P35548 BX276092.7-202ENST00000422194 696 ntTSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
MSX2P35548 AMACR-208ENST00000512079 858 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
MSX2P35548 CCNC-219ENST00000627680 896 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
MSX2P35548 MYOD1-201ENST00000250003 1801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
MSX2P35548 TMED5-202ENST00000370282 6104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
MSX2P35548 HIPK4-201ENST00000291823 2452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
MSX2P35548 GGPS1-206ENST00000488594 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
MSX2P35548 FMNL1-206ENST00000587489 2487 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
MSX2P35548 PDE3B-202ENST00000455098 3665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
MSX2P35548 TNXB-208ENST00000611016 6083 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
MSX2P35548 IL6R-201ENST00000344086 3217 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
MSX2P35548 PROZ-202ENST00000375547 1488 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
MSX2P35548 IQCF3-205ENST00000456080 1685 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
MSX2P35548 ZC3HAV1-204ENST00000471652 3182 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
MSX2P35548 FMR1-203ENST00000370470 1774 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
MSX2P35548 ALOX12B-201ENST00000319144 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
MSX2P35548 C18orf15-201ENST00000623680 2534 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
MSX2P35548 AC100861.1-202ENST00000500853 1970 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
MSX2P35548 TUBB3-206ENST00000554444 1978 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
MSX2P35548 MLPH-204ENST00000410032 2171 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX2P35548 SPAG16-209ENST00000447990 1330 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX2P35548 CHRNG-202ENST00000389494 2262 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX2P35548 NSUN5-203ENST00000428206 2269 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX2P35548 ABLIM3-206ENST00000506113 4569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX2P35548 IDH2-201ENST00000330062 2694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX2P35548 SLC38A11-202ENST00000409058 1647 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX2P35548 TACR3-201ENST00000304883 5190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX2P35548 FBXW9-201ENST00000393261 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX2P35548 CYB561A3-203ENST00000447532 1803 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX2P35548 RAP1GAP2-209ENST00000637138 3175 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX2P35548 BMP4-201ENST00000245451 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX2P35548 TBRG4-201ENST00000258770 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX2P35548 TRIM29-210ENST00000528870 2217 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX2P35548 DDX56-201ENST00000258772 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX2P35548 ADAMTSL1-207ENST00000380566 2321 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX2P35548 ZNF354B-201ENST00000322434 2802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX2P35548 FSIP1-201ENST00000350221 2805 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX2P35548 NACAD-202ENST00000490531 4780 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX2P35548 SLC4A8-204ENST00000514353 3041 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX2P35548 GOSR2-201ENST00000225567 1245 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX2P35548 GPX4-201ENST00000354171 919 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX2P35548 DPM2-202ENST00000373110 738 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX2P35548 HPF1-201ENST00000393381 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX2P35548 SBDSP1-202ENST00000423945 618 ntTSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX2P35548 AC104819.1-201ENST00000504587 486 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX2P35548 KLK12-203ENST00000525263 1077 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX2P35548 LTBR-211ENST00000543190 785 ntTSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX2P35548 PPOX-219ENST00000544598 813 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX2P35548 PNN-202ENST00000553331 656 ntTSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX2P35548 RPS15-207ENST00000591032 550 ntTSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX2P35548 RPS15-212ENST00000593052 629 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX2P35548 AC092329.2-201ENST00000598402 547 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX2P35548 AL591684.3-201ENST00000605187 298 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX2P35548 LINC01023-201ENST00000606054 436 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX2P35548 WT1-AS_2.1-201ENST00000613208 137 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX2P35548 SRSF8-201ENST00000587424 4028 ntAPPRIS P1 BASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX2P35548 NOL4L-210ENST00000616976 1376 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX2P35548 RAC2-201ENST00000249071 1482 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX2P35548 TMEM132D-AS2-201ENST00000542578 1568 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX2P35548 ATP6V1C2-204ENST00000635370 1578 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX2P35548 GPS1-208ENST00000578552 1874 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX2P35548 NDRG2-207ENST00000397847 2084 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX2P35548 GDAP1L1-201ENST00000342560 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX2P35548 CCNL1-202ENST00000295926 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX2P35548 AC092384.2-204ENST00000565053 2566 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX2P35548 LINC01184-204ENST00000501702 2977 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX2P35548 AC025674.2-201ENST00000522622 2971 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX2P35548 SEMA3B-212ENST00000616701 2958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX2P35548 PCDHA10-201ENST00000307360 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX2P35548 TOMM70-201ENST00000284320 4409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX2P35548 PRPH-201ENST00000257860 3245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX2P35548 ANKLE1-201ENST00000394458 3218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX2P35548 GGA1-206ENST00000406772 3205 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX2P35548 GCLM-204ENST00000615724 3008 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX2P35548 ZNF219-203ENST00000451119 2918 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX2P35548 CDKN2AIP-201ENST00000302350 2646 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX2P35548 AC005089.1-201ENST00000619486 2241 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX2P35548 MAGEA8-204ENST00000535454 2112 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX2P35548 CD19-201ENST00000324662 1932 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX2P35548 GMPR2-231ENST00000620807 1910 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX2P35548 GNAS-212ENST00000371098 1719 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX2P35548 STARD3NL-204ENST00000434197 1341 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX2P35548 NFAM1-201ENST00000329021 5602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
MSX2P35548 PCSK5-205ENST00000545128 9538 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
MSX2P35548 EIF4G1-206ENST00000392537 5229 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
MSX2P35548 KLHL26-201ENST00000300976 4407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
MSX2P35548 SUCO-210ENST00000616058 5495 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
MSX2P35548 C14orf93-207ENST00000397382 1986 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
MSX2P35548 DOK3-203ENST00000377112 1884 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
MSX2P35548 FECH-201ENST00000262093 3853 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
MSX2P35548 SYT5-201ENST00000354308 3792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
MSX2P35548 PDLIM1-201ENST00000329399 1452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
MSX2P35548 BTG3-202ENST00000348354 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
MSX2P35548 ANKRD46-205ENST00000520311 3270 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
MSX2P35548 NKIRAS1-201ENST00000388759 2335 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC15.42■□□□□ 0.06
MSX2P35548 PRMT2-201ENST00000291705 1011 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
MSX2P35548 MCRIP2-201ENST00000307650 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
MSX2P35548 FTMT-201ENST00000321339 879 ntAPPRIS P1 BASIC15.42■□□□□ 0.06
MSX2P35548 MADCAM1-203ENST00000382683 603 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
MSX2P35548 ATP5J-203ENST00000400090 647 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.2 ms