Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 ENDOV-213ENST00000520367 2680 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
SDC1P18827 ZNF219-202ENST00000421093 2908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
SDC1P18827 FBXO44-204ENST00000376762 1734 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
SDC1P18827 P4HA2-201ENST00000166534 2230 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
SDC1P18827 LAPTM5-201ENST00000294507 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
SDC1P18827 ERICH5-201ENST00000318528 1761 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
SDC1P18827 C9orf78-201ENST00000372447 1795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
SDC1P18827 FBLIM1-201ENST00000332305 1530 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
SDC1P18827 KRTCAP2-201ENST00000295682 552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
SDC1P18827 HELT-201ENST00000338875 1008 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
SDC1P18827 IGHV3-15-201ENST00000390603 437 ntAPPRIS P1 BASIC15.35■□□□□ 0.05
SDC1P18827 AL359915.2-201ENST00000425884 745 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
SDC1P18827 AL121672.1-201ENST00000439423 1181 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
SDC1P18827 ZNF655-216ENST00000449244 544 ntTSL 4 BASIC15.35■□□□□ 0.05
SDC1P18827 AC131009.1-201ENST00000539078 426 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
SDC1P18827 SEC23A-206ENST00000553970 574 ntTSL 4 BASIC15.35■□□□□ 0.05
SDC1P18827 INO80E-210ENST00000567705 880 ntTSL 3 BASIC15.35■□□□□ 0.05
SDC1P18827 IGHV3OR16-6-201ENST00000568775 360 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
SDC1P18827 AC129926.1-201ENST00000581944 614 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
SDC1P18827 SLC9A3-AS1-205ENST00000606319 477 ntTSL 3 BASIC15.35■□□□□ 0.05
SDC1P18827 WIZ-206ENST00000599686 3644 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
SDC1P18827 MOB3B-201ENST00000262244 6454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
SDC1P18827 LFNG-204ENST00000402045 2058 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
SDC1P18827 TMEM53-203ENST00000372242 1846 ntTSL 3 BASIC15.35■□□□□ 0.05
SDC1P18827 HARS2-206ENST00000508522 1562 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
SDC1P18827 TRIP6-209ENST00000619988 1303 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
SDC1P18827 WIPF3-202ENST00000409123 3491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
SDC1P18827 CNKSR1-214ENST00000531191 2673 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
SDC1P18827 CCR7-203ENST00000579344 1874 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
SDC1P18827 GRID2IP-201ENST00000435185 3215 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
SDC1P18827 RIC8B-213ENST00000638198 1611 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
SDC1P18827 AP000704.1-201ENST00000637940 2182 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
SDC1P18827 CHRFAM7A-203ENST00000401522 1913 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
SDC1P18827 CGREF1-205ENST00000404694 1376 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
SDC1P18827 LRRFIP1P1-201ENST00000498774 2246 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
SDC1P18827 CKAP4-201ENST00000378026 3093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
SDC1P18827 GPRIN1-201ENST00000303991 4211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
SDC1P18827 TMEM140-201ENST00000275767 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
SDC1P18827 TLL1-204ENST00000507499 4818 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
SDC1P18827 ANKS6-202ENST00000375019 2586 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
SDC1P18827 LIMS2-217ENST00000545738 1730 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
SDC1P18827 SOCS2-212ENST00000622746 2881 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.34■□□□□ 0.05
SDC1P18827 TUBB3-201ENST00000315491 1769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
SDC1P18827 CNPPD1-202ENST00000409789 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
SDC1P18827 SHISA5-210ENST00000444115 2081 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
SDC1P18827 C3orf67-201ENST00000295966 2650 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
SDC1P18827 ALOX15-205ENST00000574640 2422 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
SDC1P18827 BANK1-207ENST00000508653 2115 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
SDC1P18827 AHDC1-202ENST00000374011 6438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
SDC1P18827 RIMS1-213ENST00000517960 4428 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
SDC1P18827 RIMS1-215ENST00000520567 4442 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
SDC1P18827 LRIT1-201ENST00000372105 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
SDC1P18827 ITGB2-204ENST00000397846 422 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
SDC1P18827 PABPN1L-201ENST00000411789 873 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
SDC1P18827 AL049569.1-201ENST00000446261 636 ntTSL 3 BASIC15.34■□□□□ 0.05
SDC1P18827 SMIM27-204ENST00000453396 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.34■□□□□ 0.05
SDC1P18827 AKR1A1-204ENST00000471651 1018 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
SDC1P18827 DYNLL1-204ENST00000548214 616 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
SDC1P18827 BRF1-219ENST00000551787 824 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
SDC1P18827 AL138781.1-202ENST00000563018 775 ntTSL 3 BASIC15.34■□□□□ 0.05
SDC1P18827 C19orf70-206ENST00000590389 769 ntTSL 3 BASIC15.34■□□□□ 0.05
SDC1P18827 AC027307.2-201ENST00000591252 911 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
SDC1P18827 AC010618.3-201ENST00000596643 775 ntTSL 3 BASIC15.34■□□□□ 0.05
SDC1P18827 GPR42-202ENST00000597214 1182 ntAPPRIS P1 BASIC15.34■□□□□ 0.05
SDC1P18827 NME4-212ENST00000621774 904 ntTSL 3 BASIC15.34■□□□□ 0.05
SDC1P18827 CAND2-206ENST00000626378 333 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
SDC1P18827 EIF2AK4-208ENST00000559624 3548 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
SDC1P18827 ING5-213ENST00000636051 4199 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
SDC1P18827 ANKMY2-201ENST00000306999 2555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
SDC1P18827 SMURF2-201ENST00000262435 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
SDC1P18827 ARFGAP2-202ENST00000426335 2937 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
SDC1P18827 CES4A-207ENST00000540947 2284 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
SDC1P18827 AK5-203ENST00000354567 3251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
SDC1P18827 HMGXB3-202ENST00000503427 5275 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
SDC1P18827 SSH3-203ENST00000376757 2990 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
SDC1P18827 TVP23C-210ENST00000584811 2989 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
SDC1P18827 SLC12A5-209ENST00000616201 2955 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
SDC1P18827 RRP1-207ENST00000497547 3022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
SDC1P18827 HSPA4L-204ENST00000508776 3020 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
SDC1P18827 TFAP2A-201ENST00000319516 2035 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
SDC1P18827 STAT6-225ENST00000640254 2037 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
SDC1P18827 DNAAF5-201ENST00000297440 3410 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
SDC1P18827 ASIC1-202ENST00000447966 3778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
SDC1P18827 INPP4A-202ENST00000409016 9996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
SDC1P18827 SYN1-202ENST00000340666 3172 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
SDC1P18827 DUSP13-203ENST00000372702 1778 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
SDC1P18827 CBLC-202ENST00000341505 1441 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
SDC1P18827 SAMD4A-204ENST00000554335 3003 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.05
SDC1P18827 SYNRG-222ENST00000614941 3406 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
SDC1P18827 PTHLH-209ENST00000545234 1544 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.05
SDC1P18827 AL139398.1-201ENST00000638795 1529 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.05
SDC1P18827 THEMIS2-202ENST00000373921 2687 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.05
SDC1P18827 CNOT8-204ENST00000517876 2708 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.05
SDC1P18827 DDHD1-202ENST00000357758 5603 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
SDC1P18827 ZNF620-202ENST00000418905 2022 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
SDC1P18827 NCOA6-206ENST00000612493 4082 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
SDC1P18827 BRSK2-204ENST00000526678 2091 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
SDC1P18827 PLCB1-201ENST00000338037 7092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
SDC1P18827 MLKL-202ENST00000308807 2523 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
SDC1P18827 NKG7-201ENST00000221978 843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.4 ms