Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 DIXDC1-201ENST00000440460 5897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 KCNC2-208ENST00000549446 5625 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 CYP21A2-221ENST00000418967 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 CCDC144B-202ENST00000445752 2197 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 SNED1-202ENST00000342631 1930 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 PTPN5-201ENST00000358540 3135 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 ACBD5-202ENST00000375897 4173 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 FAM151A-201ENST00000302250 2005 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 DDHD2-205ENST00000520272 4532 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 OCIAD1-213ENST00000508293 1423 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 RIMS3-202ENST00000372684 7235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 AC073439.1-201ENST00000624121 1774 ntBASIC16.21■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 AP002360.1-202ENST00000530460 2462 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 TNFSF8-203ENST00000618336 1523 ntTSL 3 BASIC16.21■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 SPDEF-202ENST00000544425 1866 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 KLHDC8A-201ENST00000367155 2928 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 SEC63-201ENST00000369002 6411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 ISCA2-201ENST00000298818 851 ntTSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 ZAR1L-201ENST00000345108 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 CD99L2-202ENST00000355149 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 AP000892.1-201ENST00000504906 488 ntTSL 3 BASIC16.21■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 AC064807.1-201ENST00000518942 816 ntTSL 3 BASIC16.21■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 AC135586.2-201ENST00000537262 567 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.21■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 NUTF2-206ENST00000569436 1119 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 TMEM220-AS1-206ENST00000583343 876 ntTSL 3 BASIC16.21■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 AL365330.1-201ENST00000607459 531 ntBASIC16.21■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 AL353997.2-201ENST00000579352 4955 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 ATP6V1B2-201ENST00000276390 2875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 SPDYE2B-203ENST00000507450 1742 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 SPDYE2-203ENST00000507918 1742 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 ITPK1-201ENST00000267615 6066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 LCA10-201ENST00000618311 1392 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 SDCBP-201ENST00000260130 2167 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 LUC7L3-202ENST00000393227 2284 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 TMED9-201ENST00000332598 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
VPS39Q96JC1 RASA4B-202ENST00000465829 2931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 ARVCF-201ENST00000263207 4041 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 HYAL3-207ENST00000621157 1696 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 ACP2-201ENST00000256997 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 MCF2L-232ENST00000535094 3752 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 CRAT-201ENST00000318080 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 RCN2-203ENST00000394885 6347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 ZBTB7C-204ENST00000586438 4899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 HLA-A-201ENST00000376802 1334 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 AC100861.1-202ENST00000500853 1970 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 MYOC-201ENST00000037502 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 NACC2-201ENST00000277554 6899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 IBA57-201ENST00000366711 7817 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 MSI2-204ENST00000442934 1624 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 C19orf68-203ENST00000614654 3588 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 OSBPL10-201ENST00000396556 6600 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 CAMKK2-203ENST00000347034 5218 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 LAMTOR5-201ENST00000256644 868 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 CXorf38-201ENST00000327877 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 ANP32E-201ENST00000369114 1048 ntTSL 3 BASIC16.2■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 TNNT3-203ENST00000381557 1019 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 AGTRAP-205ENST00000400895 786 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 PQLC3-202ENST00000402361 696 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 PRR29-203ENST00000425164 1266 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 PIGBOS1-201ENST00000436697 866 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 AC245100.5-201ENST00000452108 331 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 BARX1-AS1-202ENST00000454594 307 ntTSL 3 BASIC16.2■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 LAMTOR5-204ENST00000483260 694 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 BX890604.1-208ENST00000490920 726 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 FBXL21-206ENST00000495672 589 ntTSL 4 BASIC16.2■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 AP006621.3-203ENST00000525941 610 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 FLJ20021-201ENST00000527564 790 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 AF131215.3-201ENST00000532453 639 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 AL049869.3-201ENST00000554918 558 ntTSL 3 BASIC16.2■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 FOSB-211ENST00000592436 1057 ntTSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 OR5AH1P-202ENST00000597822 431 ntTSL 3 BASIC16.2■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 LAMTOR5-206ENST00000602318 634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 LINC01197-204ENST00000611265 956 ntTSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 MED16-214ENST00000617672 554 ntTSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 PXN-207ENST00000536957 4112 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 OGFOD2-202ENST00000397389 2308 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 ICA1L-201ENST00000358299 3457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 EXOC3L1-201ENST00000314586 2510 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 LONRF1-201ENST00000398246 3594 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 AC053503.2-201ENST00000420563 1598 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 MIR137HG-202ENST00000424528 2639 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 AP1M1-202ENST00000429941 1578 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 TIPRL-202ENST00000367833 3032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 PHKG2-204ENST00000563588 5539 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 RUSC1-205ENST00000368354 3114 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 ATP11A-AS1-201ENST00000446442 2192 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 GHDC-207ENST00000587427 2396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 GPAT2-204ENST00000453542 2466 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 NID1-201ENST00000264187 5864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 BCAR1-209ENST00000546196 1340 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 CRTC3-208ENST00000560098 1421 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 AC025580.3-201ENST00000617932 1424 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 SETD7-204ENST00000506866 1602 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 PLEKHA8P1-201ENST00000256692 1839 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 GTF2H2C-201ENST00000380729 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 PSMF1-201ENST00000246015 2042 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC16.19■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 RBCK1-201ENST00000353660 2511 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 GLS2-201ENST00000311966 2623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 AC073347.1-201ENST00000421633 2643 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
VPS39Q96JC1 WDR97-201ENST00000323662 6916 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 103 ms