Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 ZBTB16-202ENST00000392996 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 C17orf62-201ENST00000306645 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 ADARB1-204ENST00000389863 3563 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 NFIX-209ENST00000587760 1487 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 DZIP1-203ENST00000361396 7418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 H2BFWT-201ENST00000217926 894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 CIDEA-201ENST00000320477 828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 AQP7-204ENST00000379506 1062 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 VCX3B-202ENST00000381032 1171 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 TRIM74-202ENST00000395244 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 MACROD2-AS1-201ENST00000439451 1230 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 H2AFV-207ENST00000446531 1041 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 HMGB2-203ENST00000446922 1175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 TRIM73-204ENST00000447409 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 ACA64.2-201ENST00000459014 129 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 AC124067.4-202ENST00000522471 397 ntTSL 3 BASIC16.38■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 AC055876.2-201ENST00000531834 546 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 AL512361.1-201ENST00000554200 418 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 EMC4-203ENST00000557879 1009 ntTSL 3 BASIC16.38■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 RAB43P1-201ENST00000561790 589 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 NDRG4-247ENST00000568640 1281 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 AC016727.1-204ENST00000578974 420 ntTSL 3 BASIC16.38■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 AL355974.2-201ENST00000614099 556 ntTSL 4 BASIC16.38■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 AL355974.2-202ENST00000617298 936 ntTSL 3 BASIC16.38■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 AC007431.3-201ENST00000623221 587 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 AC105277.1-203ENST00000635492 1293 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 RBBP7-204ENST00000404022 1904 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 CALD1-204ENST00000417172 1915 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 RRM2-202ENST00000360566 3673 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 TTLL5-219ENST00000556977 1961 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 CR392000.2-201ENST00000640235 1994 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 FKBPL-201ENST00000375156 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 HS3ST3B1-201ENST00000360954 5367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 MAP4K3-202ENST00000341681 4271 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 AC018695.7-201ENST00000624587 2492 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 LINC00472-203ENST00000426635 2958 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 SLC7A15P-201ENST00000424028 1363 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 SARS2-201ENST00000221431 2057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 DOLK-201ENST00000372586 2090 ntAPPRIS P1 BASIC16.38■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 RAPGEFL1-209ENST00000544503 2079 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 ZNF18-204ENST00000580306 2330 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 BNIP2-212ENST00000607373 1851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 ZBTB22-207ENST00000418724 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 KLC1-212ENST00000553286 3135 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 CTSL-203ENST00000343150 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 ANKHD1-EIF4EBP3-203ENST00000532219 8246 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 C15orf38-AP3S2-201ENST00000398333 2439 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 EYA2-201ENST00000317304 1540 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 NBL1-201ENST00000289749 731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 C11orf88-202ENST00000375618 712 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 MXI1-205ENST00000393134 889 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 AL161785.3-201ENST00000435157 395 ntTSL 3 BASIC16.37■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 TEX48-201ENST00000436752 708 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 RPS2P32-201ENST00000439199 892 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 AC114501.2-201ENST00000439631 535 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 AL606760.2-202ENST00000452466 524 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 AC082651.1-201ENST00000478468 832 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 SDHAP3-202ENST00000515467 728 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 AC009902.2-201ENST00000518880 620 ntTSL 4 BASIC16.37■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 AC025442.1-201ENST00000521596 481 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 NEIL2-207ENST00000528323 998 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 KRT17P8-201ENST00000540749 863 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 LINC02356-202ENST00000552663 314 ntTSL 3 BASIC16.37■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 C19orf70-206ENST00000590389 769 ntTSL 3 BASIC16.37■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 TEX48-202ENST00000612244 662 ntTSL 3 BASIC16.37■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 DBI-212ENST00000627305 620 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 CEP104-202ENST00000378230 6424 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 PKLR-201ENST00000342741 2083 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 EVPLL-201ENST00000399134 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 NAIF1-201ENST00000373078 3399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 INPP5B-201ENST00000373021 3934 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 RASSF8-AS1-202ENST00000500276 2610 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 IQCE-212ENST00000476665 2400 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 SNHG22-201ENST00000589499 1615 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 FUT5-201ENST00000252675 1916 ntAPPRIS P1 BASIC16.37■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 TAOK2-203ENST00000416441 4780 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 PKN3-201ENST00000291906 3375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 TMED3-203ENST00000536821 2265 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 TEAD2-203ENST00000539846 1444 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 FBXO21-208ENST00000622495 6040 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 EIF4A3-201ENST00000269349 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 EDN3-202ENST00000337938 2636 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 PIMREG-201ENST00000250056 1473 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 DNAJC7-201ENST00000316603 1468 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 CHGA-201ENST00000216492 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 ARMC5-203ENST00000457010 4844 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 NTRK1-202ENST00000368196 2701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 AL645728.1-201ENST00000366221 2101 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 AC226118.1-201ENST00000515213 2146 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 TMEM138-201ENST00000278826 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 SDCBP2-202ENST00000360779 1519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 PTGES3-202ENST00000414274 1547 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 PTK7-202ENST00000230419 4272 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 MAP3K9-201ENST00000381250 4025 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 OSBPL1A-203ENST00000399441 1887 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 NFIC-201ENST00000341919 1573 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 SLC18B1-202ENST00000367918 472 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 RAB34-206ENST00000415040 1293 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 AL133456.1-201ENST00000415655 577 ntTSL 4 BASIC16.36■□□□□ 0.21
USP39Q53GS9 AL645941.1-201ENST00000415875 338 ntTSL 3 BASIC16.36■□□□□ 0.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 53.4 ms