Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 EPB41-205ENST00000373797 2402 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXC9P31274 CARTPT-201ENST00000296777 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXC9P31274 THEMIS2-204ENST00000373927 1082 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXC9P31274 SPEG-202ENST00000396686 1086 ntTSL 3 BASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXC9P31274 PQLC3-202ENST00000402361 696 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXC9P31274 CXorf40A-211ENST00000450602 1204 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXC9P31274 SNHG6-201ENST00000520348 648 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXC9P31274 RCN1-210ENST00000532942 1191 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXC9P31274 AC008115.1-201ENST00000542291 150 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXC9P31274 AL118558.1-202ENST00000557242 451 ntTSL 3 BASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXC9P31274 FAM192A-212ENST00000566077 1066 ntTSL 3 BASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXC9P31274 MIR4538-201ENST00000581377 78 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXC9P31274 GPX4-206ENST00000588919 803 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXC9P31274 C9orf50-202ENST00000619117 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXC9P31274 AL391650.2-201ENST00000640097 941 ntTSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXC9P31274 ONECUT1-201ENST00000305901 2092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXC9P31274 RAPSN-202ENST00000352508 1452 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXC9P31274 HTR7P1-202ENST00000624664 4411 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXC9P31274 SNAP47-AS1-201ENST00000413347 1708 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXC9P31274 TUBGCP3-202ENST00000375669 2723 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXC9P31274 PNMA3-202ENST00000593810 1432 ntAPPRIS P1 BASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXC9P31274 TFRC-202ENST00000392396 5032 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXC9P31274 MPP1-205ENST00000413259 2195 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXC9P31274 PRR36-202ENST00000618550 4456 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXC9P31274 KCTD12-201ENST00000377474 6225 ntAPPRIS P1 BASIC21.11■□□□□ 0.97
HOXC9P31274 UBE2N-201ENST00000318066 5186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
HOXC9P31274 AC006449.6-201ENST00000612330 2296 ntBASIC21.11■□□□□ 0.97
HOXC9P31274 AC005253.1-201ENST00000597411 2001 ntTSL 4 BASIC21.11■□□□□ 0.97
HOXC9P31274 RXRB-201ENST00000374680 2908 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
HOXC9P31274 ATP6AP2-215ENST00000636409 1962 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
HOXC9P31274 CCDC107-204ENST00000378409 1173 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
HOXC9P31274 IGLV2-23-201ENST00000390306 502 ntAPPRIS P1 BASIC21.11■□□□□ 0.97
HOXC9P31274 MIR1908-201ENST00000410394 80 ntBASIC21.11■□□□□ 0.97
HOXC9P31274 AC113608.2-201ENST00000448379 487 ntTSL 3 BASIC21.11■□□□□ 0.97
HOXC9P31274 TIMM8B-201ENST00000504148 819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
HOXC9P31274 STARD4-205ENST00000505803 803 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
HOXC9P31274 STARD4-207ENST00000509887 1186 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
HOXC9P31274 GNG2-209ENST00000555472 908 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.11■□□□□ 0.97
HOXC9P31274 LINC00928-204ENST00000561201 1123 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
HOXC9P31274 AC000032.1-201ENST00000562538 491 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
HOXC9P31274 SNAI3-AS1-206ENST00000569786 588 ntTSL 3 BASIC21.11■□□□□ 0.97
HOXC9P31274 MIR4525-201ENST00000580000 75 ntBASIC21.11■□□□□ 0.97
HOXC9P31274 AC024619.2-201ENST00000581964 517 ntTSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
HOXC9P31274 SPECC1-223ENST00000584527 940 ntTSL 3 BASIC21.11■□□□□ 0.97
HOXC9P31274 TECR-207ENST00000596073 1170 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
HOXC9P31274 TECR-220ENST00000600083 1204 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
HOXC9P31274 RPL23AP53-203ENST00000606975 736 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
HOXC9P31274 LINC02351-201ENST00000614728 289 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
HOXC9P31274 PCDHGC3-204ENST00000617222 731 ntTSL 3 BASIC21.11■□□□□ 0.97
HOXC9P31274 GRHPR-212ENST00000607784 1704 ntTSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
HOXC9P31274 ZNF503-201ENST00000372524 3347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
HOXC9P31274 CNTNAP3-205ENST00000377659 2649 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
HOXC9P31274 SAMD11-202ENST00000342066 2551 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
HOXC9P31274 SAMD11-217ENST00000622503 2557 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
HOXC9P31274 PTP4A3-201ENST00000329397 2785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
HOXC9P31274 FST-201ENST00000256759 2519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
HOXC9P31274 GLOD4-202ENST00000301329 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
HOXC9P31274 TP73-204ENST00000378280 2062 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
HOXC9P31274 PLCB2-202ENST00000456256 4242 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
HOXC9P31274 SH2D3C-213ENST00000629203 2478 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
HOXC9P31274 B9D1-209ENST00000477478 1353 ntTSL 3 BASIC21.1■□□□□ 0.97
HOXC9P31274 CERNA1-202ENST00000560518 1972 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
HOXC9P31274 FOSB-209ENST00000590335 2170 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
HOXC9P31274 RBCK1-202ENST00000356286 2774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
HOXC9P31274 SOCS3-201ENST00000330871 2734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
HOXC9P31274 ADGRB1-201ENST00000323289 5527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
HOXC9P31274 NOS1AP-206ENST00000530878 2894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
HOXC9P31274 CHST8-201ENST00000262622 2479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
HOXC9P31274 UNG-201ENST00000242576 2071 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
HOXC9P31274 CMKLR1-204ENST00000550402 1893 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
HOXC9P31274 LMNA-203ENST00000368297 1679 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
HOXC9P31274 UEVLD-201ENST00000300038 995 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
HOXC9P31274 PRKN-201ENST00000338468 1276 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
HOXC9P31274 PRKN-203ENST00000366894 1157 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
HOXC9P31274 RPL7P3-201ENST00000441388 714 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
HOXC9P31274 CSF2RBP1-201ENST00000447905 391 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
HOXC9P31274 FAM25G-201ENST00000452267 345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
HOXC9P31274 AC012531.3-201ENST00000513209 777 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.1■□□□□ 0.97
HOXC9P31274 RMDN1-212ENST00000519966 1164 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
HOXC9P31274 AL122035.1-201ENST00000556640 550 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
HOXC9P31274 TMEM101-204ENST00000587529 965 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
HOXC9P31274 SCGB1C2-201ENST00000595228 478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
HOXC9P31274 WIPF1-201ENST00000272746 3028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
HOXC9P31274 SLC43A3-203ENST00000395124 2617 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
HOXC9P31274 OGFR-201ENST00000290291 2410 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
HOXC9P31274 BAIAP2-219ENST00000575245 2229 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
HOXC9P31274 CA12-203ENST00000422263 2556 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
HOXC9P31274 SIPA1-209ENST00000534313 3521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
HOXC9P31274 ZNF419-204ENST00000415379 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
HOXC9P31274 CCDC184-201ENST00000316554 2343 ntAPPRIS P1 BASIC21.1■□□□□ 0.97
HOXC9P31274 FBLN7-203ENST00000409450 1394 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
HOXC9P31274 SLC5A2-201ENST00000330498 2271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
HOXC9P31274 CMIP-209ENST00000566513 2288 ntTSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
HOXC9P31274 AC007040.2-201ENST00000606025 4170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
HOXC9P31274 MAGEA2-202ENST00000598543 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
HOXC9P31274 RANBP10-201ENST00000317506 5341 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
HOXC9P31274 RANBP10-209ENST00000630626 5305 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
HOXC9P31274 TAL1-202ENST00000371884 4642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
HOXC9P31274 ARHGAP33-201ENST00000007510 2545 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
HOXC9P31274 CTSD-213ENST00000637915 1982 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49.3 ms