Protein–RNA interactions for Protein: P12111

COL6A3, Collagen alpha-3(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 3,177 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A3P12111 SCML4-201ENST00000369020 1491 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL6A3P12111 VWCE-205ENST00000535710 1437 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL6A3P12111 MBD1-216ENST00000587605 1945 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL6A3P12111 ALG1L-201ENST00000340333 805 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL6A3P12111 PLA2G2A-202ENST00000400520 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL6A3P12111 AL353637.1-201ENST00000451571 732 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
COL6A3P12111 NAA38-205ENST00000575771 852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL6A3P12111 TNFRSF13B-206ENST00000583789 859 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL6A3P12111 ALG1L-202ENST00000611639 701 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL6A3P12111 SDR16C5-201ENST00000303749 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL6A3P12111 OSGIN1-202ENST00000361711 2230 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL6A3P12111 NECAB2-203ENST00000565691 2064 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL6A3P12111 FAM213A-206ENST00000615554 2213 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL6A3P12111 SOD2-202ENST00000367054 815 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL6A3P12111 SMAGP-202ENST00000398453 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL6A3P12111 AC018463.1-201ENST00000456674 917 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
COL6A3P12111 RN7SL396P-201ENST00000471086 295 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
COL6A3P12111 AC130709.1-201ENST00000484779 1212 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
COL6A3P12111 AC009720.1-201ENST00000511867 586 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL6A3P12111 AC007342.4-201ENST00000566383 584 ntTSL 4 BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL6A3P12111 AC008758.6-201ENST00000598753 588 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL6A3P12111 AP005019.2-201ENST00000615104 511 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
COL6A3P12111 AC002472.4-201ENST00000641915 272 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
COL6A3P12111 SLC29A2-201ENST00000311161 2262 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL6A3P12111 AL158154.2-201ENST00000585776 2208 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL6A3P12111 GPS1-201ENST00000306823 1842 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL6A3P12111 GPS1-226ENST00000623691 1839 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL6A3P12111 MPP1-202ENST00000369534 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL6A3P12111 PMAIP1-202ENST00000316660 1948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL6A3P12111 TMEM222-204ENST00000466759 368 ntTSL 3 BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL6A3P12111 AC122719.1-201ENST00000507989 559 ntTSL 4 BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL6A3P12111 EID1-202ENST00000560490 584 ntTSL 3 BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL6A3P12111 LARGE2-201ENST00000325468 2522 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL6A3P12111 KLK6-201ENST00000310157 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL6A3P12111 RDM1-224ENST00000619262 1535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL6A3P12111 AL512652.2-201ENST00000625156 1716 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
COL6A3P12111 SSR4-201ENST00000320857 1671 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL6A3P12111 SLC35A3-217ENST00000639807 2767 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL6A3P12111 FHL2-206ENST00000408995 1367 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL6A3P12111 DBI-203ENST00000393103 599 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL6A3P12111 NCBP2-203ENST00000422610 676 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL6A3P12111 SOX9-AS1-207ENST00000446332 443 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL6A3P12111 AC093904.3-201ENST00000492300 368 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL6A3P12111 REXO1L1P-202ENST00000608646 1974 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
COL6A3P12111 CDPF1-203ENST00000404583 1439 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL6A3P12111 KRT12-201ENST00000251643 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL6A3P12111 CEP128-201ENST00000216517 1606 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL6A3P12111 UBE2Q2-208ENST00000569423 2969 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL6A3P12111 FAM219B-204ENST00000563119 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL6A3P12111 SRP14-201ENST00000267884 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL6A3P12111 CIDEC-202ENST00000383817 1199 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL6A3P12111 AC096649.1-201ENST00000449168 497 ntTSL 3 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL6A3P12111 AC005586.1-201ENST00000488310 577 ntTSL 4 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL6A3P12111 AC105390.1-201ENST00000511330 560 ntTSL 4 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL6A3P12111 TSNARE1-204ENST00000519651 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL6A3P12111 AL160314.3-201ENST00000556041 767 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
COL6A3P12111 MIR6125-201ENST00000618986 96 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
COL6A3P12111 PPP2R2C-206ENST00000507294 1667 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL6A3P12111 MYL6-219ENST00000551589 1438 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL6A3P12111 MON1B-203ENST00000545553 1814 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL6A3P12111 POLR3D-201ENST00000306433 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL6A3P12111 FBXW9-201ENST00000393261 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL6A3P12111 ZIM2-208ENST00000629319 2253 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL6A3P12111 FHL1-205ENST00000370690 2441 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL6A3P12111 PIGL-201ENST00000225609 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL6A3P12111 PFDN6-202ENST00000374607 598 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL6A3P12111 ATP5J-202ENST00000400087 826 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL6A3P12111 AC073150.1-201ENST00000450406 1084 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
COL6A3P12111 ZAP70-202ENST00000451498 1085 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL6A3P12111 ST8SIA2-202ENST00000539113 1089 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL6A3P12111 LINC01569-203ENST00000573268 694 ntTSL 3 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL6A3P12111 AC025048.1-201ENST00000592317 542 ntTSL 4 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL6A3P12111 AC106774.7-201ENST00000638408 597 ntAPPRIS P1 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL6A3P12111 AC106774.6-201ENST00000638483 597 ntAPPRIS P1 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL6A3P12111 AC233724.20-201ENST00000638842 597 ntAPPRIS P1 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL6A3P12111 AC233724.19-201ENST00000639969 597 ntAPPRIS P1 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL6A3P12111 AC106774.5-201ENST00000640558 597 ntAPPRIS P1 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL6A3P12111 AC233724.18-201ENST00000640803 597 ntAPPRIS P1 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL6A3P12111 AC233724.21-201ENST00000640846 597 ntAPPRIS P1 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL6A3P12111 IDH3B-212ENST00000613370 1400 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL6A3P12111 CCDC137-201ENST00000329214 2468 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL6A3P12111 ITGBL1-202ENST00000376180 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL6A3P12111 C18orf21-202ENST00000333234 958 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL6A3P12111 KLK8-204ENST00000391806 1051 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL6A3P12111 TREX1-202ENST00000444177 1200 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL6A3P12111 EIF5A2-205ENST00000487522 565 ntTSL 3 BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL6A3P12111 C15orf40-211ENST00000565712 559 ntTSL 3 BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL6A3P12111 AC000095.1-201ENST00000603208 874 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
COL6A3P12111 CFAP43-203ENST00000369719 1434 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL6A3P12111 AC093503.3-201ENST00000624917 2352 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
COL6A3P12111 RBM33-205ENST00000392759 1580 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL6A3P12111 TRIM8-201ENST00000302424 2831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL6A3P12111 CHAD-201ENST00000258969 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL6A3P12111 SLC13A5-208ENST00000573648 1723 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL6A3P12111 DENR-201ENST00000280557 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL6A3P12111 ELP6-201ENST00000296149 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL6A3P12111 MAGOH-202ENST00000371470 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL6A3P12111 CRIP3-202ENST00000372569 962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL6A3P12111 KRT17P4-201ENST00000429445 819 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
COL6A3P12111 AC007319.1-201ENST00000453517 802 ntTSL 3 BASIC16.35■□□□□ 0.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.5 ms