Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 OGFOD2-224ENST00000545612 1465 ntTSL 2 BASIC19.03■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 TONSL-203ENST00000613741 1713 ntTSL 5 BASIC19.03■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 C14orf93-207ENST00000397382 1986 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.02■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM25-206ENST00000442938 2228 ntTSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 NR2C1-219ENST00000622476 1561 ntTSL 5 BASIC19.02■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 CNPPD1-202ENST00000409789 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 ADCY7-203ENST00000537579 2090 ntTSL 5 BASIC19.02■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 AC011270.2-201ENST00000624293 2550 ntBASIC19.02■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 APBA2-205ENST00000558330 3349 ntTSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 ADAMTS1-201ENST00000284984 5191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 MCF2L-232ENST00000535094 3752 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 TLE4-204ENST00000376537 2793 ntTSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 PAX3-206ENST00000392070 2258 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 CDK18-201ENST00000360066 3141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 PRKN-202ENST00000366892 1505 ntTSL 5 BASIC19.02■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 FOXO1B-201ENST00000504678 1527 ntBASIC19.02■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 ACOX3-202ENST00000413009 2374 ntTSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 PDK2-201ENST00000007708 2384 ntTSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC12-201ENST00000292314 1017 ntTSL 5 BASIC19.02■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 DPY30-201ENST00000295066 631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 DPY30-202ENST00000342166 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 DNAJC4-203ENST00000355040 759 ntTSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 TNNC2-202ENST00000372557 780 ntTSL 3 BASIC19.02■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 OTOS-202ENST00000391989 645 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.02■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 LINC00237-202ENST00000455890 1220 ntTSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 RNA5SP416-201ENST00000516838 111 ntBASIC19.02■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 MTUS1-215ENST00000519066 567 ntTSL 4 BASIC19.02■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 OTUB2-202ENST00000553723 708 ntTSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 AC011247.3-202ENST00000605062 570 ntTSL 4 BASIC19.02■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 AC100803.3-201ENST00000606664 2961 ntTSL 5 BASIC19.02■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 RSRP1-202ENST00000431849 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF7-207ENST00000528372 2905 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 TSSC2-204ENST00000529482 2337 ntTSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.64
LIMCH1Q9UPQ0 DRG1-201ENST00000331457 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.63
LIMCH1Q9UPQ0 FBXO44-204ENST00000376762 1734 ntTSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.63
LIMCH1Q9UPQ0 HNRNPU-205ENST00000444376 6827 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.63
LIMCH1Q9UPQ0 ABTB1-206ENST00000468137 2065 ntTSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.63
LIMCH1Q9UPQ0 DBET-201ENST00000630918 3363 ntBASIC19.02■□□□□ 0.63
LIMCH1Q9UPQ0 UGT8-201ENST00000310836 4084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.63
LIMCH1Q9UPQ0 HARS2-206ENST00000508522 1562 ntTSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.63
LIMCH1Q9UPQ0 SLC34A1-204ENST00000512593 1912 ntTSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.63
LIMCH1Q9UPQ0 TRIM14-201ENST00000341469 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.63
LIMCH1Q9UPQ0 AC009242.1-201ENST00000634300 2706 ntTSL 5 BASIC19.02■□□□□ 0.63
LIMCH1Q9UPQ0 BCAR3-201ENST00000260502 3171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
LIMCH1Q9UPQ0 IMPDH1-202ENST00000348127 2479 ntTSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
LIMCH1Q9UPQ0 BANK1-207ENST00000508653 2115 ntTSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
LIMCH1Q9UPQ0 FBXO21-208ENST00000622495 6040 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF219-202ENST00000421093 2908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
LIMCH1Q9UPQ0 ACE-202ENST00000290866 4959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
LIMCH1Q9UPQ0 LRIT1-201ENST00000372105 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
LIMCH1Q9UPQ0 ICA1L-201ENST00000358299 3457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.01■□□□□ 0.63
LIMCH1Q9UPQ0 IRX6-201ENST00000290552 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
LIMCH1Q9UPQ0 LYPD5-203ENST00000594013 1519 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.01■□□□□ 0.63
LIMCH1Q9UPQ0 NCKIPSD-201ENST00000294129 2989 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
LIMCH1Q9UPQ0 UBE2D1-204ENST00000615793 2621 ntTSL 2 BASIC19.01■□□□□ 0.63
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF662-201ENST00000328199 3186 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.01■□□□□ 0.63
LIMCH1Q9UPQ0 FAM156B-202ENST00000509613 1701 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.01■□□□□ 0.63
LIMCH1Q9UPQ0 SOX30-202ENST00000311371 2716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
LIMCH1Q9UPQ0 CES4A-207ENST00000540947 2284 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.01■□□□□ 0.63
LIMCH1Q9UPQ0 PPP1R27-201ENST00000330261 782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
LIMCH1Q9UPQ0 CST3-201ENST00000376925 873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
LIMCH1Q9UPQ0 HMGN4-201ENST00000377575 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
LIMCH1Q9UPQ0 CCNL2-202ENST00000408918 1186 ntTSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
LIMCH1Q9UPQ0 LINC01237-203ENST00000430555 843 ntTSL 4 BASIC19.01■□□□□ 0.63
LIMCH1Q9UPQ0 AFG3L1P-210ENST00000431757 569 ntTSL 4 BASIC19.01■□□□□ 0.63
LIMCH1Q9UPQ0 IL32-206ENST00000440815 920 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC19.01■□□□□ 0.63
LIMCH1Q9UPQ0 AL591424.1-201ENST00000442569 1213 ntBASIC19.01■□□□□ 0.63
LIMCH1Q9UPQ0 IL32-207ENST00000444393 892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC19.01■□□□□ 0.63
LIMCH1Q9UPQ0 NECAP2-208ENST00000504551 768 ntTSL 5 BASIC19.01■□□□□ 0.63
LIMCH1Q9UPQ0 AC034213.1-201ENST00000507681 806 ntTSL 3 BASIC19.01■□□□□ 0.63
LIMCH1Q9UPQ0 SLC25A1P1-201ENST00000528351 927 ntBASIC19.01■□□□□ 0.63
LIMCH1Q9UPQ0 IL32-219ENST00000531965 746 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
LIMCH1Q9UPQ0 IL32-223ENST00000534507 1112 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.01■□□□□ 0.63
LIMCH1Q9UPQ0 C12orf76-202ENST00000546627 461 ntTSL 4 BASIC19.01■□□□□ 0.63
LIMCH1Q9UPQ0 IL32-226ENST00000548476 1014 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.01■□□□□ 0.63
LIMCH1Q9UPQ0 IL32-227ENST00000548652 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC19.01■□□□□ 0.63
LIMCH1Q9UPQ0 AC025162.1-201ENST00000554022 565 ntTSL 4 BASIC19.01■□□□□ 0.63
LIMCH1Q9UPQ0 AC090241.2-202ENST00000602333 633 ntTSL 3 BASIC19.01■□□□□ 0.63
LIMCH1Q9UPQ0 SPTSSB-204ENST00000617024 1292 ntBASIC19.01■□□□□ 0.63
LIMCH1Q9UPQ0 BX640515.1-201ENST00000617215 977 ntBASIC19.01■□□□□ 0.63
LIMCH1Q9UPQ0 CDK2AP1-207ENST00000618072 1144 ntTSL 3 BASIC19.01■□□□□ 0.63
LIMCH1Q9UPQ0 TUBGCP2-204ENST00000417178 4029 ntTSL 2 BASIC19.01■□□□□ 0.63
LIMCH1Q9UPQ0 WAC-203ENST00000354911 3042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
LIMCH1Q9UPQ0 CGREF1-205ENST00000404694 1376 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.01■□□□□ 0.63
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC8-201ENST00000307522 3213 ntAPPRIS P1 BASIC19.01■□□□□ 0.63
LIMCH1Q9UPQ0 SNAPC1-201ENST00000216294 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
LIMCH1Q9UPQ0 TSPY26P-202ENST00000565928 3884 ntBASIC19.01■□□□□ 0.63
LIMCH1Q9UPQ0 LAPTM5-201ENST00000294507 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
LIMCH1Q9UPQ0 SNAP91-205ENST00000439399 4452 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.01■□□□□ 0.63
LIMCH1Q9UPQ0 HSPA12B-201ENST00000254963 3151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
LIMCH1Q9UPQ0 EPS8L2-231ENST00000614442 3188 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.01■□□□□ 0.63
LIMCH1Q9UPQ0 C9orf78-201ENST00000372447 1795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
LIMCH1Q9UPQ0 DNM1-201ENST00000341179 3254 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
LIMCH1Q9UPQ0 FUT8-213ENST00000557164 2269 ntTSL 2 BASIC19■□□□□ 0.63
LIMCH1Q9UPQ0 TBC1D9B-202ENST00000356834 5173 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF786-202ENST00000491431 2874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
LIMCH1Q9UPQ0 CHRFAM7A-203ENST00000401522 1913 ntTSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
LIMCH1Q9UPQ0 SMIM13-202ENST00000416247 4688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
LIMCH1Q9UPQ0 ICMT-201ENST00000343813 4771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
LIMCH1Q9UPQ0 SYNCRIP-202ENST00000369622 3023 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.9 ms