Protein–RNA interactions for Protein: Q3L8U1

CHD9, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 9, humanhuman

Predictions only

Length 2,897 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD9Q3L8U1 ASGR1-208ENST00000574388 1552 ntTSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 FANCA-213ENST00000563673 1694 ntTSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 TRAPPC12-201ENST00000324266 2508 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 TBP-202ENST00000392092 1903 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 RABL6-203ENST00000371663 3078 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 KRT86-201ENST00000293525 2091 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 SNX21-203ENST00000372541 771 ntTSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 EVA1A-204ENST00000410071 777 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC16.74■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 PARVG-202ENST00000415224 999 ntTSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 AC025165.3-201ENST00000471530 679 ntTSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 AGTRAP-212ENST00000510878 849 ntTSL 3 BASIC16.74■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 AC022217.1-201ENST00000521069 738 ntBASIC16.74■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 STPG3-204ENST00000611378 1015 ntTSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 EZH2-201ENST00000320356 2639 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 GNAI2-207ENST00000451956 1486 ntTSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 TEKT4-201ENST00000295201 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 WDR70-202ENST00000504564 1526 ntTSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 ETV7-207ENST00000620358 1599 ntTSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 CRELD1-201ENST00000326434 1994 ntTSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 NRP1-204ENST00000374822 2213 ntTSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 CCDC144A-210ENST00000456009 2306 ntTSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 LGI4-202ENST00000392225 2891 ntTSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 SKOR1-202ENST00000380035 3675 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 TSC22D4-201ENST00000300181 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 ZNF408-201ENST00000311764 2442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 MAFK-201ENST00000343242 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 PDZD3-202ENST00000355547 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 C20orf202-201ENST00000400633 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 CLDN5-202ENST00000406028 2548 ntTSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 SMARCE1-205ENST00000431889 1569 ntTSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 FHIT-208ENST00000492590 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 FANCA-205ENST00000543736 1000 ntTSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 ADAM22-202ENST00000398201 2784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 LINC00595-204ENST00000434974 2692 ntTSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 FAM49B-223ENST00000522746 2196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 PODXL-202ENST00000378555 2105 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 FLAD1-203ENST00000315144 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 SPDYE2B-203ENST00000507450 1742 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 SPDYE2-203ENST00000507918 1742 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 TTLL11-201ENST00000321582 3250 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 COLEC11-201ENST00000236693 1381 ntTSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 UBXN11-207ENST00000374223 1312 ntTSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 CHIA-206ENST00000430615 1320 ntTSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 AL109910.1-201ENST00000452071 1330 ntTSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 SPDYE4-201ENST00000328794 923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 AC096536.1-201ENST00000443284 440 ntTSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 GAPDHP40-201ENST00000505218 1006 ntBASIC16.73■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 RCAN3-210ENST00000618490 2386 ntTSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 GFER-201ENST00000248114 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 TBRG4-203ENST00000395655 2225 ntTSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 FBXO7-201ENST00000266087 2195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 SMPDL3A-201ENST00000368440 1851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 ATP6V0E2-203ENST00000456496 2722 ntTSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 ATP6V0E2-213ENST00000615196 2727 ntTSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 FAM129C-202ENST00000335393 2508 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 ST3GAL3-201ENST00000262915 2470 ntTSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 AL162231.1-201ENST00000421828 1525 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 LDLRAP1-201ENST00000374338 2940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 RAPH1-211ENST00000457812 2673 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 ALAS2-203ENST00000396198 1936 ntTSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 EIF3G-201ENST00000253108 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 THOC6-201ENST00000253952 1246 ntTSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 PEA15-203ENST00000368077 1021 ntTSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 DIO3OS-203ENST00000554441 1068 ntTSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 PLEKHB2-211ENST00000628582 1297 ntTSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 ZBTB45-202ENST00000594051 2541 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 TFCP2-204ENST00000548115 1862 ntTSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 MXRA8-209ENST00000477278 2728 ntTSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 MEG3-205ENST00000412736 1615 ntTSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 TEX261-201ENST00000272438 3441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 LGI3-201ENST00000306317 3272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 AC008132.1-202ENST00000342005 1389 ntBASIC16.72■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 THAP8-201ENST00000292894 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 SLC29A1-203ENST00000371724 2275 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 TNXB-204ENST00000479795 2742 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 CLEC10A-201ENST00000254868 1797 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 PCMTD2-207ENST00000609372 1321 ntTSL 4 BASIC16.72■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 CXorf38-201ENST00000327877 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 FOXP4-AS1-203ENST00000439386 404 ntTSL 3 BASIC16.72■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 FKBP2-203ENST00000449942 613 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 NUP210P1-202ENST00000504322 710 ntBASIC16.72■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 AC009088.2-201ENST00000564743 463 ntTSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 GEMIN7-204ENST00000591747 576 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 ZNF140-207ENST00000440550 1663 ntTSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 STK4-AS1-201ENST00000434401 2065 ntTSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 NUTM2D-201ENST00000381697 3290 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 SLCO6A1-201ENST00000379807 2437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 PABPC1L-217ENST00000537323 1910 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 MOG-215ENST00000376888 1529 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 SIX5-204ENST00000622857 1401 ntTSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 CD99P1-204ENST00000435581 2788 ntTSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 SNAI2-201ENST00000020945 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 FUT3-202ENST00000458379 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 POTEE-204ENST00000613282 1926 ntTSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 POTEI-202ENST00000615053 1926 ntTSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 PDGFB-202ENST00000381551 1125 ntTSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 RNA5SP486-201ENST00000515961 83 ntBASIC16.72■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 CYB5D1-202ENST00000570446 570 ntTSL 4 BASIC16.72■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 AC006453.4-201ENST00000636949 1252 ntBASIC16.72■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 ODF2-204ENST00000372814 2249 ntTSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
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