Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 PPDPF-201ENST00000370177 627 ntTSL 2 BASIC19.83■□□□□ 0.77
TRIM28Q13263 CCDC107-204ENST00000378409 1173 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
TRIM28Q13263 ITIH1-202ENST00000405128 1122 ntTSL 2 BASIC19.83■□□□□ 0.77
TRIM28Q13263 DNAJC19-208ENST00000486355 828 ntTSL 2 BASIC19.83■□□□□ 0.77
TRIM28Q13263 DNAJC19-209ENST00000491873 769 ntTSL 2 BASIC19.83■□□□□ 0.77
TRIM28Q13263 AC008750.2-202ENST00000532688 729 ntTSL 3 BASIC19.83■□□□□ 0.77
TRIM28Q13263 TAPBPL-205ENST00000544021 772 ntTSL 3 BASIC19.83■□□□□ 0.77
TRIM28Q13263 ACAP1-208ENST00000574499 412 ntTSL 2 BASIC19.83■□□□□ 0.77
TRIM28Q13263 TBC1D3D-201ENST00000616101 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
TRIM28Q13263 TBC1D3K-201ENST00000620247 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
TRIM28Q13263 APP-202ENST00000348990 3355 ntTSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.76
TRIM28Q13263 AC004233.2-201ENST00000573315 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.83■□□□□ 0.76
TRIM28Q13263 DCST1-201ENST00000295542 2279 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.83■□□□□ 0.76
TRIM28Q13263 AC018892.3-201ENST00000623986 2499 ntBASIC19.83■□□□□ 0.76
TRIM28Q13263 TEAD2-203ENST00000539846 1444 ntTSL 2 BASIC19.83■□□□□ 0.76
TRIM28Q13263 TMEM222-211ENST00000611517 1613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.76
TRIM28Q13263 BTD-207ENST00000449107 1820 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC19.83■□□□□ 0.76
TRIM28Q13263 SYBU-231ENST00000533065 2645 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.83■□□□□ 0.76
TRIM28Q13263 PLEKHG5-212ENST00000537245 4794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.83■□□□□ 0.76
TRIM28Q13263 CCNI2-201ENST00000378731 2355 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.76
TRIM28Q13263 CEACAM16-201ENST00000405314 1583 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.83■□□□□ 0.76
TRIM28Q13263 FAM172A-206ENST00000509163 1369 ntTSL 2 BASIC19.83■□□□□ 0.76
TRIM28Q13263 ASL-201ENST00000304874 2143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
TRIM28Q13263 OXSR1-201ENST00000311806 4553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
TRIM28Q13263 NR2E1-202ENST00000368986 3212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
TRIM28Q13263 ODF3-201ENST00000325113 1307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
TRIM28Q13263 FAM192A-201ENST00000309137 2848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
TRIM28Q13263 ADARB1-204ENST00000389863 3563 ntTSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
TRIM28Q13263 ESYT2-206ENST00000613624 2766 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.82■□□□□ 0.76
TRIM28Q13263 CYP2AB1P-202ENST00000454440 1456 ntBASIC19.82■□□□□ 0.76
TRIM28Q13263 MIOX-201ENST00000216075 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
TRIM28Q13263 MAGEA12-203ENST00000393900 1299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
TRIM28Q13263 EVA1A-203ENST00000410010 696 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.82■□□□□ 0.76
TRIM28Q13263 AL031283.3-201ENST00000439788 727 ntTSL 3 BASIC19.82■□□□□ 0.76
TRIM28Q13263 AC007274.1-201ENST00000439805 662 ntBASIC19.82■□□□□ 0.76
TRIM28Q13263 ZFAND2B-212ENST00000444522 1199 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.82■□□□□ 0.76
TRIM28Q13263 RHOXF1P1-201ENST00000454625 772 ntTSL 3 BASIC19.82■□□□□ 0.76
TRIM28Q13263 RPL13AP25-201ENST00000484130 612 ntBASIC19.82■□□□□ 0.76
TRIM28Q13263 LINC01336-201ENST00000503568 534 ntTSL 4 BASIC19.82■□□□□ 0.76
TRIM28Q13263 MRPL36-204ENST00000508987 686 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.82■□□□□ 0.76
TRIM28Q13263 CCKBR-202ENST00000525014 792 ntTSL 4 BASIC19.82■□□□□ 0.76
TRIM28Q13263 AC007611.1-201ENST00000568150 826 ntTSL 2 BASIC19.82■□□□□ 0.76
TRIM28Q13263 ORC6-206ENST00000568364 888 ntTSL 5 BASIC19.82■□□□□ 0.76
TRIM28Q13263 AC011497.1-201ENST00000596781 561 ntTSL 4 BASIC19.82■□□□□ 0.76
TRIM28Q13263 AC005785.1-202ENST00000597164 237 ntTSL 3 BASIC19.82■□□□□ 0.76
TRIM28Q13263 H2BFM-203ENST00000598335 465 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.82■□□□□ 0.76
TRIM28Q13263 MIR6805-201ENST00000615055 62 ntBASIC19.82■□□□□ 0.76
TRIM28Q13263 SLC3A2-203ENST00000377890 2161 ntTSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
TRIM28Q13263 MEPCE-201ENST00000310512 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
TRIM28Q13263 TNPO2-201ENST00000356861 4962 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
TRIM28Q13263 HMOX2-205ENST00000458134 1797 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.82■□□□□ 0.76
TRIM28Q13263 SLCO2B1-205ENST00000525650 2121 ntTSL 2 BASIC19.82■□□□□ 0.76
TRIM28Q13263 SMPD1-201ENST00000342245 2452 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
TRIM28Q13263 PARVB-204ENST00000406477 1569 ntTSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
TRIM28Q13263 RAB29-201ENST00000235932 1723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
TRIM28Q13263 AP1AR-201ENST00000274000 2902 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
TRIM28Q13263 SPAG1-201ENST00000251809 3748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.81■□□□□ 0.76
TRIM28Q13263 HOXB1-201ENST00000239174 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
TRIM28Q13263 WDR45-202ENST00000356463 1688 ntTSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
TRIM28Q13263 ERP29-203ENST00000546477 1698 ntTSL 3 BASIC19.81■□□□□ 0.76
TRIM28Q13263 MAGEA2-202ENST00000598543 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
TRIM28Q13263 DYRK3-201ENST00000367106 2329 ntTSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
TRIM28Q13263 INTS4P1-202ENST00000587624 2985 ntTSL 5 BASIC19.81■□□□□ 0.76
TRIM28Q13263 CCM2-207ENST00000475551 2471 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.81■□□□□ 0.76
TRIM28Q13263 KTN1-AS1-201ENST00000335142 1465 ntTSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
TRIM28Q13263 MSI2-204ENST00000442934 1624 ntTSL 2 BASIC19.81■□□□□ 0.76
TRIM28Q13263 EIF1AX-201ENST00000379593 765 ntTSL 3 BASIC19.81■□□□□ 0.76
TRIM28Q13263 ECSIT-203ENST00000417981 970 ntTSL 2 BASIC19.81■□□□□ 0.76
TRIM28Q13263 AC134915.1-201ENST00000426461 574 ntBASIC19.81■□□□□ 0.76
TRIM28Q13263 SFTPC-202ENST00000437090 773 ntTSL 3 BASIC19.81■□□□□ 0.76
TRIM28Q13263 CGB8-201ENST00000448456 882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
TRIM28Q13263 AC119751.2-201ENST00000504529 210 ntBASIC19.81■□□□□ 0.76
TRIM28Q13263 AC009686.1-201ENST00000522494 364 ntTSL 3 BASIC19.81■□□□□ 0.76
TRIM28Q13263 IFNL3-202ENST00000613087 734 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
TRIM28Q13263 PCDHGC3-204ENST00000617222 731 ntTSL 3 BASIC19.81■□□□□ 0.76
TRIM28Q13263 Metazoa_SRP.80-201ENST00000619894 320 ntBASIC19.81■□□□□ 0.76
TRIM28Q13263 CU634019.7-201ENST00000624153 1185 ntBASIC19.81■□□□□ 0.76
TRIM28Q13263 FP236241.2-201ENST00000624906 1185 ntBASIC19.81■□□□□ 0.76
TRIM28Q13263 RNPS1-202ENST00000320225 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
TRIM28Q13263 PLXDC2-202ENST00000377242 2822 ntTSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
TRIM28Q13263 TSHZ3-201ENST00000240587 5176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
TRIM28Q13263 TRAM1-201ENST00000262213 2785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
TRIM28Q13263 ENOSF1-209ENST00000580982 1397 ntTSL 5 BASIC19.81■□□□□ 0.76
TRIM28Q13263 AL121723.1-201ENST00000445194 1519 ntBASIC19.81■□□□□ 0.76
TRIM28Q13263 MUC1-228ENST00000620103 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.81■□□□□ 0.76
TRIM28Q13263 SYBU-201ENST00000276646 2870 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
TRIM28Q13263 FAM20A-205ENST00000592554 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
TRIM28Q13263 ELN-207ENST00000380562 2240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
TRIM28Q13263 EID3-201ENST00000527879 1467 ntAPPRIS P1 BASIC19.8■□□□□ 0.76
TRIM28Q13263 CTSW-201ENST00000307886 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
TRIM28Q13263 PCDHA2-203ENST00000526136 5254 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
TRIM28Q13263 SLC6A9-204ENST00000372307 2162 ntTSL 2 BASIC19.8■□□□□ 0.76
TRIM28Q13263 SLFNL1-203ENST00000372611 1865 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.8■□□□□ 0.76
TRIM28Q13263 ETV4-211ENST00000591713 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
TRIM28Q13263 CADPS2-202ENST00000334010 6045 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.8■□□□□ 0.76
TRIM28Q13263 AP000317.2-201ENST00000362077 641 ntTSL 3 BASIC19.8■□□□□ 0.76
TRIM28Q13263 IFI27L1-201ENST00000393115 674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
TRIM28Q13263 MIR1909-201ENST00000411312 80 ntBASIC19.8■□□□□ 0.76
TRIM28Q13263 LNCPRESS1-201ENST00000429254 756 ntTSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
TRIM28Q13263 KRT18P43-201ENST00000469825 1281 ntBASIC19.8■□□□□ 0.76
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