Protein–RNA interactions for Protein: Q96K76

USP47, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 47, humanhuman

Predictions only

Length 1,375 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP47Q96K76 ZNF586-205ENST00000598885 578 ntTSL 4 BASIC22.48■■□□□ 1.19
USP47Q96K76 MRNIP-225ENST00000610475 810 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
USP47Q96K76 HFE2-206ENST00000634927 506 ntTSL 4 BASIC22.48■■□□□ 1.19
USP47Q96K76 HEY1-208ENST00000523976 1325 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
USP47Q96K76 CASKIN2-201ENST00000321617 5015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
USP47Q96K76 AKAP9-205ENST00000394564 1356 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
USP47Q96K76 MAP3K6-202ENST00000374040 4309 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
USP47Q96K76 B4GALNT4-201ENST00000329962 3444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
USP47Q96K76 PFDN4-201ENST00000371419 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
USP47Q96K76 GRN-214ENST00000589265 1632 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP47Q96K76 SYBU-230ENST00000532779 2765 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP47Q96K76 CYB5R1-201ENST00000367249 1651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP47Q96K76 CCT7-216ENST00000540468 1674 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP47Q96K76 E2F2-201ENST00000361729 5191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP47Q96K76 INTS4P1-202ENST00000587624 2985 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP47Q96K76 HPCAL1-207ENST00000620771 1941 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP47Q96K76 RGL2-247ENST00000497454 3278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP47Q96K76 GFM1-208ENST00000478576 2147 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP47Q96K76 PIAS3-201ENST00000369298 2761 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP47Q96K76 STOX1-201ENST00000298596 3377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP47Q96K76 UBXN1-201ENST00000294119 1291 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP47Q96K76 TRAPPC3-203ENST00000373163 951 ntTSL 3 BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP47Q96K76 LINC00659-201ENST00000412500 540 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP47Q96K76 AC136604.1-201ENST00000418535 575 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
USP47Q96K76 U52111.1-201ENST00000434284 914 ntTSL 3 BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP47Q96K76 AL158198.1-201ENST00000449143 380 ntTSL 3 BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP47Q96K76 RAD51D-205ENST00000460118 1064 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP47Q96K76 FBXO4-206ENST00000509134 1284 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP47Q96K76 MIR210HG-203ENST00000533920 816 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP47Q96K76 AC009065.5-201ENST00000565937 596 ntTSL 3 BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP47Q96K76 SSH2-210ENST00000582084 560 ntTSL 3 BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP47Q96K76 AC097359.3-201ENST00000603982 1210 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
USP47Q96K76 DLC1-203ENST00000358919 4392 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP47Q96K76 DXO-203ENST00000375356 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP47Q96K76 AC009802.1-201ENST00000637973 1609 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP47Q96K76 CLCNKA-203ENST00000439316 1997 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP47Q96K76 TANK-202ENST00000392749 2171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP47Q96K76 AP000253.1-201ENST00000449339 2233 ntTSL 3 BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP47Q96K76 EPHA10-203ENST00000427468 3167 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP47Q96K76 CPAMD8-203ENST00000443236 5992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP47Q96K76 AUTS2-201ENST00000342771 6173 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP47Q96K76 SLC9A5-201ENST00000299798 3736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP47Q96K76 GLUD1-201ENST00000277865 3039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP47Q96K76 ROR2-202ENST00000375715 2993 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP47Q96K76 SMG1P3-206ENST00000522841 2774 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP47Q96K76 TM9SF1-201ENST00000261789 2452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP47Q96K76 LITAF-201ENST00000339430 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP47Q96K76 FAM215B-201ENST00000458392 2183 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP47Q96K76 TIMM44-201ENST00000270538 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP47Q96K76 RAP1GDS1-203ENST00000380158 2085 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP47Q96K76 IL11RA-202ENST00000441545 1700 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP47Q96K76 IDH3G-204ENST00000427365 1526 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP47Q96K76 CCDC28A-201ENST00000332797 1496 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP47Q96K76 ANXA4-202ENST00000409920 1414 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP47Q96K76 PRKAR2A-201ENST00000265563 6471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP47Q96K76 COLEC11-205ENST00000402922 1134 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP47Q96K76 RAC2-204ENST00000406508 893 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP47Q96K76 AC104135.1-201ENST00000418001 763 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP47Q96K76 AC093702.1-201ENST00000423433 367 ntTSL 3 BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP47Q96K76 NME4-207ENST00000450036 985 ntTSL 3 BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP47Q96K76 AC008406.2-201ENST00000507058 532 ntTSL 3 BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP47Q96K76 AC190387.1-201ENST00000551683 408 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
USP47Q96K76 AC087645.2-202ENST00000586583 643 ntTSL 4 BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP47Q96K76 AL450472.2-201ENST00000603663 1156 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
USP47Q96K76 AL109936.8-201ENST00000641772 604 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
USP47Q96K76 SLC27A1-201ENST00000252595 3594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP47Q96K76 EGLN2-207ENST00000593726 2821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP47Q96K76 GPR161-204ENST00000367838 2676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP47Q96K76 CNGA3-205ENST00000436404 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP47Q96K76 AC018695.7-201ENST00000624587 2492 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
USP47Q96K76 TRMT1-203ENST00000437766 2263 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP47Q96K76 STK4-AS1-201ENST00000434401 2065 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.19
USP47Q96K76 SPDEF-202ENST00000544425 1866 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.19
USP47Q96K76 ALOX15B-205ENST00000573359 1809 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
USP47Q96K76 CLMP-201ENST00000448775 5072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
USP47Q96K76 POLR1D-207ENST00000621089 1606 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
USP47Q96K76 TNRC18P3-201ENST00000441896 2691 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
USP47Q96K76 LINC00942-201ENST00000515614 2417 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
USP47Q96K76 PUS1-208ENST00000542167 2151 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
USP47Q96K76 C2orf40-201ENST00000238044 789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
USP47Q96K76 TMEM41A-201ENST00000296254 1060 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
USP47Q96K76 CD8B-201ENST00000331469 832 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
USP47Q96K76 LRCOL1-201ENST00000376608 778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
USP47Q96K76 AC124067.4-202ENST00000522471 397 ntTSL 3 BASIC22.45■■□□□ 1.18
USP47Q96K76 PSMD7-204ENST00000567958 692 ntTSL 3 BASIC22.45■■□□□ 1.18
USP47Q96K76 CD300LG-205ENST00000586233 942 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
USP47Q96K76 SNHG8-201ENST00000602414 672 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
USP47Q96K76 SNHG8-205ENST00000602819 470 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
USP47Q96K76 MIR6069-201ENST00000620069 79 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
USP47Q96K76 HOTAIRM1_1.1-201ENST00000622675 125 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
USP47Q96K76 ZNF574-202ENST00000359044 2940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
USP47Q96K76 ZBP1-202ENST00000395822 2073 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
USP47Q96K76 MAP3K3-202ENST00000361733 3529 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
USP47Q96K76 FNDC5-201ENST00000373471 2732 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
USP47Q96K76 SYTL3-203ENST00000367081 2692 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
USP47Q96K76 VILL-207ENST00000465644 1857 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
USP47Q96K76 TMEM110-201ENST00000355083 4769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
USP47Q96K76 SNAP47-AS1-201ENST00000413347 1708 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
USP47Q96K76 KIAA1324L-208ENST00000450689 6841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
USP47Q96K76 SURF4-207ENST00000545297 2863 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 64.7 ms